MBD3

Metyl-CpG-bindande domänprotein 3

Tillgängliga strukturer

Ortologisk sökning: PDBe , RCSB

Lista över PDB-ID
2MB7

Identifierare

Symbol

MBD3

Externa ID:n

OMIM: 603573 MGI : 1333812 HomoloGene : 2917 GeneCards : MBD3 Gene

Genontologi
Fungera	• RNA-polymeras II kärnpromotor proximal region sekvensspecifik DNA-bindning • RNA-polymeras II distal förstärkarsekvensspecifik DNA-bindning • DNA-bindning • proteinbindning • metyl-CpG-bindning • nukleosomal DNA-bindning
cellkomponent	• kärnkromatin • heterokromatin • cytoplasma • NuRD-komplex • proteinkomplex
biologisk process	• negativ reglering av transkription från RNA-polymeras II-promotor • in utero embryonal utveckling • metyleringsberoende kromatintystnad • transkription, DNA-mallerad • vävnadsutveckling • histonacetylering • ATP-beroende kromatinremodellering
Källor: Amigo / QuickGO

RNA-uttrycksprofil

Mer information

ortologer

Mänsklig

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 19:
1,58 – 1,59 Mb

Chr 10:
80,39 – 80,4 Mb

Sök i PubMed

[ett]

[2]

Det metyl-CpG-bindande domän 3 -proteinet är ett protein som kodas hos människor av MBD3 -genen [1] [2] [3] .

Funktion

DNA-metylering är en stor modifiering av det eukaryota genomet och spelar en viktig roll i utvecklingen av däggdjur. Humana proteiner MECP2 , MBD1 , MBD2 , MBD3 och MBD4 tillhör familjen av nukleära proteiner förenade på basis av närvaron av en metyl-CpG-bindande domän . Men till skillnad från andra medlemmar i familjen kan MBD3 inte binda till metylerat DNA, utan binder istället till hydroxymetylerat DNA [3] . Den primära strukturen för MBD3 är 71 % och 94 % identisk med strukturen för MBD2 (isoform 1) och mus Mbd3. MBD3 är en subenhet av NuRD multisubunit-komplexet, som kan modifiera nukleosomer och har histon-deacetylasaktivitet . MBD3 förmedlar bindningen av metastasassocierat protein 2 ( MTA2 ) till kärnan av histon-deacetylaskomplexet [3] .

MBD3 innehåller också en coiled-coil- domän som är gemensam för alla tre kända isoformer av MBD3. Det är den coiled coil-domänen, och inte MBD-domänen, som hjälper till att upprätthålla embryonal stamcellspluripotens genom att styra polycomb-repressorkomplexet 2 (PRC2) till utvecklings- och organogenesrelaterade undergrupper av gener, och därigenom upprätthålla deras stabila repression [4] .

Interaktioner

MBD3 har visat sig interagera med:

AURKA , [5]
GATAD2B , [6] [7]
HDAC1 , [5] [8] [9]
MTA2 , [5] [8] [9] och
MBD2 . [8] [10]

Anteckningar

↑ Hendrich B., Bird A. Identifiering och karakterisering av en familj av däggdjursmetyl-CpG-bindande proteiner // Mol Cell Biol : journal. - 1998. - November ( vol. 18 , nr 11 ). - P. 6538-6547 . — PMID 9774669 .
↑ Hendrich B., Abbott C., McQueen H., Chambers D., Cross S., Bird A. Genomisk struktur och kromosomal kartläggning av de murina och mänskliga generna Mbd1, Mbd2, Mbd3 och Mbd4 // Mamm Genome : journal. - 1999. - September ( vol. 10 , nr 9 ). - P. 906-912 . - doi : 10.1007/s003359901112 . — PMID 10441743 .
↑ 1 2 Entrez-gen: MBD3-metyl-CpG-bindande domänprotein 3 . (obestämd)
↑ Hirasaki, M., Ueda, A., Asaka, MN, Uranishi, K., Suzuki, A., Kohda, M., ... & Koseki, H. (2018). Identifiering av coiled-coil-domänen som ett väsentligt Mbd3-element för att bevara potentialen för härstamning av embryonala stamceller . STAMCELLER. doi : 10.1002/stem.2849
↑ 1 2 3 Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim MH, Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 och HDAC1, två komponenter i NuRD-komplexet, är lokaliserade till Aurora- A-positiva centrosomer i M-fas (engelska) // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 50 . - P. 48714-48723 . - doi : 10.1074/jbc.M208461200 . — PMID 12354758 .
↑ Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Två mycket besläktade p66-proteiner utgör en ny familj av potenta transkriptionsrepressorer som interagerar med MBD2 och MBD3 // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 43 . - P. 40958-40966 . - doi : 10.1074/jbc.M207467200 . — PMID 12183469 .
↑ Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. Identifiering och funktionell karakterisering av p66/p68-komponenterna i MeCP1-komplexet // Mol . cell. Biol. : journal. - 2002. - Vol. 22 , nr. 2 . - s. 536-546 . - doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . — PMID 11756549 .
↑ 1 2 3 Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analys av NuRD-subenheterna avslöjar ett histon-deacetylaskärnkomplex och /ett samband med DNA-metylering Genes Dev. : journal. - 1999. - Vol. 13 , nr. 15 . - P. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
↑ 1 2 Saito M., Ishikawa F. Den mCpG-bindande domänen av humant MBD3 binder inte till mCpG utan interagerar med NuRD/Mi2-komponenterna HDAC1 och MTA2 // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
↑ Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP MBD3L1 är en transkriptionsrepressor som interagerar med metyl-CpG-bindande protein 2 (MBD2) och komponenter i NuRD-komplexet // J. Biol. Chem. : journal. - 2004. - Vol. 279 , nr. 50 . - P. 52456-52464 . - doi : 10.1074/jbc.M409149200 . — PMID 15456747 .

