| PHYLIP | |
|---|---|
| Sorts | Bioinformatik |
| Författare | Felsenstein, Joseph |
| Utvecklaren | J. Felsenstein |
| Skrivet i | HTML [2] |
| Operativ system | Apple Macintosh , Microsoft Windows |
| Första upplagan | 1980 [1] |
| senaste versionen | 3 697 (02.11.2014) |
| Licens | allmängods |
| Hemsida | evolution.genetics.washington.edu/… |
PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) är programvara för att bygga fylogenetiska träd. Paketet består av 35 program som inte har något grafiskt gränssnitt. Inkommande data är i det proprietära PHYLIP-formatet. Outtree-filen som innehåller trädet är i det universella Newick-formatet.
Sedan september 1980, när programmet släpptes för första gången, har det mer än 28 000 officiellt registrerade användare.
Det finns ett antal mjukvaruprodukter som tillhandahåller ett grafiskt gränssnitt till PHYLIP- funktionaliteten . På ryska distribueras UGENE- systemet gratis , vilket låter dig bygga träd med hjälp av PHYLIP- algoritmer , visualisera dem och spara dem i Newick-format.
| Programnamn | Programbeskrivning |
|---|---|
| protpars | Uppskattar fylogenin av proteinsekvenser med hjälp av den maximala parsimonymetoden. |
| dnapars | Utvärderar fylogenin av DNA-sekvenser med den maximala sparsamhetsmetoden. |
| dnapenny | DNA-gren och bunden metod. Söker i alla mest sparsamma fylogenier efter aminosyrasekvenser. |
| dnamove | Interaktiv konstruktion av en fylogeni från aminosyrasekvenser, uppskattad med hjälp av den maximala parsimonymetoden för DNA. |
| dnacomp | Uppskattning av fylogeni enligt aminosyrasekvenser med användning av kompatibilitetskriteriet. |
| dnaml | Uppskattar fylogeni från nukleotidsekvenser med hjälp av maximum likelihood-metoden. |
| dnamlk | DNA maximum likelihood metod med molekylär klocka. |
| proml | Uppskattar fylogeni från aminosyrasekvenser med hjälp av maximum likelihood-metoden. |
| promlk | Maximal likelihood-metod med molekylär klocka för proteinsekvenser. |
| restml | Fylogenisk uppskattning genom maximal sannolikhetsmetod med användning av information om restriktionsplats (närvaro eller frånvaro av enskilda platser). |
| dnainvar | För fyra arter nukleinsyrasekvensdata, beräknar Lakes och Cavenders fylogenetiska invarianter som testar för en alternativ trädtopologi. |
| dnadist | Avståndsmetod för DNA, som räknar 4 olika avstånd mellan individer efter aminosyrasekvenser. Avståndet kan sedan användas i program med distansmatriser. |
| protdist | Maximalt sannolikhetsavståndsuppskattning. |
| restdist | Avstånd beräknade från restriktionsplatsdata eller restriktionsfragmentdata. |
| seqboot | Läser data och returnerar en datamängd med hjälp av en statistisk bootstrap. |
| fitch | Fitch-Margoliash avståndsmatrismetod. Uppskattning av fylogeni från distansmatrisdata med hjälp av en "kumulativ trädmodell" där avstånd förväntas vara summan av grenlängder mellan arter. |
| kitsch | Fitch-Margoliash avståndsmatrismetod med molekylär klocka. Uppskattning av fylogeni från distansmatrisdata med hjälp av en "ultrametrisk" modell, som är samma som den aggregerade trädmodellen, förutom att den evolutionära klockan tas med i beräkningen. |
| granne | Implementering av metoden Neighbor-Joining (metoden för att sammanfoga grannar) och UPGMA-metoden (metoden för oviktad parvis gruppering med medelvärde). |
| kontml | Uppskattar fylogeni från genfrekvensdata med hjälp av maximum likelihood-metoden (alla skillnader på grund av genetisk drift i frånvaro av nya mutationer). Detta program kan också utföra maximal sannolikhetsanalys av funktioner som utvecklas som en Brownsk rörelsemodell, förutsatt att funktionerna utvecklas i samma takt. |
| kontrast | Läser ett träd från en fil och returnerar oberoende funktionsskillnader som ska användas i multivariabel statistik. |
| genist | Ett genetiskt avståndsprogram som beräknar t med hjälp av en av tre genetiska distansformler med hjälp av genfrekvensdata. |
| pars | En oordnad sparsamhetsmetod i flera tillstånd som tar hänsyn till individuella egenskaper. |
| blanda | Uppskattning av fylogeni med vissa sparsamhetsmetoder för diskreta egenskaper med två tillstånd (0 och 1). Låter dig använda Wagner Lean-metoden, Camin-Sokal Lean-metoden eller vilken kombination som helst av de två. |
| penny | Separationen eller länkningen av blandade metoder som finner ökande fylogenisparsimony för enstaka särdragsdata med två tillstånd, för Wagners metod, Camin-Sokal, och blandade parsimonykriterier, används gren-och-bunden exakt sökning. |
| flytta | Interaktiv konstruktion av en fylogeni från data om individuella egenskaper med två tillstånd (0 och 1). Bedömer sparsamheten och kompatibilitetskriterierna för den fylogenin och visar återhämtade tillstånd i hela trädet. |
| klick | Uppskattning av fylogeni med hjälp av Dollo- eller parsimonypolymorfismkriterier för data med enstaka egenskaper med två tillstånd (0 och 1). |
| dolpenny | Hittar alla majoriteter av den sparsamma fylogenin för givna enstaka 2-tillståndsegenskaper, för Dollo eller polymorfism sparsamhetskriterier används gren-och-bunden exakt sökning. |
| dolmove | Interaktiv konstruktion av en fylogeni från data med enstaka funktioner med två tillstånd (0 och 1) med hjälp av Dollo- eller polymorfism-parsimonykriterier. Utvärderar sparsamhets- och fylogenikompatibilitetskriterier och visar återvunna tillstånd över trädet. |
| klick | Hittar den största klicken av ömsesidigt kompatibla karaktärer och fylogenin de rekommenderar för data med enstaka tecken med två tillstånd (0 och 1). Den största klicken (eller alla klick inom ett givet största storleksintervall) är en mycket snabb metod för att hitta grenar och länkar. |
| faktor | En funktionsomvandlare som tar diskreta flertillståndsdata med tillståndsfunktionsträd och producerar en motsvarande tvåtillståndsdatauppsättning (0 och 1). |
| dragträd | Programmet ritar ett icke-rotat träd som drawgram. |
| känsla | Ett konsensusträdsprogram som beräknar ett träds konsensus med hjälp av majoritetsregelkonsensusträdmetoden, vilket också gör det enkelt att hitta ett starkt konsensusträd. |
| trädist | Beräknar Robinson-Foulds symmetriska avståndsskillnader mellan träd som tillåter skillnader i trädtopologi. |
| återträda | En interaktiv trädombyggare som läser i trädet (med grenlängder om det behövs) och låter dig rota om trädet, klicka på grenar, ändra artnamn och grenlängder och sedan skriva ut resultatet. Kan användas för att konvertera rotade och icke-rotade träd till varandra. |