Wakhan är ett halvoberoende furstendöme i Pamirerna som existerade fram till 1889.
Wakhan-furstendömets historia går tillbaka till den antika tiden av Kushan-dynastin (50 f.Kr. - 225 e.Kr.), som styrde Pamirs genom halvoberoende lokala furstar. Och i framtiden kunde Wakhan upprätthålla en viss självständighet under protektoratet av sassaniderna (224-651), hephtalites ( 440-670 ) , det turkiska Khaganatet (551-744), Tibet (618-842), kineserna Tangdynastin (861-907), samanider (819-999) och sedan den turkisk-mongoliska dynastin i Centralasien.
I slutet av 1750 -talet erövrade den kinesiska Qing- armén Wakhan, men efter en kort konflikt med Kokand Khanate överförde den kontrollen över regionen till detta Khanate, som 1830 beskattade lokalbefolkningen.
Furstendömets ärftliga härskare, Mir , bodde i byn Kalai-Pyanj ("Pyanj-slottet") eller helt enkelt Pyanzh, belägen på Pyanjflodens vänstra strand . The Mirs var Wakhans , Ismailis . De härskade över fyra distrikt i Wakhan, kallade sadada (översatt som "hundra", enligt antalet familjer som bodde): Sada-i Pyanja (Spinj eller Spanishj), Sada-i Khandud, Sada-i Ishtrakh (Ishtrag) och Sada-i Sarhad (eller Sarig Chupan och Pamir).
En av de längsta regerande världarna i Wakhan på 1800-talet var Fath Ali Shah. Till en början var han beskyddad av härskarna i Badakhshan Mirza Kalan, Yari Bek och Sulaiman Shah. Men Fath Ali Shah kunde inte laga förbindelserna med Zamanuddin, son till Mirza Kalan, även känd som Mir Shah, som ersatte Fath Ali i spetsen för Wakhan med sin svärson Shah Mir Bek, som visade sig vara en despotisk härskare som sålde många Wakhans till slaveri utanför Wakhan. Men han störtades snart av den nya världen av Badakhshan, Jahandar Shah (även känd som Ghulam), som besteg tronen 1864. Jahandar Shah skickade ett brev till Fath Ali Shah och uppmanade honom att återvända till Wakhan, och Fath Ali Shah, med hjälp av sina följeslagare, avsatte Shah Mir från Wakhan.
År 1865 beordrade Jahandar Shah Faz Ali Shah att hjälpa Yaqub Beg i hans kamp mot kineserna, och Wakhan-armén ledd av Fath Ali Shah deltog i blockaden av Kashgar .
År 1869 störtades Jahandar Shah av sin halvfarbror Mahmud Shah, härskare över Balkh . Under Mahmud Shahs regeringstid i Badakhshan hyllade Fath Ali Shah denna afghanske härskare över Balkh och Badakhshan. 1873 besöktes Fayzabad av Faizabad för att hylla den afghanska vice guvernören Hafizullah Khan, och för första gången inkluderade hyllningen inte slavar (slavar var en typ av hyllning för härskarna i de fattiga bergsområdena).
Fath Ali Shah dog 1875, och hans son Ali Mardan Shah blev härskare över Wakhan.
År 1880 utfärdade den afghanske emiren Abdur-Rahman ett dekret om avskaffandet av furstendömet Wakhan.
År 1883 besökte den ryska expeditionen av Dmitrij Putyata Wakhan . När afghanerna fick reda på detta invaderade de Wakhan och Ali Mardan Shah tvingades fly.
1888-89 skedde en rad uppror mot den nya afghanska regimen i Badakhshan, afghanerna flydde och Ali Mardan Shah blev återigen härskare över Wakhan. Men Ali Mardans tron utmanades snart av Ishtrag Sadas hakim (ett av distrikten i Wakhan) Ashur Khan Vahi, som samarbetade med afghanerna. Han utvisade Ali Mardan igen, vilket tvingade honom att fly till Chitral . Ali Mardan blev guvernör i Ishkoman -dalen , dit många wakhianer flydde.
Efter Pamir-expeditionerna av Ionov-avdelningen 1891-1894 slöts det anglo-ryska avtalet från 1895 , som delade Wakhan mellan Afghanistan och Emiratet Bukhara .