Santa Apolónia Station ( hamn. Santa Apolónia ) är en järnvägsstation i staden Lissabon ( Portugal ).
Santa Apolonia är den äldsta järnvägsstationen i Lissabon, invigd den 1 maj 1865 . Det ligger mellan det historiska distriktet Alfama på sluttningen av berget St. George och floden Tejo . Efter att Rossio-stationen stod färdig 1890 förlorade den sin betydelse som Lissabons huvudstation; men efter omorganisationen av stadens järnvägsnät i mitten av 1900-talet blev det återigen den de facto huvudstationen i Portugals huvudstad.
Idag följer de flesta fjärrtågen som anländer till Lissabon den nordöstra linjen, på vilken den moderna stationen Oriente byggdes 1998, 6,5 km från Santa Apolonia. Men de flesta tåg, efter att ha stannat vid Orienti, anländer till Santa Apolonia-stationen.