RNA-interferens

RNA-interferens ( eng.  RNA-interferens, RNAi ) är processen att undertrycka genuttryck vid transkription , translation , deadenylering eller nedbrytning av mRNA med hjälp av små RNA-molekyler.

RNA-interferensprocesser har hittats i cellerna hos många eukaryoter : hos djur , växter och svampar . RNA-interferenssystemet spelar en viktig roll för att skydda celler från virus , parasitgener (  transposoner ) och för att reglera utvecklingen , differentieringen och uttrycket av en organisms gener .

Processen med RNA-interferens börjar med verkan av enzymet Dicer , som skär långa dubbelsträngade RNA-molekyler (dsRNA) i korta fragment av storleksordningen 21–25 nukleotider som kallas siRNA . En av de två strängarna i varje fragment kallas en "guide", detta enkelsträngade RNA ingår vidare i RNA-proteinkomplexet RISC . Som ett resultat av RISC-aktivitet binder ett enkelsträngat RNA-fragment till en komplementär sekvens av mRNA-molekylen och får Argonaute -proteinet att skära av mRNA eller inhibera translation och/eller mRNA-deadenylering. Dessa händelser leder till undertryckande av uttrycket (tystnad) av motsvarande gen, vars effektivitet begränsas av koncentrationerna av små RNA-molekyler - siRNA och mikroRNA .

Den selektiva effekten av RNA-interferens på genuttryck gör RNAi till ett användbart verktyg för studier med cellkulturer och levande organismer, eftersom syntetiska dubbelsträngade RNA som introduceras i celler orsakar undertryckande av specifika gener. RNAi används för storskalig forskning inom molekylärbiologi , biokemi , bioteknik och medicin . Till exempel används RNA-interferens för att systematiskt "stänga av" gener i celler och fastställa genernas funktioner i studien av celldelning .

Historiskt har RNA-interferens varit känd som post-transkriptionell gentystnad . Det var inte förrän dessa förment orelaterade processer undersöktes som det blev klart att de alla beskrev manifestationer av RNAi. År 2006 mottog de amerikanska forskarna Andrew Fire och Craig Mello Nobelpriset i fysiologi eller medicin för sitt arbete med studier av RNA-interferens i nematoden Caenorhabditis elegans [1] , publicerad 1998 [2] .

Historik

Innan upptäckten av RNA-interferens i växter beskrevs transkriptionsinhibering av antisens-RNA [4] . 1990 , för att ändra färgen på petunia ( Petunia hybrida ) blommor, introducerades ytterligare kopior av genen för chalcone syntas, ett enzym som är nödvändigt för syntesen av rosa och lila pigment, i växter. Ökat uttryck av syntasgenen resulterade dock inte i en mörkare färg på perianten , tvärtom blev blommorna ljusare och till och med delvis vita. De erhållna resultaten indikerade att aktiviteten av enzymet inte ökade, utan minskade. Chalkonsyntasgenerna uttrycktes på en lägre nivå än före introduktionen av transgenen . [5] [6] En tid senare beskrevs "gentystnad" i svampen Neurospora crassa , men denna process har inte korrelerats med processer som beskrivits för växter [7] . Ytterligare studier har visat att mRNA-nedbrytning i växter leder till en minskning av genaktivitet genom mekanismen för post-transkriptionell hämning [8] . Detta fenomen kallades "samsuppression av genuttryck", men mekanismen för denna process var inte känd [9] .

En liknande oväntad effekt har beskrivits i ett försök att öka växtresistensen mot virus . Det var känt att växter som uttrycker virala proteiner har ökat motståndskraft mot virusinfektion, men ytterligare studier har visat att resistens mot infektion av andra virus endast tillhandahålls av korta sträckor av icke-kodande viralt RNA. Forskare trodde också att transgena virala RNA också kunde hämma viral replikation [10] . Ett omvänt experiment, där korta sekvenser av växtgener introducerades i virusgenomet , visade att målgener undertrycktes i infekterade växter. Detta fenomen har kallats " virusinducerad gentystnad, VIGS ", och kombinationen av sådana fenomen har kallats post-transkriptionell gentystnad ( eng  . post transcriptional gene silencing ) [11] .  

Efter observationer gjorda på växter har många laboratorier runt om i världen försökt upptäcka ett liknande fenomen i andra organismer [12] [13] . Craig Mello och Andrew Fire , i en Nature - tidning 1998 , beskrev effekten av gentystnad efter att dubbelsträngat RNA infördes i kroppen av rundmasken Caenorhabditis elegans [2] . I studier om reglering av muskelproteinsyntes visade Mello och Fire att administrering av mRNA eller antisens-RNA inte påverkade proteinsyntesen , medan administrering av dubbelsträngade RNA framgångsrikt reducerade målgenexpression. Resultatet av dessa arbeten var uppkomsten av termen RNA-interferens . Studierna av Fire och Mello är anmärkningsvärda genom att under deras arbete avslöjades den aktiva principen för systemet med post-transkriptionell gentystnad. 2006 fick Fire och Mello Nobelpriset i fysiologi eller medicin för sin forskning inom området RNA-interferens [1] .

Komponenter

Ribonukleinkomponenten i RNA-interferenssystemet kan representeras av endogena och exogena korta dubbelsträngade oligonukleotider av två typer - mikroRNA och litet interfererande RNA ( siRNA ) . 

Små störande RNA

Små interfererande RNA är dubbelsträngade RNA 21-25 nukleotider långa med två oparade överhängande nukleotider vid 3'-ändarna. Varje kedja av nukleotider har en fosfatgrupp vid 5'-änden och en hydroxylgrupp vid 3'-änden. Denna siRNA-struktur bildas av aktiviteten hos Dicer -enzymet , vars substrat är långa dubbelsträngade RNA eller korta hårnålsinnehållande RNA . [14] Duplexen av små störande RNA:n går sedan in i det katalytiska RISC - komplexet , där, med deltagande av Argonaute-proteinet, duplexet tvinnas och ett komplementärt komplex av kort antisens-RNA med en specifik sekvens i den mRNA-kodande regionen bildas, vilket leder till ytterligare försämring av den senare. Till skillnad från miRNA, parar små störande RNA som regel exakt med målet och leder till endonukleolytisk klyvning av ett enda specifikt mRNA [15]

mikroRNA

MikroRNA ( eng.  MicroRNA, miRNA ) är icke-kodande RNA:n 21-22 nukleotider långa, involverade i regleringen av genuttryck . MikroRNA binder till specifika mRNA -sekvenser i den 3'-otranslaterade regionen och orsakar antingen translationell inhibering eller poly(A) -svansdeletion . MikroRNA-molekyler uttrycks som primära transkript av långa gener som kodar för mikroRNA-prekursorer ( pri  -miRNA, primordial miRNA ), och efter bearbetning i cellkärnan är de pre-miRNA-stjälk-loop-strukturer cirka 70 nukleotider långa . Pri-miRNA till pre-miRNA-bearbetningskomplexet innehåller ett RNase III -enzym som kallas Drosha och ett dubbelsträngat RNA-bindande protein Pasha . Den dubbelsträngade delen av pre-miRNA binder och skärs av Dicer-proteinet (i Drosophila melanogaster bearbetas miRNA och små störande RNA av olika isoformer av Dicer -enzymet [16] ); i detta fall bildas en mogen mikroRNA-molekyl, som sedan kan komma in i RISC [17] [18] [19] . Det finns också en väg för miRNA-bildning oberoende av Dicer. Bearbetning av mikroRNA-prekursorn i detta fall utförs av Argonaute 2-proteinet [20] [21] .

Hos djur matchar miRNA vanligtvis inte mål-mRNA:t och kan hämma translationen av många mRNA med liknande sekvenser. I växter kan parningen i många fall vara fullständig.

