SATB1

SATB homeobox 1

Det preliminära budgetförslaget visas i 1yse-exemplet .

Tillgängliga strukturer

Ortologisk sökning: PDBe , RCSB

Lista över PDB-ID
1YSE , 2L1P , 2O49 , 2O4A , 3NZL , 3TUO

Identifierare

Symbol

SATB1

Externa ID:n

OMIM: 602075 MGI : 105084 HomoloGene : 2232 GeneCards : SATB1 Gene

Genontologi
Fungera	• kromatinbindning • dubbelsträngad DNA-bindning • sekvensspecifik DNA-bindande transkriptionsfaktoraktivitet • proteinbindning • sekvensspecifik DNA-bindning
cellkomponent	• kärna • nukleoplasma • nukleärt heterokromatin • nukleär matris • PML-kropp
biologisk process	• negativ reglering av transkription från RNA-polymeras II-promotor • kromatinorganisation • kromatinremodellering • transkription, DNA-mallad • apoptotisk process • cellulär komponentdemontering involverad i exekveringsfasen av apoptos • epidermisutveckling • viral process • histonmetylering • CD4-positiv, alfa-beta T-cellsdifferentiering • CD8-positiv, alfa-beta T-cellsdifferentiering • aktiverad T-cellsproliferation • reflex
Källor: Amigo / QuickGO

RNA-uttrycksprofil

Mer information

ortologer

Mänsklig

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 3:
18,39 – 18,49 Mb

Chr 17:
51,74 – 51,83 Mb

Sök i PubMed

[ett]

[2]

ATB1 (Special AT-Rich Binding Sequence Protein 1) är ett protein som kodas hos människor av SATB1 -genen [1] .

Funktion

SATB1, en global kromatinorganisator och transkriptionsfaktor , har dykt upp som en viktig faktor av högre ordning i integrationen av kromatinarkitektur med genreglering [2] . Nyligen genomförda studier har avslöjat rollen för SATB1 i organiseringen av kromatincykling och dess dynamiska svar på fysiologiska stimuli [3] . På genomnivå tycks SATB1 spela en viktig roll i organisationen av transkriptionellt balanserat kromatin. SATB1 organiserar MHC klass-I-lokuset i olika kromatinslingor genom att binda MARs av nukleära mallar på fasta avstånd. SATB1- tystnad efterliknar effekterna av IFN-γ -bearbetning på kromatinslingan i arkitekturen för MHC klass I- lokuset och förändringar i genuttryck på lokuset. SATB1 har också visat sig orsaka bröstcancertumörtillväxt och metastaser genom att förändra uttrycket av ett stort antal gener.

Interaktioner

SATB1 har visats interagera med HDAC1 [4] , SMARCA5 [4] , MTA2 [4] , CHD4 [4] , CUTL1 [5] , POLR2J [6] och BAZ1A [4] .

Anteckningar

↑ Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1 . Arkiverad från originalet den 5 december 2010. (obestämd)
↑ Pavan Kumar P., Purbey PK, Sinha CK, Notani D., Limaye A., Jayani RS, Galande S. Fosforylering av SATB1, en global genregulator, fungerar som en molekylär switch som reglerar dess transkriptionsaktivitet in vivo // Mol. cell : journal. - 2006. - April ( vol. 22 , nr 2 ). - S. 231-243 . - doi : 10.1016/j.molcel.2006.03.010 . — PMID 16630892 .
↑ Galande S., Purbey PK, Notani D., Kumar PP Den tredje dimensionen av genreglering: organisation av dynamiskt kromatin loopscape av SATB1 // Curr . Opin. Genet. dev. : journal. - 2007. - Oktober ( vol. 17 , nr 5 ). - s. 408-414 . - doi : 10.1016/j.gde.2007.08.003 . — PMID 17913490 .
↑ 1 2 3 4 5 Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 är inriktad på kromatinremodellering för att reglera gener över långa avstånd // Nature : journal. - England, 2002. - Oktober ( vol. 419 , nr 6907 ). - s. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .
↑ Liu, J; Barnett A; Neufeld EJ; Dudley J P. Homeoproteiner CDP och SATB1 interagerar: potential för vävnadsspecifik reglering // Mol . cell. Biol. : journal. - USA, 1999. - Juli ( vol. 19 , nr 7 ). - P. 4918-4926 . — ISSN 0270-7306 . — PMID 10373541 .
↑ Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G. Det tymocytspecifika MAR-bindande proteinet, SATB1, interagerar in vitro med en ny variant av DNA-riktat RNA-polymeras II, subenhet 11 // Genomics : journal. - USA: Academic Press , 2002. - Juni ( vol. 79 , nr 6 ). - P. 809-817 . — ISSN 0888-7543 . - doi : 10.1006/geno.2002.6772 . — PMID 12036295 .

