Cytokrom f | |
---|---|
Cytokrom f från Spinacia oleracea (nederst) minskar plastocyanin (överst). Visat i blått i mitten är de två alfaspiralerna, till höger är beta-smörgåsen. Ljus körsbär visar en kopparatom . Cytokrom f-transmembrandomänen visas inte. | |
Identifierare | |
Symbol | Apocytochr_F_C |
Pfam | PF01333 |
Pfam klan | CL0105 |
Interpro | IPR002325 |
PROSITE | PDOC00169 |
SCOP | 1 ctm |
SUPERFAMILJ | 1 ctm |
TCDB | 3.D.3 |
OPM superfamilj | 345 |
OPM-protein | 3h1j |
Tillgängliga proteinstrukturer | |
Pfam | strukturer |
PDB | RCSB PDB ; PDBe ; PDBj |
PDBsumma | 3D-modell |
Cytokrom f är den största subenheten av cytokrom b6 /f - komplexet ( plastokinon-plastocyaninreduktas ) CF -kod 1.10.99.1 . Till sin struktur och funktioner liknar cytokrom b 6 /f- komplexet cytokrom b / c 1 -komplexet av mitokondrier och lila bakterier . Cytokrom f spelar en roll som liknar cytokrom c 1 trots deras skillnader i sekundär struktur [1] .
För första gången bestämdes den tertiära strukturen av cytokrom f efter dess isolering från Brassica rapa [2] . Den luminala delen av cytokrom f består av två strukturella domäner: liten och stor. Den lilla är placerad ovanpå den stora, som i sin tur är fäst vid membranankaret, som består av en lång α-helix. Den stora domänen består av en antiparallell beta-sandwich och en kort heme-bindande peptid som bildar en treskiktsstruktur. Den lilla domänen ligger mellan F- och G -beta-kedjorna i den stora domänen och består helt av beta-strukturer. Den stora hem-bindande domänen liknar i sin tertiära struktur domän III av det animaliska proteinet fibronektin . Hemet är förankrat mellan två korta alfaspiraler vid N-änden av cytokrom f. Ovanligtvis fungerar N-terminalen av cytokrom som en ligand för hemjärn [3] . Inom den andra alfakedjan finns ett strukturellt motiv som är karakteristiskt för cytokrom c , CxxCH (resterna 21-25), som är kovalent kopplat till hemet genom en tioeterbindning genom Cys - 21 och Cys -24. Förutom de fyra kväveatomerna från hempyrrolringarna stabiliseras järn av His -25 och den fria alfa-aminogruppen Tyr - 1 från den första alfakedjan [2] . Inuti cytokrom f finns ett betydande antal vattenmolekyler som kan fungera som ett ledande system för protonen [2] . Kedjan av vattenmolekyler verkar vara en konservativ egenskap hos alla cytokromer f.
Den här artikeln använder text från Pfams och InterPros offentliga egendom IPR002325