RISC

Den katalytiska delen av RISC ( RNA- induced silencing complex ) är endonukleasproteiner från Argonaute- familjen , som skär mRNA komplementärt till associerat litet störande RNA [1] . Eftersom fragmenten som bildas efter skärning med Dicer -proteinet är dubbelsträngade kan potentiellt var och en av strängarna vara ett litet störande RNA ( eng. siRNA ). Men bara en av de två strängarna, som kallas guidesträngen , binder till Argonaute-proteinet och undertrycker genuttryck . En annan sträng, som kallas passagerarsträngen , anti-guidesträng , genomgår nedbrytning under RISC-aktivering [22] . Även om man tidigare trodde att kedjorna är separerade av ett ATP - beroende helikas [23] har det nu visat sig att denna process är ATP-oberoende och utförs direkt av proteinerna som utgör RISC [24] [25 ] ] . Valet av styrsträng är oberoende av i vilken riktning Dicer skär det dubbelsträngade RNA:t innan det går in i RISC [26] [27] . R2D2-proteinet kan vara en faktor som särskiljer den mer stabila 5'-änden av följekedjan under bindning [28] .     

Bindningen av RNA-molekyler till den RNA-bindande domänen av ett protein från Argonaute-familjen studerades med användning av röntgendiffraktionsanalys . I detta fall kommer den fosforylerade 5'-änden av det enkelsträngade RNA:t in i proteinets konservativa ficka, där det 5'-terminala fosfatet hålls kvar av koordinationsbindningar med deltagande av Mg 2+-jonen och adeninresten går in i staplingsinteraktioner med den konservativa tyrosinresten . Denna region av proteinet stimulerar tydligen bindningen av små störande RNA till mål-mRNA [29] .

Hittills är mekanismen genom vilken RISC hittar komplementärt mRNA inuti cellen inte väl förstått. Det har visats att translation inte krävs för framgångsrik mRNA-nedbrytning av siRISC-komplexet [30] . Dessutom har det visats att RNA-interferensvägen kan vara mer effektiv mot mål-mRNA som för närvarande inte översätts [31] . Proteiner från Argonaute-familjen är den katalytiska komponenten av RISC och finns i specifika regioner av cytoplasman som kallas P -kroppar [32 ] ; Det har visats att aktiviteten hos små störande RNA och mRNA-nedbrytning är maximal exakt i P-kroppar [33] . P-kroppar är en viktig del av RNA-interferenssystemet. Deras förstörelse leder till en minskning av effektiviteten av denna process. [34] .  

Mekanism

RNA-interferens är en RNA-beroende gentystnadsprocess som kontrolleras av RISC. RISC aktiveras i cellcytoplasman , där korta dubbelsträngade RNA-molekyler interagerar med den katalytiska komponenten av RISC, Argonaute -proteinet [1] . I det fall då dubbelsträngat RNA är exogent (uppstår som ett resultat av laboratoriemanipulationer eller infektion med ett RNA-innehållande virus), är RNA:t direkt i cytoplasman, där det skärs i korta fragment (siRNA) av Dicer -proteinet , och det resulterande siRNA-innehållande funktionella komplexet kallas siRISC. När det gäller premiRNA uttryckt från icke -kodande RNA- gener triggas RNAi av endogent dubbelsträngat RNA. De primära transkripten av sådana gener bearbetas först i kärnan för att bilda pre - miRNA som innehåller specifika stam-loop-strukturer. Pre -miRNA :n exporteras sedan till cytoplasman och klyvs av Dicer-proteinet för att bilda miRNA:er, som inkorporeras i ett mikroRNA-innehållande komplex som kallas miRISC. Således är RISC platsen där två RNA-interferensvägar inducerade av exogena och endogena dubbelsträngade RNA korsar [36] .

Klippning av dubbelsträngat RNA

Exogent dubbelsträngat RNA utlöser RNA-interferenssystemet genom att aktivera enzymet ribonukleas Dicer [ 14] , som binder och skär RNA-duplex, vilket resulterar i bildandet av dubbelsträngade siRNA-fragment 21–25 bp långa, med flera oparade baser i varje ände [38] [39] [40] [41] . Bioinformatisk analys av genomen hos många organismer tyder på att en sådan längd av siRNA ökar deras specificitet för målgenen och minskar sannolikheten för ospecifik bindning [42] . Vidare är siRNA uppdelade i separata kedjor och involverade i RISC (siRISC). När de väl integrerats i RISC, binder siRNAs komplementärt till mål-mRNA:t och gör att mRNA :t skärs , vilket förhindrar dess translation [43] .

Exogent dubbelsträngat RNA känns igen och binds av speciella effektorproteiner (till exempel RDE-4 i Caenorhabditis elegans och R2D2 i Drosophila ) som ökar aktiviteten hos Dicer-proteinet [44] . Dessa effektorproteiner binder endast till långa dubbelsträngade RNA, men mekanismen för affinitet för sådana substrat är okänd [44] . Sådana RNA-bindande proteiner underlättar överföringen av skurna siRNA till RISC -komplexet [45] .

I Caenorhabditis elegans kan initieringsvägen för RNA-interferens i cellen förbättras som ett resultat av syntesen av "sekundära" siRNA på mallen av "primära" små störande RNA [46] . "Sekundära" siRNA skiljer sig i struktur från de som bildas som ett resultat av aktiviteten hos Dicer-proteinet och syntetiseras tydligen av RNA-beroende RNA-polymeras ( RNA -beroende RNA-polymeras  , RdRP ) [47] [48] .

Tysta transkription

Många eukaryoter använder RNA-interferenssystemet för att upprätthålla genomstrukturen . Kemisk modifiering av histoner och övergången av motsvarande sektioner av kromosomer till tillståndet heterokromatin leder till en minskning av transkriptionen av motsvarande gener [49] ; denna process hänvisar till RNA- inducerad transkriptionstystnad (RITS ) och utförs av en komplex uppsättning proteiner .  I fissionsjäst innehåller detta komplex Argonaute , ett protein med Chp1-kromodomänen, och ett protein som kallas Tas3 med en okänd funktion [50] . Som en konsekvens kräver induktion och expansion av heterokromatinregioner närvaron av Argonaute-proteiner och RNA-beroende RNA-polymeras [51] . Faktum är att deletion av dessa gener i fissionsjästen Schizosaccharomyces pombe försämrar histonmetylering och centromerbildning [52] och gör att anafas saktar ner eller stannar under celldelning [53] . I vissa fall är sådana processer associerade med histonmodifiering och har visat sig öka transkriptionen av motsvarande gener [54] .

Mekanismen genom vilken RITS-komplexet inducerar bildningen av heterokromatin är inte helt klarlagd. En betydande del av forskningen syftar till att studera regionen av jästgenomet som reglerar regionen av parningstyp ,  men denna region kanske inte är representativ när det gäller genomen från andra organismer. För att bevara befintliga regioner av heterokromatin, bildar RITS komplex med små störande RNA som är komplementära till motsvarande gener och binder starkt till metylerade histoner. RITS agerar sedan vid tidpunkten för transkription för att bryta ned eventuella pre-mRNA som syntetiseras av RNA-polymeras. Bildandet av sådana heterokromatinregioner kräver Dicer-enzymet, som syntetiserar primära komplementära siRNA involverade i transkriptnedbrytning [55] . Att bibehålla kromosomregioner i ett heterokromatintillstånd verkar vara ett exempel på positiv feedback , eftersom små störande RNA som är en del av RITS bildas från slumpmässiga transkript som syntetiseras av RNA-beroende RNA-polymeras [56] . De data som erhållits i studien av de centromera regionerna av jästkromosomer kan förmodligen inte utvidgas till däggdjur , eftersom underhållet av heterokromatinregioner i de senare inte alltid beror på RNA-interferenssystemet [57] .

Länk till RNA-redigering

Den vanligaste formen av RNA-redigering i högre eukaryoter är omvandlingen av adenosin till inosin i dubbelsträngat RNA , vilket utförs av enzymet adenosindeaminas [58] . År 2000 föreslogs att RNA-interferensvägen och A→I RNA-redigeringsvägen skulle kunna konkurrera om ett gemensamt dubbelsträngat RNA-substrat [59] . Faktum är att vissa små störande RNA-prekursorer kan utsättas för A→I-redigering [60] [61] och denna mekanism kan reglera bearbetningen och uttrycket av mogna små störande RNA-molekyler [ 61] [62] . Studier av linjer av rundmasken Caenorhabditis elegans som saknar A→I RNA-redigeringsenzymet har visat att RNA-redigering kan förhindra tystnad av endogena gener och transgener via RNA-interferensvägen [63] .

