SIMAP@home

SIMAP  står för " Similarity Matrix of Proteins ", är en volontär databas med proteinlikheter som är fritt tillgänglig för vetenskapliga ändamål. SIMAP använder FASTA- algoritmen för att förutsäga proteinlikhet, medan en annan applikation använder en dold Markov-modell för att söka efter proteindomäner .

SIMAP är ett gemensamt projekt av Münchens tekniska universitet och det nationella forskningscentret för miljö och hälsa i Neuerberg .

Under fjärde kvartalet 2010 flyttade projektet till Wiens universitet .

Sedan 2011 har SIMAP-data använts i STRING protein-protein-interaktionsdatabasen (sedan version 9.0), istället för BLAST -data utförda för tidigare versioner av STRING [1] [2] .

Projektet ger vanligtvis uppdrag i början av varje månad.

SIMAP-projektet avslutades 2014 . Utvecklare tillkännagav SIMAP 2.

SIMAP 2

Projektet beräknar likhet med Smith-Waterman-algoritmen [3] .

Anteckningar

1. ↑ STRING - Kända och förutspådda protein-proteininteraktioner . Hämtad 5 augusti 2011. Arkiverad från originalet 23 juli 2010. (obestämd)
2. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globalt integrerade och poängsatta.
3. ↑ Sekvensjusteringsberäkning i SIMAP 2.0. Arkiverad från originalet den 11 januari 2015.

Litteratur

• Arnold R., Rattei T, Tischler P., Truong MD, Stumpflen V., Mewes W. SIMAP – likhetsmatrisen för proteiner, Bioinformatics (Oxford, England), 1 september 2005. Arkiverad 4 juli 2008 på Wayback Machine
• Garcia MC, Sanz-Bobia MA, Picob J. SIMAP: Intelligent System for Predictive Maintenance: Application to the health condition monitoring of a windturbine gearbox, 2006.  (ej tillgänglig länk)
• Rattei T., Tischler P., Arnold R., Hamberger F., Krebs J., Krumsiek J., Wachinger B., Stümpflen V., Mewes W. SIMAP – strukturerar nätverket av proteinlikheter, 2007
• H. Werner Mewes, Andreas Ruepp, Fabian Theis, Thomas Rattei, Mathias Walter, Dmitrij Frishman, Karsten Suhre, Manuel Spannagl, Klaus FX Mayer, Volker Stumpflen och Alexey Antonov. MIPS: kurerade databaser och omfattande sekundära dataresurser 2010

Länkar

• Officiell webbplats för projektet
• Databassökning "SIMAP 1"