Perser , araber och hunner kämpade om territoriet i dagens Dagestan . I denna kamp spelade bosättningen Tarki , som låg nära moderna Makhachkala , en betydande roll . På 1400-talet var staden ett handelscentrum genom vilket husvagnar passerade till Derbent . Med tiden blev han känd som Inji.
1844 grundades Peters befästningar på en kuperad kulle, de fick sitt namn efter Peter I , som var där under det persiska fälttåget . 1856 fick han status som stad och blev känd som Petrovsk .
1870 byggdes en hamn och en konstgjord hamn.
Den första fabriken i staden var ett bryggeri, som öppnades 1896 . Efter 2 år öppnades ett tryckeri i staden.
I slutet av 1800-talet och början av 1900-talet fick staden ett uppsving för utveckling, eftersom järnvägen mellan Rostov-on-Don och Baku passerade genom den .
Folkräkningen 1897 visade att befolkningen i staden nästan hade fyrdubblats och nått 8,7 tusen invånare.
År 1900 började produktionen av den största fabriken i staden vid den tiden, en pappersspinningsfabrik, som byggdes av aktieägarna i Kaspiska fabriken
1914 togs ett litet oljeraffinaderi i drift. Befolkningen växte i en snabbare takt och 1914 uppgick den till 24 tusen människor, Petrovsk blev den första staden i Dagestan när det gäller befolkning och gick om Temir-Khan-Shura , som var Dagestans administrativa centrum . I slutet av 1915 togs järnvägslinjen Petrovsk - Temir-Khan-Shura i drift, som förbinder staden med bergiga Dagestan.
I slutet av 1800-talet och början av 1900-talet byggdes två fabriker (oljeraffinaderi och kooperativ) och två fabriker (pappersspinning och tobak) i Petrovsk, och även järnvägsverkstäder öppnades. Det fanns bara 4 gator i staden Petrovsk. Gatorna i stadens centrum var täckta med kullersten och upplysta av fotogenlyktor. Det fanns sten- och tegelhus där rika medborgare bodde. På huvudgatan fanns ett hotell "Gunib" för 25 personer, ett par affärer, en biograf "Progress", ett apotek, och det fanns även ett värdshus. Resten av gatorna var smutsiga, på sommaren plågades invånarna på dessa gator av damm och svärmar av insekter. Staden hade bara ett bibliotek med tre tusen böcker, men dryckesställen fanns det gott om. Det fanns ingen vattenförsörjning i staden, folk bar vatten i tunnor.
Den 18 november 1918 , under inbördeskriget och interventionen, på order av Petrovskijs borgmästare, överste Abdusalam Magometov, döptes staden Petrovsk om till Shamil-Kala.
1921 döptes staden om till Makhachkala för att hedra den revolutionära Dagestan Makhach Dakhadaev . Lite senare förklarades staden som huvudstad i DASSR .
I mitten av 1930- talet blev församlingen Petrovsk-Kavkazsky en del av staden . Under sovjettiden växte Dagestans huvudstad mycket snabbt, från 1930-talet till 1980 -talet ökade stadens befolkning 10 gånger, den grundläggande sociala infrastrukturen, ett modernt utbildningssystem och basindustrier skapades. Dessutom löste den sovjetiska ledningen problemet med vattenförsörjning, bristen på första hjälpen-poster och utbildningsinstitutioner.
Fram till 1952 stod storhertigen Alexander Nevskys tempel nära stadens centrala torg . Templet togs i drift den 30 augusti 1891 . Den revs 1953 .
Sju Makhachkala-invånare tilldelades titeln Sovjetunionens hjälte för deras bidrag till segern i det stora fosterländska kriget .
Stora förändringar på alla områden av stadslivet inträffade efter kriget. Redan 1969 fanns det 51 skolor, 4 universitet, dussintals bibliotek med en total fond på mer än 1,4 miljoner böcker, mer än 20 biografer i Makhachkala (de flesta avvecklades senare). Byggandet av fabriker utvecklades snabbt.
I slutet av 1960 -talet var det planerat att installera en bergbana på sluttningen av berget Tarki-Tau , men senare stängdes projektet.
Den 14 maj 1970 inträffade en kraftig jordbävning i staden , från vilken Makhachkala skadades svårt.
På grund av förhastade ekonomiska reformer och övergången till marknadsekonomi föll Makhachkalas ekonomi i en allvarlig kris, eftersom stadens huvudsakliga inkomst var order från det militär -industriella komplexet . Under 1990 -talet skedde en kraftig nedgång i produktionen. Många fabriker gick i konkurs och var föremål för frekventa uppsägningar. I slutet av 1990-talet började situationen förbättras. I början av 2000-talet skedde en återhämtning i produktionen.
På 90-talet led staden mycket av terroristers verksamhet.
Den 21 maj 1998, i Makhachkala, beslagtog bröderna Khachilaev och deras anhängare byggnaden av regeringen och Makhachkalas statsråd och krävde omval av chefen för Dagestan.
I juni 2013 avlägsnades chefen för Makhachkalas administration , Said Amirov , från sin post och arresterades. Hans uppgifter gavs till Murtazali Rabadanov . I april 2014 avgick Rabadanov av egen fri vilja, och i hans ställe utsåg Dagestans chef, Ramazan Abdulatipov , Magomed Suleimanov . I juli 2015 överfördes tjänsten till Musa Musaev . I januari 2018 avlägsnades chefen för Makhachkalas administration, Musa Musaev, från sin post och arresterades. Från januari till november var Abusupyan Gasanov tillförordnad borgmästare i Makhachkala . Den 7 november 2018 greps Abusupyan Gasanov misstänkt för att ha förskingrat 40 miljoner rubel som tillförordnad borgmästare i staden Makhachkala. Efter avskedandet av borgmästare Abusupyan Gasanov den 8 november 2018 utsågs Murad Aliyev till tillförordnad borgmästare i Makhachkala. Den 31 januari 2019 godkände deputerade för stadsförsamlingen i Makhachkala Salman Dadaev som borgmästare i Dagestans huvudstad.
Under 2001 , 2002 , 2003 och 2011 var Makhachkala en av de tre bästa i tävlingen "Den bekvämaste staden i Ryssland" som hölls av Rosstroy . Rysslands premiärminister Dmitrij Medvedev tillkännagav resultatet av tävlingen 2011 och påpekade att den prisbelönta platsen i Makhachkala är "särskilt viktig"
Under de senaste åren har gränder, boulevarder och vallen av staden, de centrala torgen och universitetstorgen rekonstruerats i staden, en ny Ak-Gol-park med en nöjespark för barn har öppnats. 2002 byggdes en överfart 514 meter lång och togs i drift.
Idag är Makhachkala den största staden i det ryska norra Kaukasus och det federala distriktet med samma namn (även om det inte är dess centrum), det ekonomiska, kulturella och vetenskapliga centrumet i södra Ryssland .