Jesuitkyrkan är en av de äldsta kyrkorna i Valletta , samt en av de största i det lokala stiftet. På kyrkans territorium finns det förutom själva templet också en högskola. St. Ignatius de Loyola , grundaren av jesuitorden , bestämde sig för att grunda ett kollegium på Malta redan 1553 , men hans framträdande förverkligades först 1592 , när påven Clement VIII gav lämpliga instruktioner. 4 september 1595, stormästare av Hospitallarorden Martin Garzezlade grundstenen till den. Jesuitkollegiet var ursprungligen kyrkligt, inte vetenskapligt, där kandidater till prästadömet utbildades.
I september 1634 inträffade en stor explosion på kyrkans område som orsakade allvarliga skador på både templet och högskolan. Militäringenjören och arkitekten av Hospitallarorden , Francesco Buonamici från Lucca , tog över återuppbyggnaden av den nya kyrkan . Kyrkan var den första byggnaden på Malta , vars konstruktion övervakades av en arkitekt med ett världsomspännande rykte på den tiden. Kyrkans fasad är gjord i barockstil medan interiören är en dorisk ordning .
Jesuiterna drev högskolan fram till 1798 , då stormästaren Manuel Pinto da Fronseca var tvungen att lämna ön på grund av fransk ockupation. Under åren återupptog högskolan sin verksamhet och blev känt som Maltas universitet.