Institutet för matematiska problem i biologi RAS

Institutet för matematiska problem för biologi vid den ryska vetenskapsakademin är en gren av den federala statliga institutionen "Federal Research Center Institute of Applied Mathematics uppkallad efter V.I. M.V. Keldysh of the Russian Academy of Sciences ” (förkortat: IMPB RAS - gren av IPM uppkallad efter M.V. Keldysh RAS ), så började det officiella namnet på institutet se ut efter omorganisationen 2015-2016. [ett]

Syftet med institutet är att utveckla matematiska och beräkningsmetoder för biologisk forskning, samt att direkt lösa beräkningsbiologiska problem med hjälp av sådana metoder.

Institutet ger ut den vetenskapliga tidskriften Mathematical Biology and Bioinformatics. [2]

Institutets struktur

Institutet inkluderar [3] :

• Makromolekylkristallografilaboratorium
• Laboratoriet för kvantmekaniska system
• Laboratoriet för molekylär dynamik
• Neural Networks Laboratory
• Laboratoriet för tillämpad matematik
• Beräkningsekologilaboratoriet
• Institutionen för avancerad informationsteknik
  • Databehandlingslaboratorium
  • Bioinformatiklaboratoriet
• Avdelningen för dator- och informationsresurser

Vetenskaplig verksamhet

Vetenskapliga anvisningar

• Teoretisk utveckling ;
  • teoretiska grunder för nanobioelektronik ;
  • utveckling av spektralanalytiska metoder för bearbetning av data från biologiska experiment;
  • utveckling av numeriskt-analytiska metoder för bearbetning av data från biologiska experiment;
  • analytiska lösningar av integro-differentialekvationer ;
  • metoder för analys av dynamiska system .

• Dataanalys
  • analys av mänsklig hjärnaktivitet ;
  • utveckling av metoder för bedömning av vegetationstäckets biologiska mångfald ;
  • utveckling av algoritmer och program för att studera genomiska sekvenser: igenkänning av kodande regioner och områden med homogenitet;
  • utveckling av datormetoder för att studera de primära strukturerna hos biopolymerer ;
  • utveckling av nya metoder för att jämföra biopolymerer och deras tillämpning för att identifiera typen av rumslig struktur hos proteiner;
  • skapande av nya metoder för att dechiffrera strukturen hos komplex av biologiska makromolekyler på grundval av data om spridning av röntgenstrålar och neutroner ;
  • utveckling av metoder för att erhålla, bearbeta och analysera digitala bilder inom biologi och medicin.

• Beräkningsbiologi
  • simuleringsmodellering av dynamiken i biomolekylära system;
  • neurala nätverksmodeller för informationsbehandling i hjärnstrukturer ;
  • växande slumpmässiga grafer och deras tillämpningar inom matematisk neurovetenskap ;
  • studie av modeller av spänningsberoende jonkanaler av exciterbara biomembran ;
  • programvara för att studera cellmetabolism ;
  • matematiska modeller inom biomekanik ;
  • numerisk lösning av kardiofysikproblem .

• Synergetik (inklusive avsnitt som: Dynamiskt system , kaosteori , icke- jämviktstermodynamik , systembiologi )
  • studie av icke-linjära modeller av självfångade tillstånd i kondenserade medier;
  • asymptotiska metoder och numerisk simulering i studiet av excitationsvågor ;
  • bifurkationer i differentialekvationer som beskriver system med symmetri;
  • Bifurkationer i funktionella differentialekvationer och bifurkationsminnesfenomen .

• Bioinformatik

• Parallell beräkning
  • utveckling av ett högpresterande datorkluster ;
  • CUDA -teknologier .

Specialiserade vetenskapliga projekt

• projekt "Matematisk cell" [4] ;
• projekt " Generaliserad spektral-analytisk metod " (GSAM) [5] [6] [7] .

Undervisning och sociala aktiviteter

Personalen vid institutet gav kurser i föreläsningar vid Pushchino State University [8] (PushchGU); A. M. Molchanov var arrangör av Educational Center for Mathematical Biology vid Push State University och dess dekan från 1994 till 2005, samt chef för masterprogrammet "Modeling of Biological Systems" vid Push State University (1994-2011).