Skillnader mellan organismer

Organismer skiljer sig i sin förmåga att uppfatta främmande dubbelsträngat RNA och använda dem i processen med RNA-interferens. Effekterna av RNAi i växter och Caenorhabditis elegans (men inte i Drosophila och däggdjur ) kan ärftas eller kan vara systemiska. I växter kan RNA-interferenssystemet sprida små störande RNA längs plasmodesmata (kanaler i cellväggar som utför kommunikation och transport) [23] . Nedärvning säkerställs genom metylering av promotorer , det förändrade metyleringsmönstret överförs som ett resultat av delning till dotterceller [65] . Signifikanta skillnader i målen för små störande RNA mellan växter och djur beror på att mikroRNA hos växter är mycket komplementära till ribonukleinmål och orsakar mRNA-nedbrytning i RISC, medan små störande RNA hos djur skiljer sig kraftigt i nukleotidsekvens och orsakar repression av översättning [64] . MikroRNA kan påverka translationsinitiering genom att interagera med translationsinitieringsfaktorer och med mRNA -poly(A) -kanalen [66] .

Vissa protozoer, såsom Leishmania major och Trypanosoma cruzi , har inga komponenter i RNA-interferensvägen [67] [68] . De flesta komponenterna i RNA-interferenssystemet saknas också i vissa svampar, till exempel i modellorganismen Saccharomyces cerevisiae [69] . Närvaron av komponenter i RNA-interferenssystemet i andra fissionsjäst, såsom Saccharomyces castellii och Candida albicans , har visats . Induktion av två proteiner i RNA-interferenssystemet från Saccharomyces castellii underlättar denna process i Saccharomyces cerevisiae [70] . Det faktum att vissa ascomyceter och basidiomyceter inte har en RNA-interferensväg indikerar att generna som kodar för de proteiner som krävs för denna process har förlorats oberoende i många svamphärkomster, troligen på grund av utvecklingen av en ny väg med liknande funktioner, eller p.g.a. förlusten av adaptiva fördelar i dessa ekologiska nischer [71] .

RNAi-analoger i prokaryoter

Genuttryck i prokaryoter regleras av ett RNA-baserat system som i vissa avseenden liknar RNA-interferenssystemet. I prokaryoter har gener beskrivits som kodar för speciella RNA som styr spridningen och translationen av mRNA genom att paras ihop med komplementära sekvenser. Dessa regulatoriska RNA är dock inte kompletta analoger av små störande RNA , eftersom Dicer -enzymet inte är involverat i denna process [72] . Det har visats att i prokaryoter liknar systemet med korta palindromiska upprepningar regelbundet i grupper ( CRISPR ) systemet för RNA-interferens i eukaryoter, även om homologa eukaryota proteiner inte är kända för någon av komponenterna i det prokaryota systemet [73] .

Biologiska funktioner

Immunitet

RNA-interferenssystemet är en viktig del av immunsvaret mot virus och annat främmande genetiskt material. I växter förhindrar RNA-interferenssystemet spridningen av transposoner [74] . Växter har flera homologer av Dicer -proteinet som är riktade mot olika typer av virus [75] . Det har visat sig att inducerad gentystnad i växter kan överföras från grundstammen till den ympade växten [76] . Denna egenskap hos det adaptiva immunsystemet hos växter tillåter, efter den initiala lokala penetrationen av viruset, att svara på upprepade penetrationer av viruset i hela kroppen [77] . Som svar utvecklades många virus för att förvärva mekanismer som undertrycker RNA-interferenssystemet i växtceller [78] . Virala proteiner har beskrivits som binder korta dubbelsträngade RNA-fragment med enkelsträngade utsprång som härrör från aktiviteten av Dicer-proteinet [79] . Vissa växter uttrycker endogena små störande RNA som svar på infektion med vissa bakterier [80] . Dessa effekter kan vara en del av ett allmänt svar på patogener , där många metaboliska processer i värden reduceras som svar på infektion [81] .

Även om djurceller tenderar att uttrycka färre varianter av Dicer -enzymet än växter, har RNA-interferenssystemet i djur varit inblandat i det antivirala svaret i vissa fall. RNA-interferens i juvenil och vuxen Drosophila spelar en viktig roll i medfödd antiviral immunitet och är involverad i försvaret mot patogener som Drosophila X-virus[82] [83] . RNA-interferenssystemet i Caenorhabditis elegans spelar en liknande roll i immunitet : uttrycket av Argonaute- proteinerökar under virusinfektion, medan maskar där uttrycket av gener för RNA-interferensvägar ökar blir resistenta mot virusinfektion [84] [85] .

Rollen av RNA-interferenssystemet i den medfödda immuniteten hos däggdjur är inte helt klarlagd. Men det faktum att vissa virus innehåller gener som minskar responsen från RNAi-systemet i däggdjursceller indikerar närvaron av ett immunsvar orsakat av RNAi-systemet [86] [87] . Hypotesen om immunitet medierad av RNA-interferenssystemet hos däggdjur är emellertid otillräckligt underbyggd [88] . Även om nyligen Maillard et al. [89] och Lee et al. [90] presenterade nya bevis för existensen av en funktionell antiviral RNA-interferensväg i däggdjursceller. Små störande RNA som uttrycks av herpesviruset kan orsaka bildning av heterokromatin och leda till övergången av viruset till ett latent tillstånd [91] .

Det visades att radering av en kopia av Dicer1-genen hos möss ledde till uppkomsten av fler tumörer än i kontrollgruppen, samt minskade miRNA-nivåer och överlevnad. Fullständig deletion av Dicer1-genen blockerade tumörbildning, troligen också för att en viss nivå av uttryck av Dicer1-genprodukten krävs för celltillväxt. [92]

Verk under 2013 visade att däggdjursceller har ett RNA-interferenssystem som uppvisar antiviral aktivitet. [93] [94] Andra funktioner hos däggdjurs-RNAi-systemet är mikroRNA från herpes simplex-viruset, som fungerar som organiserare av heterokromatin och leder till virusets latens . [95]

Genuttryck

När translation undertrycks [64] , i vissa stadier av utvecklingen av levande organismer, särskilt vid morfogenesstadiet och upprätthållande av celler i ett odifferentierat tillstånd (till exempel när det gäller stamceller ), endogent uttryckta miRNA , som är produkter från intron- och intergenregioner är av stor betydelse [96] . Rollen för sådana endogent uttryckta mikroRNA i undertryckandet av genuttryck beskrevs först i nematoden Caenorhabditis elegans 1993 [ 97] . I växter beskrevs en sådan miRNA- funktion först i modellväxten Arabidopsis thaliana , för vilken påverkan av "JAW miRNA" på regleringen av flera gener som kontrollerar utseende visades [98] . I växter är mikroRNA-reglerade gener vanligtvis transkriptionsfaktorer [99] , så mikroRNA reglerar hela gennätverk genom att förändra uttrycket av nyckelgener (inklusive transkriptionsfaktorer och F-box-proteiner ) under embryonal utveckling [100] . I många organismer, inklusive människor, är mikroRNA involverade i tumörbildning och cellcykeldysreglering . I detta fall kan miRNA vara både onkogener och tumörsuppressorer [101] .

Sekvenserna av små störande RNA och miRNA är komplementära till nukleotidsekvenserna i promotorregionerna. Bindning av siRNA och miRNA till dessa regioner kan leda till en ökning av gentranskription och RNA-aktivering . En ökning av uttrycket av dessa gener sker med deltagande av Dicer- och Argonaute- proteiner, och histondemetylering sker också [102] [103] .

Evolution

Metoder för beräkningsfylogenetisk analys indikerar att den senaste gemensamma förfadern till alla eukaryoter hade RNA-interferens, medan frånvaron av ett RNA-interferenssystem i vissa eukaryoter är en förvärvad egenskap [104] . En evolutionärt gammal RNA-interferensväg verkar ha innehållit enzymer som liknar Dicer , Argonaute , PIWI , såväl som RNA-beroende RNA-polymeras. Förmodligen, tillsammans med RNA-interferens, spelade dessa enzymer också andra roller i cellen. Storskaliga studier inom området jämförande genomik indikerar att en liten grupp som blev förfader till alla eukaryoter också hade komponenter nära relaterade till DNA-nedbrytningssystem, till exempel liknande exosomala komplex [105] . Argonaute-proteinfamiljen, gemensam för många eukaryoter såväl som archaea och vissa bakterier (t.ex. Aquifex aeolicus ), är homologt och evolutionärt härledd från komponenter i translationsinitieringssystemet [ 105] .

