5S rRNA (5S ribosomal ribonukleinsyra) är en strukturell och funktionell komponent i den stora subenheten av ribosomen , som fungerar som en ställning för ribosomala proteiner och är en nyckelkatalytisk komponent i peptidyltransferas. Det hittades i nästan alla ribosomer ( bakterier , arkéer och eukaryoter ), med undantag av svampmitokondrier , högre djur och de flesta protister . Beteckningen 5S beror på sedimentationsfaktorn på 5 Svedbergenheter vid ultracentrifugering , hänvisar till sedimenteringshastigheten för en molekyl i en ultracentrifug, vilken mäts i enheter Svedberg (S). Den är ungefär 120 nukleotider lång och har en molekylvikt på 40 kDa . [1] .
Den sekundära strukturen av 5S rRNA består av fem helixar (I-V), två hårnålsslingor (C och D), två inre slingor (B och E) och en gångjärnsregion (loop A) som bildar en trehelixövergång [1] .
Ursprungligen troddes 5S rRNA endast spela en strukturell roll som en ställning för ribosomala proteiner, men nyligen har det också visat sig vara en nyckelkatalytisk komponent i peptidyltransferascentrumet i ribosomen. I Escherichia coli minskar deletioner av 5S rRNA-genen hastigheten för proteinsyntes. Det finns också ett antal interaktioner mellan 5S rRNA och L5 ribosomala proteiner. I eukaryota celler binder det ribosomala proteinet L5 och stabiliserar 5S rRNA för att bilda en pre-ribosomal ribonukleoproteinpartikel (RNP) som finns i både cytosolen och kärnan. L5-brist förhindrar 5S rRNA-transport in i kärnan och leder till minskad ribosommontering. Det finns bara en direkt interaktion mellan 5S RNA y-domänen och den 38 23S ribosomala RNA-helixen [2] .