SNRNP200

Litet nukleärt ribonukleoprotein 200kDa (U5)

PDB -rendering baserad på 2q0z.

Tillgängliga strukturer

Ortologisk sökning: PDBe , RCSB

Lista över PDB-ID
2Q0Z , 4F91 , 4F92 , 4F93 , 4KIT

Identifierare

Symbol

SNRNP200 ; ASCC3L1; BRR2; HELIC2; RP33; U5-200KD

Externa ID:n

OMIM: 601664 MGI : 2444401 HomoloGene : 5859 GeneCards : SNRNP200 Gene

EG-nummer

3.6.4.13

Genontologi
Fungera	• ATP-beroende RNA-helikasaktivitet • proteinbindning • ATP-bindning • ATP-beroende helikasaktivitet • identisk proteinbindning • poly(A) RNA-bindning
cellkomponent	• kärna • nukleoplasma • spliceosomalt komplex • U5 snRNP • nukleolus • membran • katalytisk steg 2 spliceosom
biologisk process	• cis-montering av prekatalytisk spliceosom • mRNA-splitsning, via spliceosom • osteoblastdifferentiering • ATP-katabolisk process • RNA-splitsning • genuttryck
Källor: Amigo / QuickGO

ortologer

Mänsklig

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 2:
96,94 – 96,97 Mb

Chr 2:
127,21 - 127,24 Mb

Sök i PubMed

[ett]

[2]

Litet nukleärt ribonukleoproteinhelikas 200 kDa (U5) är ett enzym som kodas i människokroppen av SNRNP200 - genen [ 1] [2] [3] [4] [5] .

Splitsning av pre-m- RNA katalyseras av spliceosomen , ett komplex av specialiserade RNA- och proteinsubenheter som tar bort introner från pre-m- RNA - segmentet . Splitsosomen är sammansatt av små RNA -kärnproteiner ( snRNPs ) U1, U2, U4, U5 och U6, tillsammans med cirka 80 konserverade proteiner . snRNP U5 innehåller nio specifika proteiner . Denna gen kodar för ett av de snRNP-specifika U5- proteinerna , som förmodligen tillhör DEXH-boxen i helikas -RNA- familjen . Det är huvudkomponenten i U4/U6-U5 snRNP och tros katalysera den ATP - beroende avvecklingen av U4/U6 RNA . Mutationer i denna gen orsakar autosomal dominant retinitis pigmentosa typ 33. Alternativa varianter av splitsningstranskript som kodar för olika isoformer har hittats, men den fullständiga karaktären av dessa varianter har förblivit osäker [5] .

Anteckningar

↑ Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Förutsägelse av de kodande sekvenserna för oidentifierade mänskliga gener. XI. De kompletta sekvenserna av 100 nya cDNA-kloner från hjärnan som kodar för stora proteiner in vitro // DNA Res : journal. - 1999. - April ( vol. 5 , nr 5 ). - s. 277-286 . - doi : 10.1093/dnares/5.5.277 . — PMID 9872452 .
↑ Lauber J., Fabrizio P., Teigelkamp S., Lane WS, Hartmann E., Luhrmann R. Det HeLa 200 kDa U5 snRNP-specifika proteinet och dess homolog i Saccharomyces cerevisiae är medlemmar av DEXH-box-proteinfamiljen av förmodat RNA helicases (engelska) // EMBO J : journal. - 1996. - Oktober ( vol. 15 , nr 15 ). - P. 4001-4015 . — PMID 8670905 .
↑ Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luhrmann R. Det mänskliga U5-220kD-proteinet (hPrp8) bildar ett stabilt RNA-fritt komplex med flera U5-specifika proteiner, inklusive en RNA Unwindase, en homolog av ribosomal förlängningsfaktor EF-2 och ett nytt WD-40-protein // Mol Cell Biol : journal. - 1998. - November ( vol. 18 , nr 11 ). - P. 6756-6766 . — PMID 9774689 .
↑ Laggerbauer B., Achsel T., Luhrmann R. Det mänskliga U5-200kD DEXH-box-proteinet lindar upp U4/U6 RNA-dupliceringar in vitro // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 1998. - Maj ( vol. 95 , nr 8 ). - P. 4188-4192 . - doi : 10.1073/pnas.95.8.4188 . — PMID 9539711 .
↑ 1 2 Entrez-gen: ASCC3L1-aktiverande signalkointegrator 1 komplex subenhet 3-liknande 1 . (obestämd)