Den äldsta funktionen hos RNA-interferenssystemet kallas som regel skydd mot exogena genetiska element - genomen av virus och transposoner [104] [106] . Vissa relaterade funktioner, såsom histonmodifiering , kan ha funnits i förfäderna till moderna eukaryoter, medan andra, såsom reglering av utveckling av miRNA, verkar ha dykt upp senare [104] .

Gener av RNA-interferenssystemet i många eukaryoter är komponenter i det medfödda immunsystemet som motstår virus. Vissa växtvirus har förvärvat mekanismer för att undertrycka svaret från värdcellens RNA-interferenssystem [78] . Förändringshastigheten i gener för RNA-interferensvägar i Drosophila styrs av positivt urval . Generna i RNA-interferenssystemet utvecklas i mycket hög hastighet jämfört med andra gener i Drosophila-genomet [107] .

Applikation

Stänga av gener

RNA-interferenssystemet används ofta inom experimentell biologi för att studera funktionen av gener i cellkulturer och i modellorganismer in vivo [1] . Syntetiskt dubbelsträngat RNA som är komplementärt till en given gen introduceras i en cell eller organism, där en främmande RNA-molekyl utlöser ett RNA-interferenssystem. Denna metod gör det möjligt för forskare att avsevärt minska nivån av uttryck av motsvarande gen. Att studera konsekvenserna av en minskning av uttrycket av en gen av intresse gör det möjligt att belysa den fysiologiska rollen för produkten av denna målgen. Eftersom RNA-interferenssystemet inte helt kan stänga av genuttryck, kallas denna metod " gen knockdown " - i motsats till fullständigt avlägsnande av genen, " gen knockout " [108] .

Betydande framsteg inom beräkningsbiologin möjliggör utvecklingen av dubbelsträngade RNA som ger maximal minskning av målgenexpression och har minimala biverkningar. Biverkningar kan uppstå när den injicerade RNA-molekylen har en sekvens som är komplementär till flera gener samtidigt, vilket leder till en otillräcklig minskning av uttrycket av flera gener. Liknande svårigheter uppstår ofta när dubbelsträngat RNA innehåller repetitiva sekvenser. Studier av genomerna från Homo sapiens , Caenorhabditis elegans och Schizosaccharomyces pombe har visat att cirka 10 % av små störande RNA-molekyler kommer att leda till betydande biverkningar [ 42 ] inklusive de som är specifika för däggdjur [111] och virus [112] . Föreslagna siRNA-sekvenser kontrolleras automatiskt för korsaktivitet.

Beroende på organismen och det experimentella systemet kan exogena RNA utformas för att vara långa och vara målet för Dicer-proteinet, eller korta och vara substrat för små störande RNA. För de flesta däggdjursceller föredras kortare RNA eftersom långa dubbelsträngade RNA hos däggdjur framkallar ett interferonsvar , en form av medfödd immunitet , ett ospecifikt svar på främmande genetiskt material [113] . För musoocyter , såväl som för celler från musembryon i de tidiga utvecklingsstadierna, är interferonsvaret på exogent dubbelsträngat RNA inte karakteristiskt, därför är dessa celler ett bekvämt system för att studera gennedbrytning hos däggdjur [114] . För att använda RNA-interferenssystemet i laboratoriet har speciella metoder utvecklats som inte kräver direkt införande av små störande RNA i cellen, till exempel plasmidtransfektionssystem som kodar för transkriberade siRNA-sekvenser [115] , lentivirala vektorer som tillåter inducering eller inaktivering transkription, även kallad engelska . villkorlig RNAi [116] [117] .  

En alternativ strategi för artificiell genreglering till RNA-interferens tillhandahålls av CRISPRi- metoden, som fungerar på nivån för transkription på/av [118]

Funktionell genomik

Funktionella genomikmetoder som använder RNAi-systemet används vanligtvis på Caenorhabditis elegans [120] och Drosophila melanogaster [121] , eftersom dessa djur är de mest använda modellerna och RNAi-systemet fungerar mest effektivt i dessa organismer. Caenorhabditis elegans är ett bekvämt mål för RNA-interferensstudier av två skäl - för det första är effekterna av gentystnad i nematoden ärvda, och för det andra eftersom leveransen av dubbelsträngat DNA till nematoden är extremt enkel. Nematoder kan matas med bakterieceller, såsom Escherichia coli , innehållande det önskade dubbelsträngade RNA:t, som sedan absorberas genom tarmarna. Denna metod för att leverera RNA med mat är effektiv när det gäller effektiviteten av gentystnad och är samtidigt mycket billigare, enklare och snabbare än att doppa maskar i en lösning som innehåller dubbelsträngat RNA eller införa dubbelsträngat RNA i könskörtlarna [ 122] . I de flesta andra organismer verkar dubbelsträngad RNA-leverans vara mycket mer mödosam, men storskaliga genomstudier i däggdjurscellkulturer görs försök [123] .

Tillvägagångssätt för att skapa RNA-interferensbibliotek för hela genom är mycket mer komplicerade än i fallet med en specifik uppsättning små störande RNA för ett givet experiment. Artificiella neurala nätverk används ofta för att skapa siRNA-bibliotek, såväl som för att förutsäga deras effektivitet för gen knockdown [124] [125] . Massgenomscreeningar är lovande tekniker för genomannotering , vilket har lett till utvecklingen av screeningmetoder med hög genomströmning baserade på DNA-mikroarrayteknologi [126] [127] . Möjligheten att använda dessa metoder för att studera andra organismer, såsom parasitära rundmaskar, är fortfarande tveksam [128] [129] .

Funktionell genomikforskning som använder RNA-interferenstekniker är attraktiv för genomkartläggning och genanteckning i växter, eftersom många växter är polyploider , vilket gör det svårt att studera med traditionella genteknikmetoder . Till exempel har RNA-interferens framgångsrikt använts i funktionell genomik för att studera Triticum aestivum (hexaploid) [130] , såväl som i fallet med andra modellväxter, Arabidopsis thaliana och majs [131] .

Medicin

Det är möjligt att använda RNA-interferensmetoder i terapi , särskilt i RNA-terapi . Även om införandet av långa dubbelsträngade RNA i däggdjursceller är svårt på grund av interferonsvaret, har molekyler som små störande RNA framgångsrikt använts [132] . Kliniska prövningar av retinal nedbrytningsterapi och behandling av respiratoriskt syncytialvirus med RNA-interferens [133] har utförts , och effektiviteten av RNAi-systemet för behandling av leverskador hos laboratoriemöss har också visats [134] .

En annan möjlig klinisk tillämpning av RNA-interferens är behandlingen av herpes simplex-virus typ 2 (till exempel vid Harvard University Medical School ) och hämning av viralt genuttryck i tumörceller [135] , knockdown av värd - hiv -receptorer och co-receptorer [136 ] , tystnad av hepatit A -gener [137] och hepatit B [138] , influensavirusgen tystnad [139] , hämning av replikation av mässlingvirus [140] . Det är också möjligt att behandla neurodegenerativa sjukdomar, såsom Huntingtons sjukdom [141] . RNA-interferens anses också ofta vara ett lovande sätt att behandla tumörer genom att stänga ner gener som är överuttryckta i tumörceller eller gener involverade i celldelning [142] [143] . Ett viktigt forskningsområde inom området RNA-interferens för kliniska tillämpningar är utvecklingen av metoder för säker leverans av små RNA, till exempel valet av vektorsystem för genterapi [144] [145] .

