En öppen läsram ( Engelska Open Reading Frame , ORF) är en sekvens av nukleotider i DNA eller RNA som potentiellt kan koda för ett protein . Huvudtecknet på närvaron av ORF är frånvaron av stoppkodon (i fallet med RNA, vanligtvis UAA, UGAoch UAG) i en tillräckligt lång sekvens efter startkodonet (i de allra flesta fall, AUG). Eftersom start- och stoppkodonen i vissa fall skiljer sig från de kanoniska, och även på grund av möjligheten till undertryckande (undertryckande av verkan) av stoppkodon under translation i vissa organismer, används algoritmer som tar hänsyn till dessa skillnader vid bestämning av läsram.
Förekomsten av en tillräckligt förlängd öppen läsram kan indikera närvaron i denna region av en gen som kodar för en viss polypeptid . Man bör ta hänsyn till att den stora majoriteten av eukaryota gener har en mosaikstruktur där kodande regioner avbryts av icke-kodande regioner ( introner ). Introner skärs ut från pre- mRNA -molekyler under splitsning för att bilda en intakt läsram i mRNA.
Närvaron av en ORF är ett nödvändigt men inte ett tillräckligt villkor för att hävda närvaron av en gen som kodar för en polypeptid i en given region. För effektiv transkription och translation krävs dessutom ett antal regulatoriska element, i första hand promotorn . Kort sagt, från flera till flera tiotals kodon, är läsramar jämnt fördelade över DNA-sekvensen på grund av rent statistiska skäl och tas inte med i analysen.
Kodningssekvenser kan lokaliseras på vilken som helst av de två DNA-strängarna (om DNA:t inte är enkelsträngat, som i många virus ), i någon av tre möjliga faser: tre vardera, med start från startkodonet AUG , tre vardera från +1 nukleotid från AUGoch så vidare. I analysen beaktas alla sex alternativen, eftersom de i avsaknad av ytterligare information är likvärdiga. För enkelhetens skull används sekvensen för DNA-strängen som är komplementär till den kodande (plussträngen), eftersom dess sekvens motsvarar mRNA-sekvensen.
Öppna läsramar i verkliga gener överlappar sällan. Men i högre eukaryoter är alternativ splitsning utbredd, där en gen kodar för ett antal liknande proteiner, vilket tillsammans med närvaron av introner avsevärt komplicerar sökandet efter eukaryota gener i silico (med hjälp av datormetoder) i jämförelse med prokaryoter .