CHD4

Helicas-kromodomän av DNA-bindande protein 4

PDB visas i 1mm2 som ett exempel.

Tillgängliga strukturer

Ortologisk sökning: PDBe , RCSB

Lista över PDB-ID
1MM2 , 1MM3 , 2EE1 , 2L5U , 2L75

Identifierare

Symbol

CHD4 ; CHD-4; Mi-2b; Mi2-BETA

Externa ID:n

OMIM: 603277 MGI : 1344380 HomoloGene : 68175 GeneCards : CHD4 Gene

EG-nummer

3.6.4.12

Genontologi
Fungera	• RNA-polymeras II kärnpromotor proximal region sekvensspecifik DNA-bindning • RNA-polymeras II distal förstärkarsekvensspecifik DNA-bindning • RNA-polymeras II-undertryckande transkriptionsfaktorbindning • DNA-bindning • ATP-beroende DNA-helikasaktivitet • proteinbindning • ATP-bindning • mikrotubulibindning • zinkjonbindning • nukleosomal DNA-bindning
cellkomponent	• kärnkromatin • kärna • nukleoplasma • cytoplasma • centrosom • membran • NuRD-komplex • proteinkomplex
biologisk process	• Katabolisk process för ATP • transkription, DNA-templaterad • reglering av transkription från RNA-polymeras II-promotor • DNA-duplexavveckling • ATP-beroende kromatinremodellering • spindelmontage
Källor: Amigo / QuickGO

RNA-uttrycksprofil

Mer information

ortologer

Mänsklig

Mus

Entrez

RefSeq (mRNA)

RefSeq (protein)

Locus (UCSC)

Chr 12:
6,68 – 6,72 Mb

Chr 6:
125,1 – 125,13 Mb

Sök i PubMed

[ett]

[2]

DNA-bindande protein 4 helikas kromodomän är ett enzym som kodas hos människor av CHD4 -genen . [1] [2] [3]

Produkten av denna gen tillhör helikasfamiljen SNF2/RAD54 . Det är en viktig komponent i nukleosomal ombyggnad och deacetylaskomplexet och spelar en viktig roll i epigenetisk transkriptionell repression . Patienter med dermatomyosit utvecklar antikroppar mot detta protein. [3]

Interaktioner

CHD4 har visats interagera med HDAC1 , [4] [5] [6] histondeacetylas 2 , [7] [8] [6] MTA2 , [4] SATB1 [9] och ATR . [åtta]

Anteckningar

↑ Seelig HP, Moosbrugger I., Ehrfeld H., Fink T., Renz M., Genth E. Det stora dermatomyositspecifika Mi-2-autoantigenet är en förmodad helikas involverad i transkriptionell aktivering // Arthritis Rheum : journal. - 1995. - November ( vol. 38 , nr 10 ). - P. 1389-1399 . - doi : 10.1002/art.1780381006 . — PMID 7575689 .
↑ Seelig HP, Renz M., Targoff IN, Ge Q., Frank MB Två former av det stora antigena proteinet i det dermatomyositspecifika Mi-2 autoantigenet // Arthritis Rheum : journal. - 1996. - November ( vol. 39 , nr 10 ). - P. 1769-1771 . - doi : 10.1002/art.1780391029 . — PMID 8843877 .
↑ 1 2 Entrez-gen: CHD4-kromodomänhelikas-DNA-bindande protein 4 . (obestämd)
↑ 1 2 Yao, Ya-Li; Yang Wen Ming. De metastasassocierade proteinerna 1 och 2 bildar distinkta proteinkomplex med histon-deacetylasaktivitet // J. Biol. Chem. : journal. - USA, 2003. - Oktober ( vol. 278 , nr 43 ). - P. 42560-42568 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M302955200 . — PMID 12920132 .
↑ Grozinger, CM; Hassig C.A.; Schreiber S L. Tre proteiner definierar en klass av humana histon-deacetylaser relaterade till jäst Hda1p (engelska) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - USA, 1999. - April ( vol. 96 , nr 9 ). - P. 4868-4873 . — ISSN 0027-8424 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
↑ 12 Tong , JK; Hassig C.A.; Schnitzler GR; Kingston RE; Schreiber S L. Chromatin deacetylation by a ATP-dependent nucleosome remodeling complex (engelska) // Nature : journal. - ENGLAND, 1998. - Oktober ( vol. 395 , nr 6705 ). - P. 917-921 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. En kandidatgen för X-länkad mental retardation är en komponent i en ny familj av histon-deacetylas-innehållande komplex // J. Biol. Chem. : journal. - USA, 2003. - Februari ( vol. 278 , nr 9 ). - P. 7234-7239 . — ISSN 0021-9258 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
^ 12 Schmidt, D.R .; Schreiber S L. Molekylär association mellan ATR och två komponenter i nukleosomombildnings- och deacetyleringskomplexet, HDAC2 och CHD4 // Biochemistry: journal. - USA, 1999. - November ( vol. 38 , nr 44 ). - P. 14711-14717 . — ISSN 0006-2960 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
↑ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 är inriktad på kromatinremodellering för att reglera gener över långa avstånd // Nature : journal. - England, 2002. - Oktober ( vol. 419 , nr 6907 ). - s. 641-645 . — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature01084 . — PMID 12374985 .