Trots att det finns nya studier på cellkulturer som bekräftar den potentiella möjligheten till läkemedelsbehandling baserad på komponenterna i RNA-interferenssystemet, kvarstår frågor om säkerheten för sådana behandlingar, inklusive konsekvenserna av biverkningar av repression av gener med liknande nukleotid sekvenser [146] . Beräkningsgenomiska metoder visar att sådana fellänkande biverkningar är upp till 10 % [42] . En av de stora studierna av leversjukdomar hos möss visade en högre dödlighet bland försöksdjur, vilket förklarades av forskarna som "överbelastning" med dubbelsträngade RNA ( miRNA , shRNA ) [147] , eftersom små RNA som innehåller en hårnål är bearbetas i kärnan och exporteras till cytoplasman med den aktiva transportmekanismen . Alla ovanstående fakta undersöks fortfarande, vilket begränsar de potentiella tillämpningarna av RNA-interferensmetoder för terapi.

Ett betydande hinder i utvecklingen av RNA-interferensterapier är dessutom att leveransen av små störande RNA (siRNA) fortfarande är extremt ineffektiv, och extremt höga doser av läkemedlet är nödvändiga för att uppnå till och med minimalt signifikant knockdown av målgenen. Men de teknologier som nyligen utvecklats tillåter oss att hoppas att denna terapimetod snart kommer in i klinisk praxis. Till exempel fann man att den samtidiga injektionen av kolesterolassocierat siRNA (chol-siRNA) och endosomolytisk polymer ARC-520 gjorde det möjligt att uppnå mer än en 500-faldig ökning av effektiviteten och uppnå en 90% minskning av målgenexpression i möss in vivo. [148] .

Metoder utvecklas för att använda RNA-interferens för att behandla ihållande typ 1 HIV-infektion. Virus som HIV-1 utgör ett svårt mål för RNAi-systemet, eftersom de kräver en kombination av flera RNAi-vägar. Möjliga sätt för antiviral terapi med hjälp av RNAi-systemet verkar lovande, men det är också extremt viktigt att sätta upp många kontrollexperiment i prekliniska prövningar för att entydigt visa den sekvensspecifika verkan av RNAi-systemet [149] .

Bioteknik

RNA-interferens används inom bioteknik , i synnerhet för att skapa växter som syntetiserar naturliga giftiga ämnen i mindre mängder. Metoder har utvecklats för att skapa växter som stabilt uttrycker komponenterna i RNA-interferenssystemet, till exempel är bomullsfrön normalt rika på protein som lämpar sig för mänsklig konsumtion, men innehåller den giftiga terpenoiden gossypol .  Metoder som använder fenomenet RNA-interferens gör det möjligt att skapa bomullslinjer med en reducerad nivå av nyckelenzymet för gossypolsyntes, (+)-δ-kadinensyntas. Samtidigt uttrycker andra delar av växten detta enzym på vanlig nivå, eftersom gossypol är en viktig förening som skyddar växter från skadedjur [150] . Liknande försök görs för att minska cyanidnivåerna i naturprodukten linamarin , som härrör från kassava ( Manihot esculenta ) [151] .

Metoder har utvecklats för att minska allergennivåerna i tomatplantor [ 152] och metoder för att minska cancerframkallande prekursorer i tobaksplantor [ 153] . Andra exempel på genetiskt modifierade förändringar i växter är skapandet av opiumvallmo med minskade halter av narkotiska ämnen [154] , ökningen av växtresistens mot virus [155] och tillsats av antioxidanter till tomatfrukter [156] . Tidigare kommersiella genetiskt modifierade växter, tomat och papaya , utvecklades med användning av antisens-RNA, som uppenbarligen verkar genom RNA-interferens [157] [158] . Med hjälp av RNA-interferens undertryckte forskare från Uzbekistan funktionen hos fytokrom A-genen i bomull. Som ett resultat erhölls bomullslinjer där flera viktiga egenskaper förbättrades samtidigt: fiberlängd och kvalitet, avkastning, mognadstid, motståndskraft mot vattenbrist och saltstress. Baserat på de erhållna bomullslinjerna skapades nya högkvalitativa bomullsvarianter av Porlock-serien, som för närvarande sås på fälten i Uzbekistan. Fibrerna i dessa sorter säljs till ett pris som är högre än för vanlig bomull, eftersom de när det gäller kvalitetsegenskaper är överlägsna fibrerna i vanlig bomull [159] .

