.NET Bio

.NET Bio
Sorts Bibliotek för bioinformatik och genomik
Författare Microsoft Research
Utvecklaren Outercurve Foundation
Skrivet i C#
Operativ system Linux , macOS , Windows
Hårdvaruplattform .NET Framework , Mono
Licens Apache-licens 2.0
Hemsida research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx

.NET Bio  är ett bioinformatik- och genomikbibliotek med öppen källkod utformat för att underlätta inläsning, lagring och analys av biologisk data. Det utvecklades för .NET Standard 2.0 och var ursprungligen en del av Microsoft Biology Initiative inom eScience-divisionen.

Historik

.NET Bio släpptes ursprungligen av Microsoft Research under namnet Microsoft Biology Foundation (MBF) och återutgavs senare av den ideella Outercurve Foundation som programvara med öppen källkod under Apache License 2.0 [1] .

Funktioner

Biblioteket består av en uppsättning objektorienterade klasser skrivna i C# för att utföra vanliga bioinformatiska uppgifter som:

  1. Läsa och skriva sekvensanpassade genetiska datafiler som FASTA och GenBank .
  2. Tillgång till onlinetjänster som NCBI BLAST för att söka efter sekvensfragment i befintliga databaser.
  3. Algoritmer för lokala och globala anpassningar.
  4. Algoritmer för sekvensmontering, inklusive en parallell implementering av DeNovo assembler [ 2 ] .

Även om själva biblioteket är skrivet i C# , kan det användas från vilket .NET -kompatibelt språk som helst och innehåller olika användningsexempel, inklusive de från IronPython- skript .

Se även

Anteckningar

  1. ↑ MBF blir .NET Bio  (eng.)  (nedlänk) (18 oktober 2011). Arkiverad från originalet den 18 oktober 2011.
  2. ↑ PadeNA: En parallell de novo assembler . — ISBN 978-989-8425-36-2 .

Länkar