Protonotary ( grekiska: Προτονοταριϊ ) är den högsta domstolens förste eller chefssekreterare; i patriarkatet i Konstantinopel, den andra personen efter patriarken . Under medeltiden var protonotären ansvarig för patriarkatets kontorsarbete , på uppdrag av patriarken, utarbetade texter till dekret riktade till patriarkala dignitärer och andra myndigheter, rapporterade fall till patriarken, kontrollerade två gånger om året verksamheten i advokater som handlade på kyrkans vägnar, och personer vars anspråk prövades i kyrkodomstolar, kontrollerade äktheten och lagligheten av kyrkliga handlingar.
Påvliga eller apostoliska protonotarier bildar ett kollegium (protonotariat) av 12 framstående andliga dignitärer, som ansvarar för kyrkans högtidliga handlingar, inkl. förfaranden för helgonförklaring av helgon, kardinalernas testamente . Protonotariatet följer med påven på resor utanför Vatikanen .