Anteckningar

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Daneholt, Bertil Avancerad information: RNA-interferens . Nobelpriset i fysiologi eller medicin 2006 . Hämtad 25 januari 2007. Arkiverad från originalet 25 augusti 2011.
  2. ↑ 1 2 Fire A., Xu S., Montgomery M., Kostas S., Driver S., Mello C. Potent och specifik genetisk interferens av dubbelsträngat RNA i Caenorhabditis elegans  (engelska)  // Nature : journal. - 1998. - Vol. 391 , nr. 6669 . - P. 806-811 . - doi : 10.1038/35888 . — PMID 9486653 .
  3. ↑ Matzke MA, Matzke AJM. Planting the Seeds of a New Paradigm  (engelska)  // PLoS Biol  : journal. - 2004. - Vol. 2 , nr. 5 . —P.e133 . _ - doi : 10.1371/journal.pbio.0020133 . — PMID 15138502 .
  4. ↑ Ecker JR, Davis RW Hämning av genuttryck i växtceller genom uttryck av antisens-RNA  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1986. - Vol. 83 , nr. 15 . - P. 5372-5376 . - doi : 10.1073/pnas.83.15.5372 . — PMID 16593734 .
  5. ↑ Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Introduktion av en chimär Chalcone Synthase-gen i Petunia resulterar i reversibel co-suppression av homologa gener i trans  // Plant Cell  : journal  . - 1990. - Vol. 2 , nr. 4 . - S. 279-289 . - doi : 10.1105/tpc.2.4.279 . — PMID 12354959 .
  6. ↑ {{{title}}} .
  7. ↑ Romano N., Macino G.  Quelling : övergående inaktivering av genuttryck i Neurospora crassa genom transformation med homologa sekvenser  // Mikrobiologi : journal. — Mikrobiologiska sällskapet, 1992. - Vol. 6 , nr. 22 . - P. 3343-3353 . - doi : 10.1111/j.1365-2958.1992.tb02202.x . — PMID 1484489 .
  8. ↑ Van Blokland R., Van der Geest N., Mol JNM, Kooter JM syntasuttryck i Petunia hybrida är ett resultat av en ökning av RNA-omsättningen]  //  Plant J : journal. - 1994. - Vol. 6 . - s. 861-877 . - doi : 10.1046/j.1365-313X.1994.6060861.x/abs/ .  (inte tillgänglig länk)
  9. ↑ Mol JNM, van der Krol AR Antisense nukleinsyror och proteiner: grunder och tillämpningar  (neopr.) . — M. Dekker, 1991. - S.  4 , 136. - ISBN 0824785169 .
  10. ↑ Covey S., Al-Kaff N., Lángara A., Turner D. Växter bekämpar infektion genom gentystnad   // Nature . - 1997. - Vol. 385 . - s. 781-782 . - doi : 10.1038/385781a0 .
  11. ↑ Ratcliff F., Harrison B., Baulcombe D. En likhet mellan viralt försvar och gentystnad i växter  //  Vetenskap: journal. - 1997. - Vol. 276 . - P. 1558-1560 . - doi : 10.1126/science.276.5318.1558 .
  12. ↑ Guo S., Kemphues K. par-1, en gen som krävs för att etablera polaritet i C. elegans embryon, kodar för ett förmodat Ser/Thr-kinas som är asymmetriskt fördelat  (engelska)  // Cell  : journal. - Cell Press , 1995. - Vol. 81 , nr. 4 . - s. 611-620 . - doi : 10.1016/0092-8674(95)90082-9 . — PMID 7758115 .
  13. ↑ Pal-Bhadra M., Bhadra U., Birchler J. Cosuppression in Drosophila: gentystnad av alkoholdehydrogenas av vita-Adh-transgener är Polycomb-beroende  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1997. - Vol. 90 , nej. 3 . - S. 479-490 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80508-5 . — PMID 9267028 .
  14. ↑ 1 2 Bernstein E., Caudy A., Hammond S., Hannon G. Roll för ett bidentat ribonukleas i initieringssteget av RNA-interferens  //  Nature : journal. - 2001. - Vol. 409 , nr. 6818 . - s. 363-366 . - doi : 10.1038/35053110 . — PMID 11201747 .
  15. ↑ Pillai RS, Bhattacharyya SN, Filipowicz W. Repression av proteinsyntes av miRNA: hur många mekanismer? (eng.)  // Trends Cell Biol : journal. — PMID 17197185 .
  16. ↑ Lee Y., Nakahara K., Pham J., Kim K., He Z., Sontheimer E., Carthew R. Distinkta roller för Drosophila Dicer-1 och Dicer-2 i siRNA / miRNA tystnadsvägarna   // Cell  : tidning. - Cell Press , 2004. - Vol. 117 , nr. 1 . - S. 69-81 . - doi : 10.1016/S0092-8674(04)00261-2 . — PMID 15066283 .
  17. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Shiekhattar R. Biogenes av  mikroRNA : isolering och karakterisering av mikroprocessorkomplexet  // Metoder Mol Biol : journal. - 2006. - Vol. 342 . - S. 33-47 . — PMID 16957365 .
  18. ↑ Wang QL, Li ZH  Funktionerna hos mikroRNA i växter  // Frontiers in Bioscience : journal. — Frontiers in Bioscience, 2007. - Vol. 12 . - P. 3975-3982 . — PMID 17485351 .
  19. ↑ Zhao Y., Srivastava D. En utvecklingssyn på mikroRNA-funktion  // Trender Biochem  . sci. : journal. - 2007. - Vol. 32 , nr. 4 . - S. 189-197 . - doi : 10.1016/j.tibs.2007.02.006 . — PMID 17350266 .
  20. ↑ Cifuentes D, Xue H, Taylor DW, Patnode H, Mishima Y, Cheloufi S, Ma E, Mane S, Hannon GJ, Lawson N, Wolfe S, Giraldez AJ. (2010) "En ny miRNA-processväg oberoende av Dicer kräver Argonaute2-katalytisk aktivitet." Science (Publicerad online 6 maj 2010) doi:10.1126/science.1190809
  21. ↑ Cheloufi S, Dos Santos CO, Chong MM, Hannon GJ. En tärningsoberoende miRNA-biogenesväg som kräver Ago-katalys   // Nature . - 2010. - Iss. doi:10.1038/nature09092 . — P. Publicerad online 27 april 2010 .
  22. ↑ Gregory R., Chendrimada T., Cooch N., Shiekhattar R. Human RISC kopplar mikroRNA-biogenes och posttranskriptionell gentystnad  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , nr. 4 . - s. 631-640 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.10.022 . — PMID 16271387 .
  23. ↑ 1 2 Lodish H., Berk A., Matsudaira P., Kaiser CA, Krieger M., Scott MP, Zipurksy SL, Darnell J. Molecular Cell Biology  (ospecificerad) . — 5:a. — W. H. Freeman: New York, NY, 2004. — ISBN 978-0716743668 .
  24. ↑ Matranga C., Tomari Y., Shin C., Bartel D., Zamore P. Klyvning av passagerarsträngar underlättar sammansättning av siRNA till Ago2-innehållande RNAi-enzymkomplex  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2005. - Vol. 123 , nr. 4 . - P. 607-620 . - doi : 10.1016/j.cell.2005.08.044 . — PMID 16271386 .
  25. ↑ Leuschner P., Ameres S., Kueng S., Martinez J. Klyvning av siRNA-passagerarsträngen under RISC-montering i mänskliga celler  //  EMBO Rep : journal. - 2006. - Vol. 7 , nr. 3 . - s. 314-320 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400637 . — PMID 16439995 .
  26. ↑ Schwarz DS, Hutvágner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore PD Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2003. - Vol. 115 , nr. 2 . - S. 199-208 . - doi : 10.1016/S0092-8674(03)00759-1 . — PMID 14567917 .
  27. ↑ Preall J., He Z., Gorra J., Sontheimer E. Kort interfererande RNA-strängselektion är oberoende av dsRNA-bearbetningspolaritet under RNAi i Drosophila  // Curr Biol  : journal  . - 2006. - Vol. 16 , nr. 5 . - S. 530-535 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.061 . — PMID 16527750 .
  28. ↑ Tomari Y., Matranga C., Haley B., Martinez N., Zamore P. En proteinsensor för siRNA-asymmetri   // Science . - 2004. - Vol. 306 , nr. 5700 . - P. 1377-1380 . - doi : 10.1126/science.1102755 . — PMID 15550672 .
  29. ↑ Ma J., Yuan Y., Meister G., Pei Y., Tuschl T., Patel D. Strukturell grund för 5'-änd-specifik igenkänning av guide-RNA av A. fulgidus  Piwi- //proteinet - 2005. - Vol. 434 , nr. 7033 . - s. 666-670 . - doi : 10.1038/nature03514 . — PMID 15800629 .
  30. ↑ Sen G., Wehrman T., Blau H. mRNA-translation är inte en förutsättning för liten interfererande RNA-medierad mRNA-klyvning  //  Differentiering : journal. - 2005. - Vol. 73 , nr. 6 . - s. 287-293 . - doi : 10.1111/j.1432-0436.2005.00029.x . — PMID 16138829 .
  31. ↑ Gu S., Rossi J. Frikoppling av RNAi från aktiv translation i däggdjursceller  //  RNA : journal. - 2005. - Vol. 11 , nr. 1 . - S. 38-44 . - doi : 10.1261/rna.7158605 . — PMID 15574516 .
