Lista över estniska flygbolag som innehar ett operatörscertifikat från Estonian Civil Aviation Safety Authority
| namn | Flygzon | Flygtyp | Start av flyg | Slut på flyg | Bild | IATA | ICAO | anropssignal |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Airest | internationell | frakt | 2012 | - | - | - | AEG | AIREST CARGO |
| magnetisk leasing | internationell | leasing | 2020 | - | - | - | - | - |
| Nordica | internationell | - | 2019 | - | ND | NDA | NORDICA AIR | |
| NyxAir | inre | - | 2018 | - | - | OJ | NYX | NYX AIR |
| SmartLynx Estland | internationell | charter | 2015 | - | - | MYX | TALLINN KATTEN | |
| xfly | internationell | leasing | 2020 | - | - | EE | EST | REVAL |