Lista över program för att arbeta med fylogenetiska träd

Den aktuella versionen av sidan har ännu inte granskats av erfarna bidragsgivare och kan skilja sig väsentligt från versionen som granskades den 2 mars 2015; kontroller kräver 20 redigeringar .

Den här listan är en samling mjukvara och internetresurser utformade för att visualisera fylogenetiska träd .

Nätverksresurser

namn Beskrivning Licens Teknologi Hemsida
Archeopteryx (tidigare ATV) Program för att visa och redigera fylogenetiska träd [1] Java [2]
EvolView Program för visualisering, annotering och hantering av fylogenetiska träd [2] [3]
ETE verktygslåda Trädvisualiseringsmiljö [3] Gratisprogram Pytonorm [fyra]
Hypergeni Stor fylogeni hyperbolisk trädvisare Java och JavaScript [5]
InfoViz-trädverktyg en uppsättning verktyg som stöder hyperboliska, rymd- och istappar javascript [6]
iTOL - interaktivt Tree Of Life Anteckning av träd med olika datatyper och export till olika grafiska format; med stöd för skript via batch-gränssnitt [4] [7]
Trädvektor genererar skalbara interaktiva fylogenetiska träd i SVG- eller PNG-format [5] GPL Java [åtta]
jsPhyloSVG öppen källkodsbibliotek för att visa expanderbara och anpassade träd [6] JavaScript [9]
JStree bibliotek för att visa och redigera träd MIT JavaScript och HTML5 canvas [tio]
OneZoom använder IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) för att visa fylogenetiska träd som kan zoomas in på för att öka detaljerna [7] MIT [elva]
Phylodendron Olika stilar av träd, grenar och utdataformat. Java [12]
PhyloExplorer ett verktyg för att underlätta bedömning och hantering av fylogenetiska trädsamlingar. Med en indatasamling av rotade träd tillhandahåller PhyloExplorer faciliteter för att få statistik som beskriver samlingen, korrigera ogiltiga taxonnamn, extrahera taxonomiskt relevanta delar av samlingen med hjälp av ett dedikerat frågespråk och identifiera relaterade träd i TreeBASE- databasen [8] [13]
Phyloviewer Internetanalysmiljö för fylogenomisk analys baserad på Bioinformatics Portal System. proprietär [9] Java och GWT [fjorton]
PhyloWidget visa, redigera och publicera fylogenetiska träd, gränssnitt mot databaser [10] GPLv2 Java och JavaScript [femton]
TRED verktyg för att visa och redigera fylogenetiska träd. Träd genereras i SVG med Raphael. Javascript-klient och Python -server (web2py). [16]
Treedraw Visning av fylogenetiska träd HTML5-duk [17]
TreeViz Trädvisare med kartfunktion MIT Java [arton]
T REX Webbserver för att utforska, analysera och visa träd (hierarkiska, cirkulära och axiella vyer), detektera horisontell genöverföring och visa HGT-nätverket [11] [19]

Program

namn Beskrivning Licens Programmeringsspråk OS Hemsida
BayesTrees Programmet är utformat för att visa, analysera och manipulera provträd. fri Mono Allt [tjugo]
BioNumerics En universell plattform för redovisning, lagring och analys av alla typer av biologiska data, inklusive träd och nätverk av hypoteser om datasekvenser. EULA Windows [21]
Bio::Phylo En samling Perl-moduler för att manipulera och visa fylogenetiska träd, del av BioPerl-sviten [12] . perl_5 Perl Allt [22]
Dendroskop Program för att visa stora fylogenetiska träd och nätverk [13] . fri Allt [23]
ETE Verktyg för att visa bilder av fylogenetiska träd med möjlighet att exportera i PNG-, PDF- och SVG-format [3] . GPLv3 [14] Pytonorm Allt [24]
fikonträd En modern trädvisare med färg- och vikningsmöjligheter. fri Java Allt [25]
Genialiskt Ett komplett program för sekvensanalys, fylogenetik och molekylär kloning med en modern trädvisare. en reklamfilm Allt [26]
JEvTrace Viewer för att gruppera sekvenser, fylogenier och strukturer. Utför interaktiv evolutionsspårning [15] och annan analys [16] . shareware Java Allt [27]
MultiDendrogram Ansökan om beräkning och konstruktion av fylogenetiska träd [17] . öppna Java Allt [28]
NJ-plot Interaktiv trädbyggare med PDF-export. fri C Allt [29]
TreeDyn Ett kraftfullt trädmanipulation och anteckningsprogram som tillåter inkludering av metainformation [18] . öppna Allt [trettio]
Träddiagram 2 Trädredigerare med många redigerings- och formateringsoperationer, inklusive kombinationen av olika fylogenetiska analyser [19] . GPLv3 [20] Java Allt [31]
trädvy Det klassiska ofta citerade programmet [21] för att visa träd [22] . fri Allt [32]
UGENE Grafiskt gränssnitt för att arbeta med sekvenser, anteckningar, multipla justeringar, fylogenetiska träd, sekvenseringsdata. GPLv2 [23] C++ Allt [33]
VectorFriends Integrerad programvara för sekvensanalys med möjlighet att se fylogenetiska träd. en reklamfilm Windows [34]

