Amiralitetskollegiet ( svenska: Amiralitetskollegiet ) var det centrala statliga organet för att förvalta den svenska flottan under 1600-1700-talen.
År 1617 skapades amiralitetet i Sverige med rikadmiralen Karl Yllenjelm i spetsen . Någon föreskrift om amiralitetet utfärdades dock inte vid den tiden. Först i regeringsformen 1634 fastställdes dess kollegiala struktur, och den tog den tredje viktigaste platsen bland högskolorna . Styrelsen fick förtroendet att sköta den svenska flottan och fick i uppdrag att överväga militära och ekonomiska frågor i dess verksamhet.
Styrelsen bestod av en riksadmiral, som var dess ordförande, två ledamöter av riksrådet och fyra viceamiraler .
Högskolan låg ursprungligen i Stockholm , men 1680 överfördes den till Karlskrona , den svenska flottans bas. Efter olika omvandlingar som starkt begränsade kollegiets befogenheter återfördes det 1776 åter till den svenska huvudstaden.
Det avskaffades 1791 då Generalsjömilitiekontoret i stället skapades.