Hjälppigment är ljusabsorberande föreningar av fotosyntetiska organismer som arbetar i kombination med klorofyll a , som utför en ljusskördande eller ljusavskärmande funktion. Dessa inkluderar olika former av klorofyll, såsom klorofyll b i grönalger och ljusupptagningsantenner från högre växter, eller klorofyll c eller d i andra alger. Dessutom finns det många andra tillbehörspigment som karotenoider eller fykobiliproteiner som också absorberar ljus och överför dess energi .på fotosystemets huvudpigment. Vissa av dessa tillbehörspigment, särskilt karotenoider, tjänar till att absorbera och avleda överflödig ljusenergi och är antioxidanter .
Klorofyller och pigment associerade med fotosystem har olika absorptionsspektra , eftersom spektra för olika klorofyller modifieras av deras lokala proteinmiljö, eller för att tillbehörspigment har betydande strukturella skillnader. Som ett resultat, under naturliga förhållanden , är det kombinerade absorptionsspektrumet för alla pigment bredare än absorptionsspektrumet för vart och ett av dem separat. Detta gör att växter och alger kan absorbera ett större spektrum av synlig och infraröd strålning. De flesta fotosyntetiska organismer absorberar inte grönt ljus, så under ett tak av löv i en skog eller under ett lager av planktonrikt vatten dominerar grönt ljus. Denna spektrala effekt kallas det "gröna fönstret". Vissa organismer, såsom cyanobakterier och röda alger , innehåller tillbehörspigment som kallas phycobiliproteins , som gör att de kan absorbera grönt ljus som tränger djupt in i deras livsmiljö.
I akvatiska ekosystem är den huvudsakliga inverkan på spektrumet absorptionen av vatten tillsammans med det organiska materialet som är löst i det. Detta bestämmer de viktigaste ekologiska nischerna för fototrofa organismer. Sex skuldror (absorptionssönderfall) i absorptionsspektrum för vatten vid våglängder mellan 400 och 1100 nm motsvarar minst tjugo olika arter av fototrofa bakterier. En annan effekt beror på den allmänna tendensen hos vatten att absorbera lågfrekvent ljus medan organiska ämnen absorberar högfrekvent ljus. Det är därför det öppna havet ser blått ut och är rikt på gulfärgade fototrofa arter som Prochlorococcus , som innehåller divinylklorofyll a och b . Synechococcus färgas rött av phycoerythrin och anpassas till kustförhållanden, medan phycocyanin tillåter dessa cyanobakterier att frodas i mörkare vatten [1] .