Open biomedical ontologies (OBO, engelska Open Biomedical Ontologies , som tidigare använts termen engelska Open Biological Ontologies - Open Biological Ontologies ) är ett initiativ från vetenskapssamfundet för att utveckla en enhetlig begreppsapparat inom olika grenar av biologi och medicin .
Kärnan i det biomedicinska ontologibiblioteket är OBO Foundry [1] , ett samarbetsexperiment som involverar en grupp ontologiutvecklare som enades om en uppsättning principer som sammanfattar bästa praxis för ontologiutveckling. Dessa principer är avsedda att främja interoperabilitet av ontologier inom den bredare ramen för biomedicinska ontologier, samt att säkerställa en gradvis ökning av kvalitet och formell rigor i vidareutvecklingen av ontologier.
Ontology Lookup Service [2] är en spin-off av PRIDE-projektet som kräver ett centraliserat gränssnitt för ontologifrågor och nyckelordssökningar. Även om många ontologier är tillgängliga i onlinetjänster, har var och en av dessa tjänster sitt eget fråge- och utdatagränssnittsformat. Ontology Lookup Service tillhandahåller ett webbtjänstgränssnitt för att söka efter flera ontologier från en enda plats med ett enhetligt datautdataformat.
Målet med Gene Ontology Consortium är att skapa en bas av termer som kan appliceras på alla organismer, förutsatt att kunskap om gener och proteins roll i celler ständigt ackumuleras och förändras. Genontologi stöder tre strukturerade nätverk av termer för att beskriva egenskaperna hos genetiska produkter.
Sequencing Ontologies [3] är en del av projektet Gene Ontology, som syftar till att utveckla en ontologi lämplig för att beskriva biologiska sekvenser. Detta är resultatet av ett samarbete mellan ett antal genetiska forskningscentra som WormBase, Berkeley Drosophila Genome Project, FlyBase, Mouse Genome Informatics-gruppen och Sanger Institute.
Generic Model Organism Database (GMOD) är resultatet av ett samarbetande kroppsdatabasmodelleringsarbete av WormBase, FlyBase, MGI, SGD, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc och TAIR för att utveckla återanvändbara komponenter för att skapa nya biomedicinska databaser.
SOFG [4] är en webbplats och kommunikationsplattform för att sammanföra biologer, bioinformatiker och datavetare för att utveckla och använda standarder och ontologier, med fokus på att beskriva högteknologiska experiment inom genomikområdet.
Communityn för Functional Genomics Data ( FGED ) är en internationell organisation av biologer, datavetare och analytiker som syftar till att främja utbyte av data som genereras från experiment med funktionell genomik.
Ontology for Biomedical Investigations (OBI) är en öppen resurs som sammanför ontologier för att beskriva biologisk och klinisk forskning. OBI erbjuder studieformat, protokoll, dataformat och material som används. Projektet är utvecklat inom ramen för OBO Foundry och följer därmed alla dess principer, i synnerhet ortogonal täckning (det vill säga en tydlig distinktion mellan de ontologier som används) och användningen av vanliga formella språk. Det vanliga formella språket i OBI är Web Ontology Language (OWL).
Plantontologikonsortiet [5] är inriktat på att skapa, utveckla och utbyta data inom området ontologier som beskriver växter och levande strukturer i tillväxt-/utvecklingsstadiet. Projektet underlättar frågedriven datainsamling från multidimensionella databaser, vilket underlättar en konsekvent användning av dessa ontologier för att beskriva vävnader, gener, proteiner och fenotyper i organismers tillväxtstadium.
Phenoscape är ett projekt för att skapa en databas över fenotypen av arten Osteriophysi (en stor grupp benfiskar). Data härleds med hjälp av beskrivningar som kombinerar termer från Ontology of Anatomy, Taxonomic Ontology och kvalitativa termer från PATO-ontologin av fenotypkvaliteter [6] . Ett antal andra OBO-ontologier används också. Anatomins ontologi utvecklades utifrån ontologierna från Zebrafish Information Network. [7]
Tack vare samhällets ansträngningar har en gemensam displaystandard utvecklats som tillåter datakonvertering från OBO-formatet till OWL utan betydande förluster. [åtta]