  32. ↑ Sen G., Blau H. Argonaute 2/RISC finns på platser för däggdjurs-mRNA-sönderfall som kallas cytoplasmatiska kroppar  // Nature Cell Biology  : journal  . - 2005. - Vol. 7 , nr. 6 . - s. 633-636 . - doi : 10.1038/ncb1265 . — PMID 15908945 .
  33. ↑ Lian S., Jakymiw A., Eystathioy T., Hamel J., Fritzler M., Chan E. GW kroppar, mikroRNA och cellcykeln  //  Cell Cycle : journal. - 2006. - Vol. 5 , nej. 3 . - S. 242-245 . — PMID 16418578 .
  34. ↑ Jakymiw A., Lian S., Eystathioy T., Li S., Satoh M., Hamel J., Fritzler M., Chan E. Disruption  of  :Nature Cell Biology//P bodies impairs mammalia RNA interference - 2005. - Vol. 7 , nr. 12 . - P. 1267-1274 . - doi : 10.1038/ncb1334 . — PMID 16284622 .
  35. ↑ Hammond S., Bernstein E., Beach D., Hannon G. Ett RNA-riktat nukleas förmedlar post-transkriptionell gentystnad i Drosophila-celler  // Nature  :  journal. - 2000. - Vol. 404 , nr. 6775 . - S. 293-296 . - doi : 10.1038/35005107 . — PMID 10749213 .
  36. ↑ Bagasra O., Prilliman KR RNA-interferens: det molekylära immunsystemet  (neopr.)  // J. Mol. Histol.. - 2004. - T. 35 , nr 6 . - S. 545-553 . - doi : 10.1007/s10735-004-2192-8 . — PMID 15614608 .
  37. ↑ Macrae I., Zhou K., Li F., Repic A., Brooks A., Cande W., Adams P., Doudna J. Strukturell grund för dubbelsträngad RNA-bearbetning av dicer   // Science : journal. - 2006. - Vol. 311 , nr. 5758 . - S. 195-198 . - doi : 10.1126/science.1121638 . — PMID 16410517 .
  38. ↑ Siomi, Haruhiko; Siomi, Mikiko C. På väg att läsa RNA-interferenskoden  (engelska)  // Nature  : journal. - 2009. - 22 januari ( vol. 457 , nr 7228 ). - s. 396-404 . - doi : 10.1038/nature07754 . — PMID 19158785 .
  39. ↑ Zamore P., Tuschl T., Sharp P., Bartel D. RNAi: dubbelsträngat RNA styr den ATP-beroende klyvningen av mRNA med 21 till 23 nukleotidintervall  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , nr. 1 . - S. 25-33 . - doi : 10.1016/S0092-8674(00)80620-0 . — PMID 10778853 .
  40. ↑ Vermeulen A., Behlen L., Reynolds A., Wolfson A., Marshall W., Karpilow J., Khvorova A. Bidragen från dsRNA-strukturen till skärpt specificitet och effektivitet  //  RNA: journal. - 2005. - Vol. 11 , nr. 5 . - s. 674-682 . - doi : 10.1261/rna.7272305 . — PMID 15811921 .
  41. ↑ Castanotto, Daniela; Rossi, John J. Löften och fallgroparna med RNA-interferensbaserad terapi  // Nature  :  journal. - 2009. - 22 januari ( vol. 457 , nr 7228 ). - s. 426-433 . - doi : 10.1038/nature07758 . — PMID 19158789 .
  42. ↑ 1 2 3 Qiu S., Adema C., Lane T. En beräkningsstudie av effekter utanför målet av RNA-interferens  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2005. - Vol. 33 , nr. 6 . - P. 1834-1847 . doi : 10.1093 / nar/gki324 . — PMID 15800213 .
  43. ↑ Ahlquist P. RNA-beroende RNA-polymeraser, virus och RNA-tystnad   // Science . - 2002. - Vol. 296 , nr. 5571 . - P. 1270-1273 . - doi : 10.1126/science.1069132 . — PMID 12016304 .
  44. ↑ 1 2 Parker G., Eckert D., Bass B. RDE-4 binder företrädesvis långt dsRNA och dess dimerisering är nödvändig för klyvning av dsRNA till siRNA  //  RNA : journal. - 2006. - Vol. 12 , nr. 5 . - P. 807-818 . - doi : 10.1261/rna.2338706 . — PMID 16603715 .
  45. ↑ Liu Q., Rand T., Kalidas S., Du F., Kim H., Smith D., Wang X. R2D2, en brygga mellan initierings- och effektorstegen för Drosophila RNAi-vägen  //  Science : journal. - 2003. - Vol. 301 , nr. 5641 . - P. 1921-1925 . - doi : 10.1126/science.1088710 . — PMID 14512631 .
  46. ↑ Baulcombe D. Molecular biology. Förstärkt ljuddämpning  (engelska)  // Vetenskap. - 2007. - Vol. 315 , nr. 5809 . - S. 199-200 . - doi : 10.1126/science.1138030 . — PMID 17218517 .
  47. ↑ Pak J., Fire A. Distinkta populationer av primära och sekundära effektorer under RNAi i C. elegans  //  Science: journal. - 2007. - Vol. 315 , nr. 5809 . - S. 241-244 . - doi : 10.1126/science.1132839 . — PMID 17124291 .
  48. ↑ Sijen T., Steiner F., Thijssen K., Plasterk R. Sekundära siRNA är ett resultat av oprimad RNA-syntes och bildar en distinkt klass  //  Science : journal. - 2007. - Vol. 315 , nr. 5809 . - S. 244-247 . - doi : 10.1126/science.1136699 . — PMID 17158288 .
  49. ↑ Holmquist G., Ashley T. Kromosomorganisation och kromatinmodifiering: påverkan på genomets funktion och evolution  //  Cytogenetic and Genome Research : journal. — Karger förlag, 2006. - Vol. 114 , nr. 2 . - S. 96-125 . - doi : 10.1159/000093326 . — PMID 16825762 .
  50. ↑ Verdel A., Jia S., Gerber S., Sugiyama T., Gygi S., Grewal S., Moazed D. RNAi-medierad inriktning av heterokromatin av RITS-komplexet  //  Science : journal. - 2004. - Vol. 303 , nr. 5658 . - s. 672-676 . - doi : 10.1126/science.1093686 . — PMID 14704433 .
  51. ↑ Irvine D., Zaratiegui M., Tolia N., Goto D., Chitwood D., Vaughn M., Joshua-Tor L., Martienssen R. Argonaute-skivning krävs för heterokromatisk tystnad och spridning  //  Science : journal. - 2006. - Vol. 313 , nr. 5790 . - s. 1134-1137 . - doi : 10.1126/science.1128813 . — PMID 16931764 .
  52. ↑ Volpe T., Kidner C., Hall I., Teng G., Grewal S., Martienssen R. Regulation of heterochromatic silencing and histon H3 lysine-9 methylation by RNAi  //  Science : journal. - 2002. - Vol. 297 , nr. 5588 . - P. 1833-1837 . - doi : 10.1126/science.1074973 . — PMID 12193640 .
  53. ↑ Volpe T., Schramke V., Hamilton G., White S., Teng G., Martienssen R., Allshire R. RNA-interferens krävs för normal centromerfunktion i fissionsjäst  //  Chromosome Res : journal. - 2003. - Vol. 11 , nr. 2 . - S. 137-146 . - doi : 10.1023/A:1022815931524 . — PMID 12733640 .
  54. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H, Pookot D, Place RF, Urakami S, Enokida H, Dahiya R. (2006). Små dsRNA inducerar transkriptionell aktivering i mänskliga celler. Proc Natl Acad Sci USA 103(46):17337–42. PMID 17085592
  55. ↑ Noma K., Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Zofall M., Jia S., Moazed D., Grewal S. RITS agerar in cis för att främja RNA-interferensmedierad transkriptionell och post-transkriptionell  tystnad.)  // Nature Genetics  : tidskrift. - 2004. - Vol. 36 , nr. 11 . - P. 1174-1180 . - doi : 10.1038/ng1452 . — PMID 15475954 .
  56. ↑ Sugiyama T., Cam H., Verdel A., Moazed D., Grewal S. RNA-beroende RNA-polymeras är en viktig komponent i en självförstärkande loop som kopplar heterokromatinaggregat till siRNA-produktion   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : tidskrift. - 2005. - Vol. 102 , nr. 1 . - S. 152-157 . - doi : 10.1073/pnas.0407641102 . — PMID 15615848 .
  57. ↑ Wang F., Koyama N., Nishida H., Haraguchi T., Reith W., Tsukamoto T.  Sammansättningen och underhållet av heterokromatin som initieras av transgenupprepningar är oberoende av RNA-interferensvägen i däggdjursceller  // Mol Cell Biol : journal. - 2006. - Vol. 26 , nr. 11 . - P. 4028-4040 . - doi : 10.1128/MCB.02189-05 . — PMID 16705157 .
  58. ↑ Bass B. RNA-redigering av adenosindeaminaser som verkar på RNA  //  Annu Rev Biochem : journal. - 2002. - Vol. 71 . - P. 817-846 . - doi : 10.1146/annurev.biochem.71.110601.135501 . — PMID 12045112 .
  59. ↑ Bass B. Dubbelsträngat RNA som mall för gentystnad  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2000. - Vol. 101 , nr. 3 . - S. 235-238 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)71133-1 . — PMID 10847677 .
