En ren linje är en grupp organismer som har vissa egenskaper som överförs fullständigt till avkomman på grund av den genetiska homogeniteten hos alla individer. I fallet med en gen som har flera alleler är alla organismer som tillhör samma rena härstamning homozygota för samma allel för den genen.
Rena linjer kallas ofta för växtsorter som vid självpollinering ger genetiskt identiska och morfologiskt likartade avkommor.
En analog till en ren linje i mikroorganismer är en stam .
Rena (inavlade) linjer hos djur med korsbefruktning erhålls genom närbesläktade korsningar över flera generationer. Som ett resultat får djur som utgör en ren linje identiska kopior av kromosomerna i vart och ett av de homologa paren.
Rena linjer av ärter användes för korsning i sina experiment av upptäckaren av ärftlighetslagarna, Gregor Mendel . År 1903 visade genetikern W. Johansen ineffektiviteten av urval i rena linjer, vilket spelade en viktig roll i utvecklingen av evolutionsteori och avelspraktik.
För närvarande spelar rena djurlinjer (främst råttor och möss) och växter en viktig roll i biologisk och medicinsk forskning. Den genetiska homogeniteten hos de organismer som används av forskare ökar reproducerbarheten av resultaten och minskar sannolikheten för att genetiska skillnader mellan individer (t.ex. mellan kontroll- och experimentgrupper) påverkar studiens resultat. Med hjälp av traditionella förädlings- och genteknikmetoder har man erhållit många rena linjer med önskade egenskaper (till exempel ökad benägenhet att konsumera alkohol, hög förekomst av olika former av cancer etc.) som används för specifika studier.