Sedan 2006, en gång vartannat år, har institutet hållit en konferens "Mathematical Biology and Bioinformatics".

Historik

Institutet grundades den 17 februari 1972 i Pushchino och AM Molchanov utsågs till direktör . Fram till 1992 kallades det Research Computing Center (NICC) vid USSR:s vetenskapsakademi ; fram till februari 2016 kallades det Federal State Budgetary Institution of Science Institute of Mathematical Problems of Biology of the Russian Academy of Sciences ( Institute of Mathematical Problems of Biology , IMPB RAS ).

Milstolpar

• 17 februari 1972 - Research Computing Center (NICC) vid USSR Academy of Sciences organiserades;
• 1972 - avdelningen för datorteknik skapades (chef - V. G. Erokhin );
• 1983 - Institutionen för informatik skapades (chef - V. V. Kornilov ); senare omvandlas till sektorn för informationshämtningssystem (huvud - V.V. Vasilchikov ), som fungerade fram till 1989;
• 1984 - uppgiftsstödgruppen för avdelningen för datorteknik omvandlades till avdelningen för organisation av beräkningsarbete (chef - V. A. Korolev );
• 1986 - Sektorn för problem med datorinlärning skapades (ledd av R. M. Borisyuk );
• 1990 - sektorn för matematiska problem inom biomekanik organiserades
• 1992 - NIVT från USSR Academy of Sciences döptes om till Institutet för matematiska problem i biologi (IMPB) vid Ryska vetenskapsakademin; avdelningarna för datateknik och organisationen av beräkningsarbete upplöstes;
• 1998 - Filosofie doktor valdes till ny direktör för institutet. n. V. D. Lakhno
• 2000 - Inter-Institute Department of Computing and Information Resources (MOVIR) skapades
• 2004 — inrättat bioinformatiklaboratorium
• 2015 - genom beslut av FASO slogs institutet samman med Institutet för tillämpad matematik [1]

Ledare

• Molchanov, Albert Makarievich (1972-1998, regissör)
• Lakhno, Victor Dmitrievich (1998-2016, regissör)
• Lakhno, Victor Dmitrievich (sedan 2016, chef för filialen)

Anmärkningsvärda medarbetare

• Dedus, Florenc Fyodorovich
• Molchanov, Albert Makarievich
• Shnol, Emmanuil Elevich

Länkar

• Officiell webbplats Arkiverad 28 februari 2008 på Wayback Machine
• En kort historia om institutet Arkiverad 2 mars 2009 på Wayback Machine

Anteckningar

1. ↑ 1 2 Order om anslutning av IMPB till IPM . Hämtad 1 mars 2016. Arkiverad från originalet 6 mars 2016. (obestämd)
2. ↑ Tidskriftens officiella webbplats . Hämtad 10 oktober 2017. Arkiverad från originalet 11 oktober 2017. (obestämd)
3. ↑ Laboratorier av IMPB RAS . Hämtad 3 april 2022. Arkiverad från originalet 2 mars 2009. (obestämd)
4. ↑ Matematisk cell projekterar officiella webbplats . Tillträdesdatum: 30 juni 2016. Arkiverad från originalet 11 januari 2016. (obestämd)
5. ↑ Proc. SPIE. Vol.2363. 1995. S.109-112 . Datum för åtkomst: 30 juni 2016. Arkiverad från originalet den 18 augusti 2016. (obestämd)
6. ↑ Proc. SPIE. Vol.2363. 1995. s. 113-118 . Datum för åtkomst: 30 juni 2016. Arkiverad från originalet den 18 augusti 2016. (obestämd)
7. ↑ SBARS - Spectral-Based Approach for Repeats Search . Hämtad 26 september 2017. Arkiverad från originalet 26 september 2017. (obestämd)
8. ↑ Officiell webbplats för Pushchino University  (otillgänglig länk)