SMART (databas)

SMART
Innehåll
Beskrivning Bioinformatik resurs för identifiering av proteindomäner.
organismer Allt
Kontakter
Forskningscenter European Molecular Biology Laboratory
Laboratorium EMBL
Originalpublikation PMID 18978020
Tillgänglighet
Hemsida smart.embl-heidelberg.de
Övrig
Licens Gratis för akademiker, men inte kommersiella användare
Version 7
Kuration Ja

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) är en databas som används vid identifiering och analys av proteindomäner i proteinsekvenser [1] [2] . SMART använder en algoritm baserad på tillämpningen av Hidden Markov Models på flera anpassningar för att detektera domäner i proteinsekvenser . Från och med januari 2012 innehöll SMART 1009 domänmodeller [3] . SMART-data användes för att skapa Conserved Domain Database ( CDD , Conserved Domain Database) och presenteras också som en del av InterPro- databasen . [fyra]

Databasen är organiserad av European Molecular Biology Laboratory i Heidelberg .

Se även

Länkar

Anteckningar

  1. ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting CP SMART, ett enkelt modulärt arkitekturforskningsverktyg: identifiering av signaleringsdomäner   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - Maj ( vol. 95 , nr 11 ). - P. 5857-5864 . - doi : 10.1073/pnas.95.11.5857 . — PMID 9600884 .
  2. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: senaste uppdateringar och ny utveckling  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2009. - Januari ( vol. 37 , nr Databasnummer ). - P.D229-32 . doi : 10.1093 / nar/gkn808 . — PMID 18978020 .
  3. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: senaste uppdateringar av proteindomänanteckningsresursen  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2012. - Januari ( vol. 40 , nr Databasnummer ). - P.D302-5 . doi : 10.1093 / nar/gkr931 . — PMID 22053084 .
  4. ↑ Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK, et al. InterPro: en integrerad dokumentationsresurs för proteinfamiljer, domäner och funktionella platser   // Kort . Bioinformatik: tidskrift. - 2002. - September ( vol. 3 , nr 3 ). - S. 225-235 . - doi : 10.1093/bib/3.3.225 . — PMID 12230031 .