De första européerna nådde dessa öar under ledning av Ferdinand Magellan 1521, som landade på Guam och gjorde anspråk på ön som en besittning av Spanien . Upptäcksresandena togs in av Chamorros , som försåg dem med mat och vatten i utbyte mot järn. Några öbor fångade dock en liten båt som tillhörde Magellans flotta. Han närmade sig stranden för att hämta sin båt, men när han såg hur dessa öbor kastade spjut mot honom, tvingades han avrätta sju av dessa infödda och bränna deras hus. Skärgården fick då namnet Islas de los Ladrones .
Tre dagar efter sin ankomst fortsatte Magellan sin jorden runt-resa västerut. Öarna kom sedan under spanskt styre som en del av Spanska Ostindien . Spanjorerna byggde det kungliga palatset på Guam för guvernören på öarna. Dess ruiner kunde fortfarande ses 2006.
Guam var en viktig mellanlandning från Mexiko för galjoner som transporterade guld mellan Filippinerna och Spanien. I Guams territorialvatten finns det fortfarande några sjunkna galjoner.
År 1668 döptes öarna om till Marianerna av fader Diego Luis de San Vitores , efter Marianne av Österrike , änka efter Filip IV .
De flesta av öns befolkning dog antingen av sjukdomar som kom med av européer eller gifte sig, men nya bosättare kom med för att befolka ön, till en början från Filippinerna och Karolinerna . Trots detta återupplivades Chamorro-befolkningen gradvis, och Chamorro- , Filippinska och Caroline- språken , såväl som etniska skillnader i Marianerna, fortsatte fortfarande att samexistera. För att underlätta kulturell och religiös assimilering tvingade spanjorerna Chamorros att koncentrera sig på Guam under en viss tid. När de fick återvända till det som nu är Nordmarianerna bodde karolinerna redan i Marianerna . Både karoliner och chamorros anses vara inhemska på Nordmarianerna och deras språk är officiella i samväldet (men inte i Guam).
Efter det spansk-amerikanska kriget 1898 var Spanien tvungen att avstå Guam till USA och sälja resten av Marianerna (tillsammans med Karolinerna och Marshallöarna ) till Tyskland . Japan förklarade krig mot Tyskland under första världskriget och invaderade Nordmarianerna.
År 1919 gav Nationernas Förbund , föregångaren till Förenta Nationerna , öarna till Japan genom mandat . Under den japanska ockupationen blev sockerrör den huvudsakliga industrin på öarna, och arbetskraft migrerade från Japan och dess tillhörande kolonier (särskilt från Okinawa och Korea ). I folkräkningen för december 1939 var den sammanlagda befolkningen i södra Stillahavsmandatet 129 104, varav 77 257 var japaner (inklusive taiwaneser och koreaner ).
Inom några timmar efter attacken mot Pearl Harbor inledde japanska styrkor i Marianerna en invasion av Guam. Chamorros från Nordmarianerna fördes till Guam för att hjälpa den japanska administrationen. Detta faktum, i kombination med misshandeln av Chamorros på Guam under deras korta 31 månader långa ockupation, ledde till en spricka mellan de två befolkningarna, vilket var huvudorsaken till att Guameserna vägrade att återförenas med norra Marianerna på 1960-talet.
Nära slutet av andra världskriget invaderade USA:s armé Marianerna den 15 juni 1944, med början med slaget vid Saipan , som slutade den 9 juli med att en japansk befälhavare begick seppuku (en traditionell japansk form av rituellt självmord). Amerikanska styrkor återerövrade Guam den 21 juli och invaderade Tinian ( Slaget vid Tinian ) den 24 juli, vilket fungerade som startpunkten för Enola Gay , flygplanet som släppte atombomben på Hiroshima ett år senare . Företaget förblev intakt och isolerat tills den japanska kapitulationen i augusti 1945 på grund av dess militära betydelse.
Kriget slutade inte för alla med undertecknandet av vapenstilleståndet. Den sista gruppen japaner kapitulerade på Saipan den 1 december 1945. På Guam gömde sig den japanska soldaten Shoichi Yokoi i staden Talofofo fram till 1972.
Mellan slutet av invasionen och överlämnandet av Japan hölls befolkningen i Saipan och Tinian i koncentrationsläger. Japanerna repatrierades så småningom, och de infödda Chamorros och Carolinians återvände till sina egna länder.
Sedan Japans nederlag har öarna administrerats av Förenta staterna som en del av Stillahavsöarnas förtroendeterritori , så försvars- och utrikesfrågor administreras av USA.
Marianerna bestämde sig för att inte få självständighet på 1970-talet, utan att knyta närmare band med USA. Förhandlingar om territoriets status inleddes 1972. 1975 godkändes ett avtal om att skapa ett samväldet i politisk union med USA. 1978 antogs en ny grundlag och en ny regering. Liksom andra amerikanska territorier har öarna ingen senatsrepresentation , utan representeras i det amerikanska representanthuset av en enda delegat som kan rösta i kommittén men inte i representanthusets plenum.