Anteckningar

  1. ↑ Zmasek, CM och Eddy, SR TV: visning och manipulering av kommenterade fylogenetiska träd  //  Bioinformatik: tidskrift. - 2001. - Vol. 17 , nr. 4 . - s. 383-384 . - doi : 10.1093/bioinformatics/17.4.383 . — PMID 11301314 .
  2. ↑ Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu och Wei-Hua Chen. EvolView, ett onlineverktyg för att visualisera, kommentera och hantera fylogenetiska träd  //  Nucleic Acids Research : journal. - 2012. - Juli ( vol. 40 , nr W1 ). - P.W569-W572 . - doi : 10.1093/nar/gks576 . — PMID 22695796 .
  3. ↑ 1 2 Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: en pythonmiljö för trädutforskning  //  BMC Bioinformatics : journal. - 2010. - Vol. 11 . — S. 24 . - doi : 10.1186/1471-2105-11-24 . — PMID 20070885 . Arkiverad från originalet den 7 januari 2015.
  4. ↑ Letunic, I och Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): ett onlineverktyg för fylogenetisk trädvisning och anteckning  //  Bioinformatics: journal. - 2007. - Vol. 23 , nr. 1 . - S. 127-128 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btl529 . — PMID 17050570 .
  5. ↑ Pethica, R. och Barker, G. och Kovacs, T. och Gough, J. TreeVector: skalbara, interaktiva, fylogenetiska träd för webben  // PLOS One  : journal  . - 2010. - Vol. 5 . — P.e8934 . - doi : 10.1371/journal.pone.0008934 .
  6. ↑ Smits, SA och Ouverney, CC jsPhyloSVG: A Javascript Library for Visualizing Interactive and Vector-Based Phylogenetic Trees on the Web  // PLOS One  : journal / Poon, Art FY  . - 2010. - Vol. 5 , nej. 8 . — P. e12267 . - doi : 10.1371/journal.pone.0012267 . — PMID 20805892 .
  7. ↑ Rosindell, J och Harmon, LJ OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life  // PLoS Biology  : journal  . - 2012. - Vol. 10 . - doi : 10.1371/journal.pbio.1001406 .
  8. ↑ Ranwez, V, W.H. et al. PhyloExplorer: en webbserver för att validera, utforska och fråga efter fylogenetiska träd  //  BioMed Central : journal. - 2009. - Vol. 9 . — S. 108 . - doi : 10.1186/1471-2148-9-108 .
  9. ↑ Phyloviewer-licens
  10. ↑ Jordan, EG och Piel, WH PhyloWidget: webbaserade visualiseringar för livets träd  //  Bioinformatics: journal. - 2008. - Vol. 24 , nr. 14 . - P. 1641-1642 . - doi : 10.1093/bioinformatics/btn235 . — PMID 18487241 .
  11. ↑ Boc A., Diallo Alpha B., Makarenkov V. T-REX: en webbserver för att härleda, validera och visualisera fylogenetiska träd och nätverk  //  Nucleic Acids Research : journal. - 2012. - Vol. 40 (W1) , nr. Problem med webbservern . - P.W573-W579. . - doi : 10.1093/nar/gks485 . — PMID 22675075 .
  12. ↑ Vos Rutger A , Caravas Jason , Hartmann Klaas , Jensen Mark A , Miller Chase. BIO::Fylo-fyloinformatisk analys med hjälp av perl  //  BMC Bioinformatics. - 2011. - Vol. 12 , nr. 1 . — S. 63 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-12-63 .
  13. ↑ Huson Daniel H , Richter Daniel C , Rausch Christian , Dezulian Tobias , Franz Markus , Rupp Regula. Dendroscope: En interaktiv tittare för stora fylogenetiska träd  (engelska)  // BMC Bioinformatics. - 2007. - Vol. 8 , nr. 1 . — S. 460 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-8-460 .
  14. ↑ ETE är fri programvara (GPL) . Hämtad 14 december 2016. Arkiverad från originalet 25 november 2016.
  15. ↑ Evolutionär spår . Hämtad 3 oktober 2017. Arkiverad från originalet 1 augusti 2018.
  16. ↑ Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: förfining och variationer av det evolutionära spåret i Java  //  BioMed Central : journal. - 2002. - Vol. 3 , nr. 12 . - doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0077 .
  17. ↑ Fernández, Alberto; Gomez, Sergio. Lösning av icke-unikheter i agglomerativ hierarkisk klustering med hjälp av multidendrogram  //  Journal of Classification : journal. - 2008. - Vol. 25 , nr. 1 . - S. 43-65 . - doi : 10.1007/s00357-008-9004-x .  (inte tillgänglig länk)
  18. ↑ Chevenet François , Brun Christine , Bañuls Anne-Laure , Jacq Bernard , Christen Richard. [1]  (engelska)  // BMC Bioinformatics. - 2006. - Vol. 7 , nr. 1 . — S. 439 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-7-439 .
  19. ↑ Stöver Ben C , Müller Kai F. TreeGraph 2: Kombinera och visualisera bevis från olika fylogenetiska analyser  //  BMC Bioinformatics. - 2010. - Vol. 11 , nr. 1 . — S. 7 . — ISSN 1471-2105 . - doi : 10.1186/1471-2105-11-7 .
  20. ↑ TreeGraph-licens . Datum för åtkomst: 29 januari 2015. Arkiverad från originalet 5 mars 2015.
  21. ↑ Arkiverad kopia (länk ej tillgänglig) . Datum för åtkomst: 29 januari 2015. Arkiverad från originalet 14 februari 2015. 
  22. ↑ Sida, RDM.  Trädvy : En applikation för att visa fylogenetiska träd på persondatorer  // Computer Applications in the Biosciences : journal. - 1996. - Vol. 12 , nr. 4 . - s. 357-358 . - doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.357 . — PMID 8902363 .
  23. ↑ Ladda ner UGENE . Datum för åtkomst: 29 januari 2015. Arkiverad från originalet den 10 februari 2015.

Länkar