| sortaser | |
|---|---|
| Pilus-associerat sortas C från grupp B streptokocker. PDB 3O0P [1] | |
| Identifierare | |
| Symbol | Sortase |
| Pfam | PF04203 |
| SCOP | 1ija |
| SUPERFAMILJ | 1ija |
| OPM superfamilj | 294 |
| OPM-protein | 1rz2 |
| CDD | cd00004 |
| Tillgängliga proteinstrukturer | |
| Pfam | strukturer |
| PDB | RCSB PDB ; PDBe ; PDBj |
| PDBsumma | 3D-modell |
Sortaser tillhör en grupp av prokaryota enzymer som modifierar ytproteiner genom att känna igen och klyva en karboxiterminal sorteringssignal . För de flesta sorteringsenzymsubstrat består igenkänningssignalen av LPXTG (Leu-Pro-any-Thr-Gly)-motivet, följt av en mycket hydrofob transmembransekvens, följt av ett kluster av basiska rester såsom arginin . Klyvning sker mellan Thr och Gly med övergående bindning via en Thr-rest till en Cys-rest i det aktiva stället, följt av transpeptidering, som kovalent fäster proteinet till cellväggskomponenter. Sortaser förekommer i nästan alla grampositiva bakterier och enstaka gramnegativa bakterier (t.ex. Shewanella putrefaciens ) eller archaea (t.ex. Methanobacterium thermoautotrophicum ) där LPXTTG-medierad cellväggsdekoration inte har dokumenterats [2] [3] . Även om sortas A, som kallas "hem"-sortaset, vanligtvis verkar på många proteinmål, känner andra former av sortaser igen variantformer av klyvningsmotivet eller katalyserar sammansättningen av piliner till pili [4] [5] [6] .
Staphylococcus aureus sortas är ett transpeptidas som fäster ytproteiner till cellväggen; det klyver Gly och Thr av LPXTG-motivet och katalyserar bildandet av en amidbindning mellan karboxylgruppen i treonin och aminogruppen i cellväggens peptidoglykan [7] [8] .
Substratproteiner fästa vid cellväggar genom sortaser inkluderar enzymer, piliner och stora ytvidhäftningsmedierande glykoproteiner. Dessa proteiner spelar ofta en viktig roll i virulens, infektion och kolonisering av patogener.
Ytproteiner underlättar inte bara interaktionen mellan den invaderande patogenen och djurvävnader, utan tillhandahåller också geniala strategier för bakteriell flykt från värdens immunsvar. I fallet med protein A i S. aureus , fångas immunglobuliner av den mikrobiella ytan och maskerar bakterierna under invasion i värdvävnader. S. aureus - mutanter som saknar srtA-genen kan inte förankra och visa vissa ytproteiner och har nedsatt förmåga att orsaka infektioner hos djur. Sortas verkar på ytproteiner som lanseras i sekretionsvägen och deras signalpeptid avlägsnas av signalpeptidaset . S. aureus -genomet kodar för två uppsättningar gener för sortering och utsöndring. Det är möjligt att S. aureus har mer än en väg för transport av 20 ytproteiner till cellväggshöljet.
Det är värt att notera att exosortas och arkesortas är funktionellt lika, men inte homologa, med sortas [9] .
Sortaser anses vara bra mål för nya antibiotika [10] eftersom de är viktiga proteiner för patogena bakterier, och åtminstone ett företag har noterat ett begränsat kommersiellt intresse [11] .
Denna grupp av cysteinpeptidaser tillhör MEROPS C60-familjen av peptidaser och inkluderar medlemmar av flera sortasunderfamiljer.
En annan underfamilj av sortaser (C60B i MEROPS) innehåller bakteriella sortas B-proteiner som är cirka 200 rester långa [12] .
Transpeptidasaktiviteten hos sortas används av strukturbiologer för att generera fusionsproteiner in vitro. Ett igenkänningsmotiv (LPXTG) läggs till C-terminalen av proteinet av intresse, medan ett oligglycinmotiv läggs till N-terminalen av det andra proteinet som ska ligeras. När sortas tillsätts till en blandning av proteiner är de två peptiderna kovalent kopplade via en nativ peptidbindning. Denna reaktion används av NMR-spektroskoper för att erhålla NMR-osynliga löslighetsmärken [13] och, i ett annat exempel, av röntgenkristallografer för att främja komplexbildning [14] .
Den här artikeln använder text från Pfams och InterPros offentliga egendom IPR005754