Litteratur

Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H., et al. Konstruktion av expressionsfärdiga cDNA-kloner för KIAA-gener: manuell kuration av 330 KIAA cDNA-kloner // DNA Res . : journal. - 2003. - Vol. 9 , nej. 3 . - S. 99-106 . - doi : 10.1093/dnares/9.3.99 . — PMID 12168954 .
Laggerbauer B., Lauber J., Lührmann R. Identifiering av en RNA-beroende ATPas-aktivitet i däggdjurs U5 snRNPs // Nucleic Acids Res . : journal. - 1996. - Vol. 24 , nr. 5 . - s. 868-875 . doi : 10.1093 / nar/24.5.868 . — PMID 8600454 .
Meister G., Hannus S., Plöttner O., et al. SMNrp är en viktig pre-mRNA-splitsningsfaktor som krävs för bildandet av den mogna splitsosomen // EMBO J. : journal. - 2001. - Vol. 20 , nej. 9 . - P. 2304-2314 . - doi : 10.1093/emboj/20.9.2304 . — PMID 11331595 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et al. Riktad proteomisk analys av den mänskliga nukleolen (engelska) // Curr. Biol. : journal. - 2002. - Vol. 12 , nr. 1 . - S. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, et al. Rening och karakterisering av naturliga spliceosomer lämpliga för tredimensionell strukturanalys // RNA : journal. - 2002. - Vol. 8 , nr. 4 . - s. 426-439 . - doi : 10.1017/S1355838202021088 . — PMID 11991638 .
Peng R., Dye BT, Perez I., et al. PSF och p54nrb binder en konserverad stam i U5 snRNA (odefinierat) // RNA. - 2002. - T. 8 , nr 10 . - S. 1334-1347 . - doi : 10.1017/S1355838202022070 . — PMID 12403470 .
Nakayama M., Kikuno R., Ohara O. Protein–proteininteraktioner mellan stora proteiner: tvåhybridscreening med användning av ett funktionellt klassificerat bibliotek som består av långa cDNA:er // Genome Res . : journal. - 2003. - Vol. 12 , nr. 11 . - P. 1773-1784 . - doi : 10.1101/gr.406902 . — PMID 12421765 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds cDNA-sekvenser för människor och mus // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Vol. 99 , nr. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 fullängds humana cDNA // Nat . Genet. : journal. - 2004. - Vol. 36 , nr. 1 . - S. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Will CL, Schneider C., Hossbach M., et al. Den mänskliga 18S U11/U12 snRNP innehåller en uppsättning nya proteiner som inte finns i den U2-beroende spliceosomen // RNA: journal. - 2004. - Vol. 10 , nej. 6 . - P. 929-941 . - doi : 10.1261/rna.7320604 . — PMID 15146077 .
Vertegaal AC, Ogg SC, Jaffray E., et al. En proteomisk studie av SUMO-2-målproteiner (engelska) // J. Biol. Chem. : journal. - 2004. - Vol. 279 , nr. 32 . - P. 33791-33798 . - doi : 10.1074/jbc.M404201200 . — PMID 15175327 .
Beausoleil SA, Jedrychowski M., Schwartz D., et al. Storskalig karakterisering av HeLa cell nukleära fosfoproteiner (engelska) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 2004. - Vol. 101 , nr. 33 . - P. 12130-12135 . - doi : 10.1073/pnas.0404720101 . — PMID 15302935 .
Jin J., Smith F.D., Stark C., et al. Proteomisk, funktionell och domänbaserad analys av in vivo 14-3-3-bindande proteiner involverade i cytoskelettreglering och cellulär organisation // Curr . Biol. : journal. - 2004. - Vol. 14 , nr. 16 . - P. 1436-1450 . - doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . — PMID 15324660 .
Gerhard DS, Wagner L., Feingold EA, et al. Statusen, kvaliteten och expansionen av NIHs fullängds cDNA-projekt: The Mammalian Gene Collection (MGC ) // Genome Res. : journal. - 2004. - Vol. 14 , nr. 10B . - P. 2121-2127 . - doi : 10.1101/gr.2596504 . — PMID 15489334 .
Andersen JS, Lam YW, Leung AK, et al. Nukleolär proteomdynamik (engelska) // Nature. - 2005. - Vol. 433 , nr. 7021 . - S. 77-83 . - doi : 10.1038/nature03207 . — PMID 15635413 .