Bioledare
Bioconductor är ett massivt FLOSS- projekt som tillhandahåller många fristående paket för bioinformatikforskning. Innehåller en verktygslåda för att analysera och förstå genomisk data, kommenterade chipnamn, biologiska sekvenskommentarer, etc., såväl som själva experimentella data.
Den använder programmeringsspråket R , tack vare vilket det stöder plattformsoberoende ( Linux , de flesta UNIX-liknande system , Mac OS X , Windows ). Utvecklad och distribuerad fritt och öppet. Releases släpps två gånger om året. Den har en aktiv fri gemenskap av utvecklare och forskare, vilket är typiskt för bra projekt med öppen källkod. Beskrivningar av projektet och ändringar av det ges ut i form av en årsredovisning [1] .
Innehåller för närvarande över 2000 paket.
Projektmål
Bioconductors huvudmål är:
- Ge öppen tillgång till ett brett utbud av kraftfulla statistiska och grafiska metoder för att analysera genomisk data.
- Underlätta inkluderingen av biologisk metadata i analysen av genomiska data, t.ex. litteraturdata från PubMed , kommenterade data från Entrez .
- Tillhandahålla en gemensam mjukvaruplattform som möjliggör snabb utveckling och distribution av utbyggbara, skalbara och interoperabla program.
- Ytterligare vetenskaplig insikt samtidigt som man skapar högkvalitativ dokumentation för reproducerbar forskning.
- Utbilda forskare i beräknings- och statistiska metoder för att analysera genomiska data.
Projekthistorik
Projektet startade 2001 vid Dana Farber Cancer Institute . [2]
Betydelsen av projektet
Paket
De tre huvudgrupperna av paket är de faktiska statistiska och grafikpaketen ( Software ), annotationspaket ( AnnotationData ) och experimentella data ( ExperimentData ).
Antalet förpackningar i gruppen anges inom parentes.
Programvara (936)
Analysdomän (299)
- aCGH(12)
- CellBasedAssays (38)
- Chip Chip (7)
- CopyNumberVariation(43)
- CpGIsland (6)
- DNA-metylering (38)
- ExonArray (6)
- Genuttryck (131)
- Genetisk variation (23)
- SNP:er (40)
- Transkription (47)
Biologisk fråga (261)
- Alternativ skarvning (7)
- Täckning (13)
- Differentiella uttryck (164)
- Differentialmetylering (8)
- Differential Peak Calling (1)
- Differentialskarvning (6)
- Funktionell förutsägelse (1)
- GeneRegulation (21)
- Geneset-anrikning (41)
- GeneTarget(1)
- GenomAnnotation (10)
- GenomicVariation (6)
- Länkningsojämvikt (1)
- MotivAnnotation (3)
- MotivDiscovery (4)
- Nätverksanrikning (13)
- NetworkInference(17)
- Sekvensmatchning (17)
- Somatisk mutation (4)
- VariantDetection (1)
Infrastruktur (186)
- Dataimport (82)
- Datarepresentation(34)
- GUI (19)
- ThirdPartyClient (9)
ResearchField (193)
- Biomedicinsk informatik (2)
- Cellbiologi (20)
- Kemiformatik (3)
- Funktionell genomik (1)
- Genetik (96)
- Metabolomics (12)
- Metagenomics (5)
- Proteomics (65)
- Systembiologi (10)