Litteratur

Dickinson LA, Joh T., Kohwi Y., Kohwi-Shigematsu T. Ett vävnadsspecifikt MAR/SAR DNA-bindande protein med ovanlig igenkänning av bindningsställen // Cell : journal. - Cell Press , 1992. - Vol. 70 , nej. 4 . - s. 631-645 . - doi : 10.1016/0092-8674(92)90432-C . — PMID 1505028 .
Robertson NG, Khetarpal U., Gutierrez-Espeleta GA, et al. Isolering av nya och kända gener från ett humant fetalt cochlea-cDNA-bibliotek med användning av subtraktiv hybridisering och differentiell screening // Genomics : journal. - Academic Press , 1995. - Vol. 23 , nr. 1 . - S. 42-50 . - doi : 10.1006/geno.1994.1457 . — PMID 7829101 .
Nakagomi K., Kohwi Y., Dickinson LA, Kohwi-Shigematsu T. Ett nytt DNA-bindande motiv i det nukleära matrisfästet DNA-bindande proteinet SATB1 // Mol . cell. Biol. : journal. - 1994. - Vol. 14 , nr. 3 . - P. 1852-1860 . — PMID 8114718 .
Xu L., Deng HX, Xia JH, et al. Tilldelning av SATB1 till humant kromosomband 3p23 genom in situ hybridisering // Cytogenet . Cell Genet. : journal. - 1997. - Vol. 77 , nr. 3-4 . - S. 205-206 . - doi : 10.1159/000134577 . — PMID 9284917 .
Reddy PH, Stockburger E., Gillevet P., Tagle DA Kartläggning och karakterisering av nya (CAG)n upprepade cDNA från vuxen mänsklig hjärna härledd med oligo-infångningsmetoden // Genomics : journal. - Academic Press , 1998. - Vol. 46 , nr. 2 . - S. 174-182 . - doi : 10.1006/geno.1997.5044 . — PMID 9417904 .
Escalier D., Allenet B., Badrichani A., Garchon HJ Högnivåuttryck av Xlr-kärnproteinet i omogna tymocyter och kolokalisering med det matrisassocierade regionbindande SATB1-proteinet // J. Immunol. : journal. - 1999. - Vol. 162 , nr. 1 . - S. 292-298 . — PMID 9886398 .
Liu J., Barnett A., Neufeld EJ, Dudley JP Homeoproteiner CDP och SATB1 interagerar: potential för vävnadsspecifik reglering // Mol . cell. Biol. : journal. - 1999. - Vol. 19 , nr. 7 . - P. 4918-4926 . — PMID 10373541 .
Galande S., Dickinson LA, Mian IS, et al. SATB1-klyvning av Caspase 6 stör PDZ-domänförmedlad dimerisering, vilket orsakar avskiljning från kromatin tidigt i T-cellapoptos // Mol . cell. Biol. : journal. - 2001. - Vol. 21 , nr. 16 . - P. 5591-5604 . - doi : 10.1128/MCB.21.16.5591-5604.2001 . — PMID 11463840 .
Kieffer LJ, Greally JM, Landres I., et al. Identifiering av en regulatorisk kandidatregion i det humana CD8-genkomplexet genom kolokalisering av DNas I-överkänsliga ställen och matrisfästningsregioner som binder SATB1 och GATA-3 // J . Immunol. : journal. - 2002. - Vol. 168 , nr. 8 . - P. 3915-3922 . - doi : 10.4049/jimmunol.168.8.3915 . — PMID 11937547 .
