Molekylär igenkänning är selektiv bindning mellan två eller flera molekyler genom icke-kovalenta interaktioner .
Molekylär igenkänning är ett av de grundläggande begreppen i supramolekylär kemi . Det skiljer sig från vanlig bindning mellan molekyler genom selektivitet. Molekylär igenkänning baseras på närvaron av en molekyl (receptorn, eller "värden") av en plats för selektiv bindning till en annan molekyl (liganden eller "gästen"). För att göra detta måste receptorn och liganden uppvisa komplementaritet, det vill säga strukturellt och energetiskt överensstämma med varandra.
Molekylär igenkänning involverar lagring (på molekylär nivå) och läsning (på supramolekylär nivå) av information. Det är därför det spelar en viktig roll i biologiska system. I antikroppar och enzymer bestäms bindningsselektiviteten av den specifika uppsättningen och arrangemanget av aminosyrarester i proteinets aktiva centrum , i DNA och RNA, av nukleotidsekvensen . Moderna metoder inom kemi och molekylärbiologi gör det möjligt att skapa oligopeptid- och oligonukleotidsekvenser (aptamerer ) som kan binda högst selektivt till vissa ämnen.
Molekylär igenkänning ligger till grund för självmontering av vissa nanostrukturer. I synnerhet används nukleinbasernas komplementaritet för att designa nanostrukturer baserade på DNA-fragment.