StatisticalMethod (261)
- Bayesian (15)
- klassificering (65)
- Klustring (89)
- DecisionTree (7)
- DimensionReduction(2)
- FeatureExtraction (2)
- Graf och nätverk (69)
- HiddenMarkovModel (4)
- Neuralt nätverk (1)
- PrincipalComponent (2)
- Regression (7)
- Strukturella ekvationsmodeller (1)
- SupportVectorMachine(1)
- Överlevnad (4)
- Tidskurs (29)
Teknik (591)
Masspektrometri (44)
Microarray (328)
- Chip On Chip (1)
- MethylationArray(7)
- mRNA Microarray (3)
- Flerkanal (3)
- En kanal (68)
- Proprietära plattformar (2)
- två kanaler (53)
- Mikrotiterplattanalys (13)
- qPCR (9)
- SAGE (9)
Sekvensering (212)
- ChIPSeq(40)
- DNA-sekvens (6)
- ExomeSeq (3)
- MetylSeq(10)
- Mikrobiom (3)
- miRNA (4)
- RIPSeq (1)
- RNASeq (76)
- Riktad omsekvensering (2)
- Hela genomet (3)
WorkflowStep (477)
- Justering (8)
- Anteckning (67)
- Batcheffekt (5)
- Experimentell design (2)
- Multipeljämförelse (76)
- normalisering (15)
stigar (69)
- Förbearbetning (128)
- Kvalitetskontroll (95)
- Rapportskrivning (25)
visualisering (218)
AnnotationData(895)
ChipManufacturer (374)
- AffymetrixChip (336)
- Agilent Chip (15)
- Illumina Chip (19)
- INDACChip (1)
- Qiagen Chip (1)
- RNG_MRCChip(2)
Chipnamn (195)
- adme16kod (1)
- ag(3)
- ath1121501(3)
- celegans (3)
- drosgenome1 (3)
- drosophila2 (3)
- h10kcode(1)
- h20kcode(1)
- hcg110 (3)
- hgfocus(3)
- hgu133a (4)
- hgu133a2(4)
- hgu133b(3)
- hgu133plus2 (4)
- hgu95a(3)
- hgu95av2 (4)
- hgu95b (3)
- hgu95c (3)
- hgu95d (3)
- hgu95e (3)
- hguatlas13k (1)
- hgug4100a (1)
- hgug4101a (1)
- hgug4110b (1)
- hgug4111a (1)
- hgug4112a (1)
- hguqiagenv3 (1)
- hi16code(1)
- hs25cresogen(1)
- hu35ksuba (3)
- hu35ksubb (3)
- hu35ksubc (3)
- hu35ksubd(3)
- hu6800 (3)
- HuO22 (1)
- hwgcode(1)
- illuminaHumanv1 (1)
- illuminaHumanv2 (1)
- illuminaMousev1 (1)
- illuminaMousev1p1 (1)
- illuminaRatv1 (1)
- indac (1)
- m10kcode(1)
- m20kcode(1)
- mgu74a (3)
- mgu74av2 (3)
- mgu74b (3)
- mgu74bv2 (3)
- mgu74c (3)
- mgu74cv2 (3)
- mguatlas5k (1)
- mgug4121a (1)
- mgug4122a (1)
- mi16code(1)
- mm24cresogen(1)
- moe430a (3)
- moe430b (3)
- mouse4302 (4)
- mouse430a2 (4)
- mpedbarray(1)
- mu11ksuba (3)
- mu11ksubb (3)
- Mu15v1 (1)
- mu19ksuba (2)
- mu19ksubb (2)
- mu19ksubc (2)
- Mu22v3 (1)
- mwgcode(1)
- Norge981 (1)
- OperanHumanV3 (1)
- PartheenMetaData (1)
- pedbarrayv10(1)
- pedbarrayv9 (1)
- r10kcode(1)
- rae230a (3)
- rae230b (3)
- rat2302(3)
- rgu34a(3)
- rgu34b(3)
- rgu34c(3)
- rgug4130a (1)
- ri16cod (1)
- rnu34(3)
- Roberts 2005 Annotation (1)
- rtu34 (3)
- rwgcode(1)
- SHDZ (1)
- u133x3p (3)
- xenopuslaevis (2)
- jäst2 (3)
- ygs98 (4)
- zebrafisk (3)
CustomCDF (16)
CustomDBSchema (11)
- GeneCardsCustomSchema (8)
- Funktionell anteckning (13)
Organism (532)
- Anopheles_gambiae (4)
- Apis_mellifera (3)
- Arabidopsis_thaliana (12)
- Bacillus_subtilis (2)