Litteratur

Denslow SA, Wade PA Det mänskliga Mi-2 / NuRD-komplexet och genreglering // Onkogen. - 2007. - Vol. 26 , nr. 37 . - P. 5433-5438 . - doi : 10.1038/sj.onc.1210611 . — PMID 17694084 .
Ge Q., Nilasena DS, O'Brien CA, et al. Molekylär analys av en viktig antigen region av 240-kD-proteinet av Mi-2-autoantigen // J. Clin. Investera. : journal. - 1995. - Vol. 96 , nr. 4 . - P. 1730-1737 . - doi : 10.1172/JCI118218 . — PMID 7560064 .
Woodage T., Basrai MA, Baxevanis AD, et al. Karakterisering av CHD-familjen av proteiner (engelska) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. - 1997. - Vol. 94 , nr. 21 . - P. 11472-11477 . - doi : 10.1073/pnas.94.21.11472 . — PMID 9326634 .
Zhang Y., LeRoy G., Seelig HP, et al. Det dermatomyositspecifika autoantigenet Mi2 är en komponent i ett komplex som innehåller histondeacetylas och nukleosomombyggnadsaktiviteter (engelska) // Cell : journal. - Cell Press , 1998. - Vol. 95 , nr. 2 . - S. 279-289 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . — PMID 9790534 .
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, et al. Kromatindeacetylering av ett ATP-beroende nukleosomombyggnadskomplex (engelska) // Nature : journal. - 1998. - Vol. 395 , nr. 6705 . - P. 917-921 . - doi : 10.1038/27699 . — PMID 9804427 .
Zhang Y., Ng HH, Erdjument-Bromage H., et al. Analys av NuRD-subenheterna avslöjar ett histon-deacetylaskärnkomplex och ett samband med DNA-metylering // Genes Dev . : journal. - 1999. - Vol. 13 , nr. 15 . - P. 1924-1935 . - doi : 10.1101/gad.13.15.1924 . — PMID 10444591 .
Schmidt DR, Schreiber SL Molekylär association mellan ATR och två komponenter i nukleosomombyggnads- och deacetyleringskomplexet, HDAC2 och CHD4 (engelska) // Biochemistry: journal. - 1999. - Vol. 38 , nr. 44 . - P. 14711-14717 . - doi : 10.1021/bi991614n . — PMID 10545197 .
Humphrey GW, Wang Y., Russanova VR, et al. Stabila histondeacetylaskomplex kännetecknas av närvaron av SANT-domänproteiner CoREST/kiaa0071 och Mta-L1 // J. Biol. Chem. : journal. - 2001. - Vol. 276 , nr. 9 . - P. 6817-6824 . - doi : 10.1074/jbc.M007372200 . — PMID 11102443 .
Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, et al. Riktad proteomisk analys av den mänskliga nukleolen (engelska) // Curr. Biol. : journal. - 2002. - Vol. 12 , nr. 1 . - S. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
Koipally J., Georgopoulos K. En molekylär dissektion av Ikaros repressionskretsar // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 31 . - P. 27697-27705 . - doi : 10.1074/jbc.M201694200 . — PMID 12015313 .
Saito M., Ishikawa F. Den mCpG-bindande domänen av human MBD3 binder inte till mCpG utan interagerar med NuRD/Mi2-komponenterna HDAC1 och MTA2 // J. Biol. Chem. : journal. - 2002. - Vol. 277 , nr. 38 . - P. 35434-35439 . - doi : 10.1074/jbc.M203455200 . — PMID 12124384 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. Generering och initial analys av mer än 15 000 fullängds cDNA-sekvenser för människor och mus // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal . - 2003. - Vol. 99 , nr. 26 . - P. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
Hakimi MA, Dong Y., Lane WS, et al. En kandidatgen för X-länkad mental retardation är en komponent i en ny familj av histon-deacetylas-innehållande komplex // J. Biol. Chem. : journal. - 2003. - Vol. 278 , nr. 9 . - P. 7234-7239 . - doi : 10.1074/jbc.M208992200 . — PMID 12493763 .
Kwan AH, Gell DA, Verger A., et al. Konstruera en proteinställning från ett PHD-finger (neopr.) // Struktur. - 2004. - T. 11 , nr 7 . - S. 803-813 . - doi : 10.1016/S0969-2126(03)00122-9 . — PMID 12842043 .
Shimono Y., Murakami H., Kawai K., et al. Mi-2 beta associerar med BRG1 och RET fingerprotein i de distinkta regionerna med transkriptionsaktiverande och undertryckande förmågor // J. Biol. Chem. : journal. - 2004. - Vol. 278 , nr. 51 . - P. 51638-51645 . - doi : 10.1074/jbc.M309198200 . — PMID 14530259 .
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Fullständig sekvensering och karakterisering av 21 243 fullängds humana cDNA // Nat . Genet. : journal. - 2004. - Vol. 36 , nr. 1 . - S. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .
Williams CJ, Naito T., Arco PG, et al. Kromatinremodelleraren Mi-2beta krävs för CD4-uttryck och T-cellsutveckling // Immunity : journal. - Cell Press , 2004. - Vol. 20 , nej. 6 . - s. 719-733 . - doi : 10.1016/j.immuni.2004.05.005 . — PMID 15189737 .
Lehner B., Sanderson CM En proteininteraktionsram för nedbrytning av humant mRNA // Genome Res . : journal. - 2004. - Vol. 14 , nr. 7 . - P. 1315-1323 . - doi : 10.1101/gr.2122004 . — PMID 15231747 .