Florida blev en av de första staterna som skiljde sig från unionen och gick med i konfederationen . Omedelbart efter Abraham Lincolns val till president 1860, förklarade Florida utbrytning (10 januari 1861) och blev därmed den tredje av de ursprungliga sju staterna att separera.
1860 hade Florida en befolkning på 140 421 och rankades som nummer 31 när det gäller befolkning [1] , och den stridsberedda befolkningen var 15 739 personer (11 % av befolkningen) [2] .
På grund av den glesa befolkningen hjälpte Florida den konfedererade armén inte så mycket med arbetskraft som med mat och utrustning. Delstatens långa kustlinje gjorde det svårt för den federala flottan att bekämpa Floridas blockadbrytare.
Florida förklarade utträde den 10 januari 1861 och blev ungefär en månad senare en av de första ledande medlemmarna i konfederationen. Beslutet om utträde antogs nästan enhälligt, med en röst på 62 mot 7, och ändå bildades ett visst antal unionsanhängare i staten, vars antal växte allteftersom kriget fortsatte.
Florida skickade en delegation av tre representanter till den provisoriska konfederationen i Montgomery, Alabama, de var Jackson Morton, James Byerham Owens och James Patton Anderson . Den senare drogs tillbaka den 8 april 1861 och ersattes av George Tagliaferro Varda. Ward tjänade som representant från maj 1861 till februari 1862, då även han återkallades och ersattes av John Paise Sanderson.
Florida blev en viktig försörjningskälla för den konfedererade armén. Federala trupper erövrade många viktiga hamnar: Cedar Cay, Jacksonville , Key West och Pensacola . Den konfedererade armén var tvungen att slå tillbaka dem, och de lyckades med undantag av två: Fort Taylor och Fort Pickens förblev i fiendens händer.
Guvernör John Milton, en ivrig anhängare av utbrytning, har alltid betonat vikten av Florida som en källa till livsmedelsförsörjning för konfederationen, främst kött och salt. Kustlinjen 13,00 miles lång tillät blockadens brytare att effektivt gömma sig. Florida var dock den mest glesbefolkade staten i konfederationen - endast 140 000 människor - och nästan utan industri, så dess strategiska betydelse var inte stor. Ändå stärkte Milton den statliga milisen så mycket som möjligt och förbättrade kustbefästningarna.
Totalt försåg staten förbundet med cirka 15 000 soldater, som konsoliderades i tolv regementen infanteri, två kavalleri och flera artilleribatterier. Dessa regementen tjänade i första hand i Virginia som en del av Army of the North Virginia , under befäl av brigadgeneral Edward Perry och överste David Lang . Florida Brigade deltog i många av general Lees kampanjer. Perry sårades vid Chancellorsville och överste Lang befallde Floridianerna under Gettysburg-kampanjen (med Richard Andersons division ). Perry befäl senare över en brigad i slaget vid vildmarken och under belägringen av Petersburg.
Missnöje med utkastet och internpolitik ledde till deserteringar från den konfedererade armén, och ett antal områden i Florida blev ett tillflyktsort för desertörer, av vilka några förenade sig i gäng och ägnade sig åt rån, och några gick till och med över till sidan av nordborna.
I början av 1864 försökte nordborna att invadera Florida, men slogs tillbaka i slaget vid Olustee . På grund av bristen på större militär betydelse i Florida gjordes inga större invasionsförsök, och små räder slogs framgångsrikt tillbaka av lokala styrkor.
I maj 1865 frigjordes en division under befäl av Edward McCook för att återställa den federala kontrollen över Florida Guvernör Milton valde självmord framför kapitulation, och den 13 maj 1865 kapitulerade George Washington Scott till med de sista kvarvarande konfedererade trupperna i Florida. Den 20 maj, vid en ceremoni i Tallahassee , läste McCook president Lincolns " Emancipation Proclamation " , och förbjöd därmed officiellt slaveri i Florida, och den amerikanska flaggan höjdes över Capitol-byggnaden.
Floridas representanter antogs till den amerikanska kongressen efter att staten uppfyllt alla krav på " återuppbyggnad ". Staten återinfördes helt i USA den 25 juli 1868.