Cytokrom f

Cytokrom f

Cytokrom f från Spinacia oleracea (nederst) minskar plastocyanin (överst). Visat i blått i mitten är de två alfaspiralerna, till höger är beta-smörgåsen. Ljus körsbär visar en kopparatom . Cytokrom f-transmembrandomänen visas inte.
Identifierare
Symbol Apocytochr_F_C
Pfam PF01333
Pfam klan CL0105
Interpro IPR002325
PROSITE PDOC00169
SCOP 1 ctm
SUPERFAMILJ 1 ctm
TCDB 3.D.3
OPM superfamilj 345
OPM-protein 3h1j
Tillgängliga proteinstrukturer
Pfam strukturer
PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumma 3D-modell

Cytokrom f  är den största subenheten av cytokrom b6 /f - komplexet ( plastokinon-plastocyaninreduktas ) CF -kod 1.10.99.1 . Till sin struktur och funktioner liknar cytokrom b 6 /f- komplexet cytokrom b / c 1 -komplexet av mitokondrier och lila bakterier . Cytokrom f spelar en roll som liknar cytokrom c 1 trots deras skillnader i sekundär struktur [1] .

För första gången bestämdes den tertiära strukturen av cytokrom f efter dess isolering från Brassica rapa [2] . Den luminala delen av cytokrom f består av två strukturella domäner: liten och stor. Den lilla är placerad ovanpå den stora, som i sin tur är fäst vid membranankaret, som består av en lång α-helix. Den stora domänen består av en antiparallell beta-sandwich och en kort heme-bindande peptid som bildar en treskiktsstruktur. Den lilla domänen ligger mellan F- och G -beta-kedjorna i den stora domänen och består helt av beta-strukturer. Den stora hem-bindande domänen liknar i sin tertiära struktur domän III av det animaliska proteinet fibronektin . Hemet är förankrat mellan två korta alfaspiraler vid N-änden av cytokrom f. Ovanligtvis fungerar N-terminalen av cytokrom som en ligand för hemjärn [3] . Inom den andra alfakedjan finns ett strukturellt motiv som är karakteristiskt för cytokrom c , CxxCH (resterna 21-25), som är kovalent kopplat till hemet genom en tioeterbindning genom Cys - 21 och Cys -24. Förutom de fyra kväveatomerna från hempyrrolringarna stabiliseras järn av His -25 och den fria alfa-aminogruppen Tyr - 1 från den första alfakedjan [2] . Inuti cytokrom f finns ett betydande antal vattenmolekyler som kan fungera som ett ledande system för protonen [2] . Kedjan av vattenmolekyler verkar vara en konservativ egenskap hos alla cytokromer f.

Galleri


Anteckningar

  1. Prince RC, George GN Cytochrome f avslöjade  // Trends Biochem  . sci. : journal. - 1995. - Juni ( vol. 20 , nr 6 ). - S. 217-218 . - doi : 10.1016/S0968-0004(00)89018-0 . — PMID 7631417 .
  2. 1 2 3 Martinez SE, Huang D., Ponomarev M., Cramer WA, Smith JL Hemredoxcentrum av kloroplast cytokrom f är kopplat till en begravd femvattenkedja  // Protein Sci  . : journal. - 1996. - Juni ( vol. 5 , nr 6 ). - P. 1081-1092 . - doi : 10.1002/pro.5560050610 . — PMID 8762139 .
  3. Sergio E Martinez, Deru Huang, Andrzej Szczepaniak, William A Cramer, Janet L Smith. Kristallstruktur av kloroplastcytokrom visar en ny cytokromveck och oväntad hemligering  (engelska)  : journal. - 1994. - Februari ( vol. 2 , nr 2 ). - S. 95-105 . - doi : 10.1016/S0969-2126(00)00012-5 .

Ytterligare läsning

Länkar

Den här artikeln använder text från Pfams och InterPros offentliga egendom IPR002325