Litteratur

Shen L., Zhang Y. 5-Hydroxymethylcytosine : generation, öde och genomisk distribution // Current Opinion in Cell Biology : journal. — Elsevier , 2013. — Vol. 25 , nr. 3 . - s. 289-296 . - doi : 10.1016/j.ceb.2013.02.017 . — PMID 23498661 .
Abbott WM, Mellor A., Edwards Y., Feizi T. Lösligt bovint galaktosbindande lektin. cDNA-kloning avslöjar den fullständiga aminosyrasekvensen och en antigen relation med den huvudsakliga encefalitogena domänen av myelinbasprotein. (engelska) // Biochem. J. : journal. - 1989. - Vol. 259 , nr. 1 . - S. 283-290 . — PMID 2470348 .
Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP, Lane WS, Reinberg D. Det dermatomyositspecifika autoantigenet Mi2 är en komponent i ett komplex som innehåller histon-deacetylas och nukleosomombyggnadsaktiviteter. (engelska) // Cell : journal. - Cell Press , 1998. - Vol. 95 , nr. 2 . - S. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL Kromatindeacetylering av ett ATP-beroende nukleosomombyggnadskomplex. (engelska) // Natur: journal. - 1998. - Vol. 395 , nr. 6705 . - P. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analys av NuRD-subenheterna avslöjar ett histon-deacetylaskärnkomplex och ett samband med DNA-metylering. (engelska) // Genes Dev. : journal. - 1999. - Vol. 13 , nr. 15 . - P. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
Wade PA, Gegonne A., Jones PL, Ballestar E., Aubry F., Wolffe AP Mi-2-komplex kopplar DNA-metylering till kromatinremodellering och histondeacetylering. (engelska) // Nat. Genet. : journal. - 1999. - Vol. 23 , nr. 1 . - S. 62-6 . - doi : 10.1038/12664 . — PMID 10471500 .
Tatematsu KI, Yamazaki T., Ishikawa F. MBD2-MBD3-komplex binder till hemi-metylerat DNA och bildar ett komplex som innehåller DNMT1 vid replikationsfoci i sen S-fas. (engelska) // Genes Cells : journal. - 2000. - Vol. 5 , nej. 8 . - s. 677-688 . - doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00359.x . — PMID 10947852 .
Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR, Hirai T., Qin J., Nakatani Y., Howard BH Stabila histondeacetylaskomplex kännetecknas av närvaron av SANT-domänproteinerna CoREST/kiaa0071 och Mta-L1. (engelska) // J. Biol. Chem. : journal. - 2001. - Vol. 276 , nr. 9 . - P. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
Shi Y., Downes M., Xie W., Kao HY, Ordentlich P., Tsai CC, Hon M., Evans RM Sharp, en inducerbar kofaktor som integrerar nukleär receptorrepression och aktivering. (engelska) // Genes Dev. : journal. - 2001. - Vol. 15 , nr. 9 . - P. 1140-1151 . - doi : 10.1101/gad.871201 . — PMID 11331609 .
Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. Identifiering och funktionell karakterisering av p66/p68-komponenterna i MeCP1-komplexet. (engelska) // Mol. cell. Biol. : journal. - 2002. - Vol. 22 , nr. 2 . - s. 536-546 . - doi : 10.1128/MCB.22.2.536-546.2002 . — PMID 11756549 .
Schlegel J., Güneysu S., Mennel HD Uttryck av generna av metylbindande domänproteiner i humana gliom. (engelska) // Oncol. Rep. : journal. - 2002. - Vol. 9 , nej. 2 . - s. 393-395 . - doi : 10.3892/eller.9.2.393 . — PMID 11836615 .
Saito M., Ishikawa F. Den mCpG-bindande domänen av human MBD3 binder inte till mCpG utan interagerar med NuRD/Mi2-komponenterna HDAC1 och MTA2. (engelska) // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Två mycket besläktade p66-proteiner utgör en ny familj av potenta transkriptionsrepressorer som interagerar med MBD2 och MBD3. (engelska) // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 43 . - P. 40958-40966 . - doi : 10.1074/jbc.M207467200 . — PMID 12183469 .
Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim MH, Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 och HDAC1, två komponenter i NuRD-komplexet, är lokaliserade vid Aurora-A-positiva centrosomer i M-fas. (engelska) // J. Biol. Chem. : journal. - 2003. - Vol. 277 , nr. 50 . - P. 48714-48723 . - doi : 10.1074/jbc.M208461200 . — PMID 12354758 .
Fujita N., Jaye DL, Kajita M., Geigerman C., Moreno CS, Wade PA MTA3, en Mi-2/NuRD komplex subenhet, reglerar en invasiv tillväxtväg vid bröstcancer. (engelska) // Cell : journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 113 , nr. 2 . - S. 207-219 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00234-4 . — PMID 12705869 .
Fujita N., Jaye DL, Geigerman C., Akyildiz A., Mooney MR, Boss JM, Wade PA MTA3 och Mi-2/NuRD-komplexet reglerar cellöde under B-lymfocytdifferentiering. (engelska) // Cell : journal. - Cell Press , 2004. - Vol. 119 , nr. 1 . - S. 75-86 . - doi : 10.1016/j.cell.2004.09.014 . — PMID 15454082 .