| Fykoerytrin, α/β-kedjor | |
|---|---|
| Identifierare | |
| Symbol | Phycoerythr_ab |
| Pfam | PF02972 |
| Interpro | IPR004228 |
| SCOP | 1qgw |
| SUPERFAMILJ | 1qgw |
| Tillgängliga proteinstrukturer | |
| Pfam | strukturer |
| PDB | RCSB PDB ; PDBe ; PDBj |
| PDBsumma | 3D-modell |
Phycoerythrin (från annan grekisk φῦκος - alger och ἐρῠθρός - röd) är ett extra rött fotosyntetiskt pigment som finns i cyanobakterier och röda alger . Phycoerythrin, liksom alla phycobiliproteins , består av en proteindel byggd av α- och β-partiklar organiserade i en hexagon och kovalent kopplade till kromoforer , kallade phycobilins . Fykoerytriner kan binda till det största antalet fykobiliner (upp till sex per α-β dimer).
Absorptionsmaximum i den synliga delen av spektrumet är cirka 495 och 546/566 nm och beror på den specifika organismen . Emissionstoppen är i området 575 ± 10 nm (fykoerytrin absorberar ljusgrönblått/gulaktigt ljus och avger ljusgul-orange).
Phycoeryrin är ett hjälppigment i klorofyll . Ljusenergi fångas upp av fykoerytrin och överförs sedan till reaktionscentret via fykobiliproteinerna phycocyanin och allophycocyanin .
R-Phycoerythrin används i laboratorier som en fluorescerande indikator för närvaron av cyanobakterier och för att märka antikroppar i en teknik som kallas immunfluorescens . Det finns även andra typer av fykoerytriner, såsom B-fykoerytrin, som har lite olika spektrala egenskaper. B-Phycoerythrin absorberar huvudsakligen runt 545 nm (ljusgulgrön) och avger 572 nm (gul), vilket gör det bättre lämpat för vissa laboratorieapplikationer. B-fykoerytrin är också mindre klibbigt än R-fykoerytrin och är mindre känsligt för bakgrundssignaler på grund av ospecifik bindning under vissa förhållanden.
R-Phycoerythrin och B-Phycoerythrin är bland de ljusaste fluorescerande färgämnena som upptäckts.
R-Phycoerythrin produceras huvudsakligen av röda alger. Proteinet består av tre olika underenheter, och dess sammansättning varierar beroende på vilka alger som producerar det. Det vanligaste arrangemanget av R-fykoerytrin subenheter är (αβ) 6 γ. Två fykoerytrobiliner (PEB) är fästa till α-subenheten, två eller tre PEB och en phycourobilin (FUB) är fästa till β-subenheten, men γ-subenheten innehåller enligt färska data tre PEB och två FUB (γ1) eller en eller två PEB och en FUB (γ2). Molekylvikten för R-fykoerytrin är 250 000 dalton .
Som nämnts ovan kan fykoerytrin hittas i många olika typer av alger, och det finns därför många varianter av det, som skiljer sig i nivån av absorption och emission av ljus som krävs för att underlätta fotosyntesen . Detta kan vara resultatet av algernas boende i vattenpelaren och den resulterande förändringen i effektiviteten hos hjälppigmentet.
Med utvecklingen av teknologi för att undvika snabb fotoblekning har proteinfluoroforer blivit ett kraftfullt verktyg för forskning inom områden som mikroskopi , mikrotubulianalys och Western blotting. I ljuset av allt detta har det blivit fördelaktigt för forskare att leta efter varianter av R-Phycoerythrin för att bestämma den mest lämpliga för varje typ av forskning. Även den minsta ökningen av fluorescens kan minska bakgrundsljud och minska falska negativ.