Contig

En contig (från engelskan.  contiguous ) är en uppsättning av överlappande DNA-segment, som tillsammans representerar en DNA-konsensusregion [1] .

I uppgiften att sammanställa genomet är contigs långa sträckor av DNA (strängar av nukleotider ) som produceras under monteringsprocessen.

Sekvenser

Contig-sekvensering är en kontinuerlig (icke-sammanhängande) process som är resultatet av återmontering av små DNA-fragment producerade med hagelgevärsmetoden . Betydelsen av "contig" överensstämmer med Roger Stadens ursprungliga definition från 1979. Nedifrån-och-upp-DNA-sekvenseringsstrategin innebär att dela upp genomet i många små fragment ("botten"), sekvensera och sätta ihop dem tillbaka till centigs och, i slutändan, hela genomet ("upp"). Eftersom nuvarande teknologier tillåter direkt sekvensering av endast relativt korta DNA-fragment (300–1000 nukleotider), måste genomiskt DNA fragmenteras i små bitar innan sekvensering.

Idag används tekniken för "parad-end-sekvensering" i stor utsträckning, där längre, enhetligt stora fragment av DNA sekvenseras .

Anteckningar

  1. Gregory, S. Contig-församlingen . Encyclopedia of Life Sciences, 2005