Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  är ett allmänt molekylärt modelleringsprogram. Den tillhandahåller en grafisk miljö för Firefly , CP2K och MDynaMix [1] [2] kvant- och klassisk mekanikkonsolprogram, och har kapacitet för molekylär modellbyggnad, konformationsoptimering och molekylär dynamik. Firefly/PC GAMESS [3] [4] [5] tillhandahåller ett brett utbud av kvantkemiska metoder.

Nyckelfunktioner

• Att bygga en molekylär modell ( polymerer , nanostrukturer, proteiner , nukleinsyror )
• Tvinga fält AMBER/OPLS
• Konformationsoptimering
• Molekylär dynamik
• kvantkemi
• Flexibel SPC vattenmodell [6]

Omfattning

• Nukleinsyror [7]
• Ekorrar
• Modellering av lipidmembran [8]
• Polyelektrolyter [9]
• Joniska vätskor [10] [11]
• Termodynamiska egenskaper hos vätskor [12]
• Utveckling av molekylärmekaniska kraftfält [13]

Anteckningar

1. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix - Ett skalbart bärbart parallellt MD-simuleringspaket för godtyckliga molekylära blandningar   // Computer Physics Communications : journal. - 2000. - Vol. 128 . - s. 565-589 .
2. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. Parallell molekylär dynamiksimuleringar av biomolekylära system // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems  (engelska) . - Heidelberg: Springer Berlin , 1998. - Vol. 1541. - S. 296-303. — (Föreläsningsanteckningar i datavetenskap). — ISBN 978-3-540-65414-8 . - doi : 10.1007/BFb0095310 .
3. ↑ Computational Chemistry , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix AA2.3 pg 334, GAMESS
4. ↑ M.W. Schmidt et al. General Atomic and Molecular Electronic Structure System  (engelska)  // J. Comput. Chem. : journal. - 1993. - Vol. 14 . - P. 1347-1363 . - doi : 10.1002/jcc.540141112 .
5. ↑ MS Gordon och MW Schmidt, Framsteg inom elektronisk strukturteori: GAMESS ett decennium senare , i Theory and Applications of Computational Chemistry, de första 40 åren , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim och GE Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
6. ↑ Toukan K och Rahman A. Molecular-dynamics study of atomic motions in water  // Physical Review B  : journal  . - 1985. - Vol. 31 . - P. 2643-2648 .
7. ↑ Y. Cheng, N. Korolev och L. Nordenskiöld. Likheter och skillnader i interaktion mellan K + och Na + med kondenserat ordnat DNA. En molekylär dynamik datorsimuleringsstudie  //  Nucleic Acids Research : journal. - 2006. - Vol. 34 . - s. 686-696 .
8. ↑ C.-J. Högberg, AMNikitin och A. P. Lyubartsev. Modifiering av CHARMM kraftfältet för DMPC lipiddubbelskikt  //  Journal of Computational Chemistry : journal. - 2008. - Vol. 29 . - P. 2359-2369 .
9. ↑ A. Vishnyakov och A.V. Neimark. Specifikt för solvatisering av sulfonerade polyelektrolyter i vatten, dimetylmetylfosfonat och deras blandning: En molekylär simuleringsstudie  (engelska)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Vol. 128 . — S. 164902 .
10. ↑ G. Raabe och J. Köhler. Termodynamiska och strukturella egenskaper hos imidazoliumbaserade joniska vätskor från molekylär simulering  (engelska)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Vol. 128 . — S. 154509 .
11. ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang och W. Wang. Molekylär dynamik simulering av rumstemperatur jonisk vätskeblandning av [bmim][BF 4 ] och acetonitril med ett förfinat kraftfält   // Phys . Chem. Chem. Phys. : journal. - 2005. - Vol. 7 . - P. 2771-2779 .
12. ↑ T. Kuznetsova och B. Kvamme. Termodynamiska egenskaper och gränsytspänning för ett modellvatten-koldioxidsystem  (engelska)  // Phys. Chem. Chem. Phys. : journal. - 2002. - Vol. 4 . - P. 937-941 .
13. ↑ A. M. Nikitin och A. P. Lyubartsev. En ny sexställs acetonitrilmodell för simuleringar av flytande acetonitril och dess vattenhaltiga blandning  //  J. Comp. Chem. : journal. - 2007. - Vol. 28 . - P. 2020-2026 .

Länkar

• Hemsida