Zymografi är en elektroforetisk teknik baserad på SDS-PAGE som involverar substratsampolymerisation med en polyakrylamidgel för att detektera enzymatisk aktivitet. Prover framställs i standard SDS-PAGE- buffert, men utan kokning och utan reduktionsmedel. Efter elektrofores avlägsnas SDS från gelén (eller zymogrammet ) genom att åldras i obuffrad Triton X-100följt av exponering för en lämplig rötningsbuffert, under en optimal tidsperiod vid 37 °C. Därefter färgas zymogrammet (vanligtvis Amide Black och Coomassie Brilliant Blue), och där substratet har klyvts av enzymet uppträder klyvningsområden som distinkta ränder mot en mörkfärgad bakgrund. Dessa protokoll behöver dock kraftiga förbättringar. Till exempel överlever D. melanogaster digestivt glykosidas under reducerade förhållanden (dvs i närvaro av 2-merkaptoetanol eller DTT) och volymetrisk uppvärmning.
Separering genom ytterligare uppvärmning till 50°C leder faktiskt till en tydlig ökning av upplösningen av banden, utan betydande förlust av aktiviteter.
Gelatin är det vanligaste substratet och kan vara användbart för att demonstrera aktiviteten hos gelatinnedbrytande proteaser, men zymografi kan appliceras på ett brett spektrum av enzymer inklusive xylanaser, proteaser, lipaser, kitanaser, etc.
Det allmänna protokollet som tidigare använts för zymografi av alfa-amylasaktiviteter har kallats WW Doane-protokollet för tunt stärkelseskikt. Enligt detta protokoll kördes en initial PAGE-gel för att separera proteinerna i homogenatet. Därefter täcktes en tunn gel med stärkelse löst i den (eller mer exakt, suspenderad) ovanpå med den ursprungliga gelén en stund. Stärkelse färgades med Lugols lösning.
Omvänd zymografi sampolymeriserar både substratet och enzymet med akrylamid och detta är användbart för att demonstrera enzyminhibitoraktivitet . Vid efterföljande färgning visualiseras hämningsställen som mörka fläckar på en klar (eller ljusfärgad) bakgrund.