Ernst Wilhelm Ebermeier (11 februari 1829, Rechinger – 13 augusti 1908, Hintersee nära Berchtesgaden) var en tysk kemist, arborist och meteorolog. Anses till "skogsmeteorologins fader".
Studerade till en början kemi, naturhistoria och farmaci vid universitetet i München. 1851 klarade han den farmaceutiska examen med utmärkta betyg och började omedelbart efter examen att arbeta i statens mineralogiska kommission. År 1853 erhöll han certifikat i München för rätten att undervisa i tekniska skolor och började undervisa vid lantbruks- och handelsskolan i Nördlingen. I juli 1855 disputerade han vid universitetet i Jena, varefter han undervisade en tid i Pfalz, och i december 1858 började han som lärare i kemi och agronomi vid Skogsakademin i Aschaffenburg, och blev 1861 professor i jordbrukskemi. och markvetenskap vid denna läroanstalt. 1861-1868 var han aktivt engagerad i praktiska skogsbruksexperiment. Sedan 1878 ockuperade han samtidigt avdelningarna för agronomisk kemi, markvetenskap och meteorologi vid universitetet i München och fick titeln full professor. Han undervisade fram till 1900 . Ebermeier initierade etableringen av skogsförsöksstationer och skogsmeteorologiska stationer i Bayern (från 1866-1868) för att studera klimatet i skogsområden, som lånades från Preussen av Österrike-Ungern, Schweiz, Sverige och andra länder.