Autonoma baptister är baptistkyrkor som uppstod ur ECB Council of Churches (annars kända som Separerade baptister) på 1970- och 80-talen. och registrerad på autonom basis, inte in i AUCECB . Sedan början av 1990-talet har detta koncept utvidgats till att omfatta nya gemenskaper som har vuxit fram som ett resultat av missionsverksamhet och som inte ingått i centraliserade föreningar.