Durrin LK, Krontiris TG Det tymocytspecifika MAR-bindande proteinet, SATB1, interagerar in vitro med en ny variant av DNA-riktat RNA-polymeras II, subenhet 11 // Genomics : journal. - Academic Press , 2002. - Vol. 79 , nr. 6 . - P. 809-817 . - doi : 10.1006/geno.2002.6772 . — PMID 12036295 .
Yasui D., Miyano M., Cai S., et al. SATB1 är inriktat på kromatinremodellering för att reglera gener över långa avstånd // Nature . - 2002. - Vol. 419 , nr. 6907 . - s. 641-645 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds cDNA-sekvenser för människor och mus // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Vol. 99 , nr. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Cai S., Han HJ, Kohwi-Shigematsu T. Vävnadsspecifik nukleär arkitektur och genuttryck reglerad av SATB1 // Nat . Genet. : journal. - 2003. - Vol. 34 , nr. 1 . - S. 42-51 . - doi : 10.1038/ng1146 . — PMID 12692553 .
Fujii Y., Kumatori A., Nakamura M. SATB1 gör ett komplex med p300 och undertrycker gp91(phox)-promotoraktivitet (engelska) // Microbiol. Immunol. : journal. - 2004. - Vol. 47 , nr. 10 . - P. 803-811 . - doi : 10.1111/j.1348-0421.2003.tb03438.x . — PMID 14605447 .
Gerhard DS, Wagner L., Feingold EA, et al. Statusen, kvaliteten och expansionen av NIHs fullängds cDNA-projekt: The Mammalian Gene Collection (MGC ) // Genome Res. : journal. - 2004. - Vol. 14 , nr. 10B . - P. 2121-2127 . - doi : 10.1101/gr.2596504 . — PMID 15489334 .
Gocke CB, Yu H., Kang J. Systematisk identifiering och analys av små ubiquitinliknande modifieringssubstrat för däggdjur // J. Biol. Chem. : journal. - 2005. - Vol. 280 , nr. 6 . - P. 5004-5012 . - doi : 10.1074/jbc.M411718200 . — PMID 15561718 .
Wen J., Huang S., Rogers H., et al. SATB1-familjens protein uttryckt under tidig erytroiddifferentiering modifierar globingenuttrycket // Blod : journal. — American Society of Hematology, 2005. - Vol. 105 , nr. 8 . - P. 3330-3339 . - doi : 10.1182/blood-2004-08-2988 . — PMID 15618465 .
Seo J., Lozano MM, Dudley JP Nukleär matrisbindning reglerar SATB1-medierad transkriptionell repression // J. Biol. Chem. : journal. - 2005. - Vol. 280 , nr. 26 . - P. 24600-24609 . - doi : 10.1074/jbc.M414076200 . — PMID 15851481 .
Nakayama Y., Mian IS, Kohwi-Shigematsu T., Ogawa T. En nukleär inriktningsdeterminant för SATB1, en genomorganisator i T-cellslinjen (engelska) // Cell Cycle : journal. - 2006. - Vol. 4 , nr. 8 . - P. 1099-1106 . — PMID 15970696 .
Rual JF, Venkatesan K., Hao T., et al. Mot en karta i proteomskala över det mänskliga protein-proteininteraktionsnätverket (engelska) // Nature : journal. - 2005. - Vol. 437 , nr. 7062 . - P. 1173-1178 . - doi : 10.1038/nature04209 . — PMID 16189514 .