- Bos_taurus (11)
- Caenorhabditis_elegans (10)
- canis_familiaris (12)
- Danio_rerio (12)
- Drosophila_melanogaster (15)
- Escherichia_coli (12)
- Gallus_gallus (9)
- Gasterosteus_aculeatus (2)
- Homo_sapiens (201)
- Hordeum_vulgare (2)
- Macaca_mulatta (7)
- Mus_musculus (103)
- Oryza_sativa (1)
- Pan_troglodytes (6)
- Plasmodium_falciparum (4)
- Pseudomonas_aeruginosa (2)
- Rattus_norvegicus (65)
- Saccharomyces_cerevisiae (18)
- Saccharum_officinarum (2)
- Staphylococcus_aureus (2)
- Sus_scrofa (7)
- Taeniopygia_guttata (2)
- Vitis_vinifera (2)
- Xenopus_laevis (3)
- Xenopus_tropicalis (1)
- Zea_mays (2)
PackageType (524)
- BSgenome (69)
- cdf (126)
- ChipDb (155)
- db0 (19)
- InparanoidDb (8)
- MeSHDb (3)
- OrganismDb (3)
- OrgDb (19)
- sond(104)
- SNPlocs (1)
- txdb (17)
SequenceAnnotation (3)
Experimentdata (223)
cancer (35)
- Bröst (2)
- kolon (2)
- Njure (1)
- Leukemi (6)
- Lunga (1)
- Ovarian (1)
- ChIPchipData(1)
- ChIPseqData(4)
- EcoliData (1)
- ExpressionData(4)
- hapmap (7)
- HighThroughputSequencingData(9)
- HIV(1)
- MassSpectrometriData(7)
- Normalvävnad (3)
- RNAExpressionData (16)
- RNAseqData(19)
- Stamceller (1)
- Jäst (10)
Releaser
Releases kommer ut två gånger om året – på våren och hösten. Varje ny version kräver den senaste versionen av R- distributionen som ett beroende .
| Version
|
releasedatum
|
Antal paket
(under "Programvara")
|
Missbruk
|
| 1.0
|
1 maj 2001
|
femton
|
R1,5
|
| 1.1
|
19 november 2002
|
tjugo
|
R1,6
|
| 1.2
|
29 maj 2003
|
trettio
|
R 1,7
|
| 1.3
|
30 oktober 2003
|
49
|
R1,8
|
| 1.4
|
17 maj 2004
|
81
|
R 1,9
|
| 1.5
|
25 oktober 2004
|
100
|
R2,0
|
| 1.6
|
18 maj 2005
|
123
|
R2.1
|
| 1.7
|
14 oktober 2005
|
141
|
R2.2
|
| 1.8
|
27 april 2006
|
172
|
R2.3
|
| 1.9
|
4 oktober 2006
|
188
|
R2.4
|
| 2.0
|
26 april 2007
|
214
|
R2,5
|
| 2.1
|
8 oktober 2007
|
233
|
R2,6
|
| 2.2
|
1 maj 2008
|
260
|
R2,7
|
| 2.3
|
22 oktober 2008
|
294
|
R2,8
|
| 2.4
|
21 april 2009
|
320
|
R2,9
|
| 2.5
|
28 oktober 2009
|
352
|
R2,10
|
| 2.6
|
23 april 2010
|
389
|
R2,11
|
| 2.7
|
18 oktober 2010
|
418
|
R2,12
|
| 2.8
|
14 april 2011
|
466
|
R2,13
|
| 2.9
|
1 november 2011
|
517
|
R2,14
|
| 2.10
|
2 november 2012
|
554
|
R2,15
|
| 2.11
|
3 oktober 2012
|
610
|
R2,15
|
| 2.12
|
4 april 2013
|
671
|
R3,0
|
| 2.13
|
15 oktober 2013
|
749
|
R3,0
|
| 2.14
|
14 april 2014
|
824
|
R3.1
|
| 3.0
|
14 oktober 2014
|
934
|
R3.1
|
Användningsexempel
Se även
Anteckningar
- ↑ Årsrapporter om projektet på den officiella webbplatsen . Hämtad 7 februari 2015. Arkiverad från originalet 7 februari 2015. (obestämd)
- ↑ R. Gentleman. [ http://www.bioconductor.org/about/annual-reports/AnnRep2002.pdf Årsrapport 2002 för Bioconductor. Project, DFCI]. — 29 maj 2008. Arkiverad från originalet 23 september 2015.
Länkar
Officiell webbplats - http://www.bioconductor.org/