  60. ↑ Luciano D., Mirsky H., Vendetti N., Maas S. RNA-redigering av en miRNA-prekursor  (neopr.)  // RNA. - 2004. - T. 10 , nr 8 . - S. 1174-1177 . - doi : 10.1261/rna.7350304 . — PMID 15272117 .
  61. ↑ 1 2 Yang W., Chendrimada T., Wang Q., Higuchi M., Seeburg P., Shiekhattar R., Nishikura K. Modulering av mikroRNA-bearbetning och uttryck genom RNA-redigering av ADAR-deaminaser   // Nature Structural & Molecular Biology  : tidning. - 2006. - Vol. 13 , nr. 1 . - S. 13-21 . doi : 10.1038 / nsmb1041 . — PMID 16369484 .
  62. ↑ Yang W., Wang Q., Howell K., Lee J., Cho D., Murray J., Nishikura K. ADAR1 RNA-deaminas begränsar kort interfererande RNA-effektivitet i däggdjursceller  // J Biol Chem  :  journal . - 2005. - Vol. 280 , nr. 5 . - P. 3946-3953 . - doi : 10.1074/jbc.M407876200 . — PMID 15556947 .
  63. ↑ Nishikura K. Redaktör möter ljuddämpare: överhörning mellan RNA-redigering och RNA-interferens  // Naturrecensioner Molecular Cell Biology  : journal  . - 2006. - Vol. 7 , nr. 12 . - P. 919-931 . - doi : 10.1038/nrm2061 . — PMID 17139332 .
  64. ↑ 1 2 3 Saumet A., Lecellier CH Antiviral RNA-tystnad: ser vi ut som växter? (engelska)  // BioMed Central. - 2006. - Vol. 3 , nr. 3 . — S. 3 . - doi : 10.1186/1742-4690-3-3 . — PMID 16409629 .
  65. ↑ Jones L., Ratcliff F., Baulcombe DC RNA-riktad transkriptionell gentystnad i växter kan ärvas oberoende av RNA-utlösaren och kräver Met1 för underhåll  // Current Biology  : journal  . - Cell Press , 2001. - Vol. 11 , nr. 10 . - s. 747-757 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00226-3 .
  66. ↑ Humphreys DT, Westman BJ, Martin DI, Preiss T. MicroRNAs kontrollerar translationsinitiering genom att hämma eukaryotisk initieringsfaktor 4E/cap och poly(A) svansfunktion  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2005. - Vol. 102 . - P. 16961-16966 . - doi : 10.1073/pnas.0506482102 . — PMID 16287976 .
  67. ↑ DaRocha W., Otsu K., Teixeira S., Donelson J. Tester av cytoplasmatisk RNA-interferens (RNAi) och konstruktion av ett tetracyklin-inducerbart T7-promotorsystem i Trypanosoma cruzi  //  Mol Biochem Parasitol : journal. - 2004. - Vol. 133 , nr. 2 . - S. 175-186 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2003.10.005 . — PMID 14698430 .
  68. ↑ Robinson K., Beverley S. Förbättringar i transfektionseffektivitet och tester av RNA-interferens (RNAi) tillvägagångssätt i protozoparasiten Leishmania  //  Mol Biochem Parasitol : journal. - 2003. - Vol. 128 , nr. 2 . - s. 217-228 . - doi : 10.1016/S0166-6851(03)00079-3 . — PMID 12742588 .
  69. ↑ L. Aravind, Hidemi Watanabe, David J. Lipman och Eugene V. Koonin. Härstamningsspecifik förlust och divergens av funktionellt kopplade gener i eukaryoter  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences  : journal. - 2000. - Vol. 97 , nr. 21 . - P. 11319-11324 . - doi : 10.1073/pnas.200346997 . — PMID 11016957 .
  70. ↑ Drinnenberg IA, Weinberg DE, Xie KT, Nower JP, Wolfe KH, Fink GR, Bartel DP RNAi in Budding Yeast   // Science . - 2009. - doi : 10.1126/science.1176945 . — PMID 19745116 .
  71. ↑  Nakayashiki H., Kadotani N., Mayama S. Evolution och diversifiering av RNA-tysta proteiner i svampar  // J Mol Evol : journal. - 2006. - Vol. 63 , nr. 1 . - S. 127-135 . - doi : 10.1007/s00239-005-0257-2 . — PMID 16786437 .
  72. ↑ Morita T., Mochizuki Y., Aiba H. Translationell repression är tillräcklig för gentystnad av små bakteriella icke-kodande RNA i frånvaro av mRNA-destruktion  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of  America  : - 2006. - Vol. 103 , nr. 13 . - P. 4858-4863 . - doi : 10.1073/pnas.0509638103 . — PMID 16549791 .
  73. ↑ Makarova K., Grishin N., Shabalina S., Wolf Y., Koonin E. Ett förmodat RNA-interferensbaserat immunsystem i prokaryoter: beräkningsanalys av det förutspådda enzymmaskineriet, funktionella analogier med eukaryot RNAi och hypotetiska mekanismer för action  //  Biol Direct : journal. - 2006. - Vol. 1 . — S. 7 . - doi : 10.1186/1745-6150-1-7 . — PMID 16545108 .
  74. ↑ Stram Y., Kuzntzova L. Hämning av virus genom RNA-interferens  (odefinierad)  // Virusgener. - 2006. - T. 32 , nr 3 . - S. 299-306 . - doi : 10.1007/s11262-005-6914-0 . — PMID 16732482 .
  75. ↑ Blevins T., Rajeswaran R., Shivaprasad P., Beknazariants D., Si-Ammour A., ​​​​Park H., Vazquez F., Robertson D., Meins F., Hohn T., Pooggin M. Four plant Dicers förmedlar viral liten RNA-biogenes och DNA-virusinducerad tystnad  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2006. - Vol. 34 , nr. 21 . - P. 6233-6246 . - doi : 10.1093/nar/gkl886 . — PMID 17090584 .
  76. ↑ Palauqui J., Elmayan T., Pollien J., Vaucheret H. Systemisk förvärvad tystnad: transgenspecifik post-transkriptionell tystnad överförs genom ympning från tystade stammar till icke-tystade träd   // EMBO J : journal. - 1997. - Vol. 16 , nr. 15 . - P. 4738-4745 . - doi : 10.1093/emboj/16.15.4738 . — PMID 9303318 .
  77. ↑ Voinnet O. RNA-tystnad som ett växtimmunsystem mot virus  (fr.)  // Trends Genet :tidskrift. - 2001. - Vol. 17 , nr 8 . _ - S. 449-459 . - doi : 10.1016/S0168-9525(01)02367-8 . — PMID 11485817 .
  78. ↑ 1 2 Lucy A., Guo H., Li W., Ding S. Undertryckande av post-transkriptionell gentystnad av ett växtvirusprotein lokaliserat i kärnan  //  EMBO J : journal. - 2000. - Vol. 19 , nr. 7 . - P. 1672-1680 . - doi : 10.1093/emboj/19.7.1672 . — PMID 10747034 .
  79. ↑ Mérai Z., Kerényi Z., Kertész S., Magna M., Lakatos L., Silhavy D. Dubbelsträngad RNA-bindning kan vara en allmän växt-RNA-viral strategi för att undertrycka RNA-tystnad  // J  Virol : journal. - 2006. - Vol. 80 , nej. 12 . - P. 5747-5756 . - doi : 10.1128/JVI.01963-05 . — PMID 16731914 .
  80. ↑ Katiyar-Agarwal S., Morgan R., Dahlbeck D., Borsani O., Villegas A., Zhu J., Staskawicz B., Jin H.  A pathogen-inducible endogenous siRNA in plant immunity  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : tidskrift. - 2006. - Vol. 103 , nr. 47 . - P. 18002-18007 . - doi : 10.1073/pnas.0608258103 . — PMID 17071740 .
  81. ↑ Fritz J., Girardin S., Philpott D. Innat immunförsvar genom RNA-interferens  // Sci  STKE : journal. - 2006. - Vol. 2006 , nej. 339 . — P. pe27 . - doi : 10.1126/stke.3392006pe27 . — PMID 16772641 .
  82. ↑ Zambon R., Vakharia V., Wu L. RNAi är ett antiviralt immunsvar mot ett dsRNA-virus i Drosophila melanogaster  (neopr.)  // Cell Microbiol. - 2006. - T. 8 , nr 5 . - S. 880-889 . - doi : 10.1111/j.1462-5822.2006.00688.x . — PMID 16611236 .
  83. ↑ Wang X., Aliyari R., Li W., Li H., Kim K., Carthew R., Atkinson P., Ding S. RNA-interferens styr medfödd immunitet mot virus hos vuxna Drosophila  //  Science : journal. - 2006. - Vol. 312 , nr. 5772 . - s. 452-454 . - doi : 10.1126/science.1125694 . — PMID 16556799 .
  84. ↑ Lu R., Maduro M., Li F., Li H., Broitman-Maduro G., Li W., Ding S. Replikation av djurvirus och RNAi-medierad antiviral tystnad i Caenorhabditis elegans  //  Nature : journal. - 2005. - Vol. 436 , nr. 7053 . - P. 1040-1043 . - doi : 10.1038/nature03870 . — PMID 16107851 .
  85. ↑ Wilkins C., Dishongh R., Moore S., Whitt M., Chow M., Machaca K. RNA-interferens är en antiviral försvarsmekanism i Caenorhabditis elegans  //  Nature: journal. - 2005. - Vol. 436 , nr. 7053 . - P. 1044-1047 . - doi : 10.1038/nature03957 . — PMID 16107852 .
  86. ↑ Berkhout B., Haasnoot J. Samspelet mellan virusinfektion och det cellulära RNA-interferensmaskineriet  //  FEBS Lett : journal. - 2006. - Vol. 580 , nr. 12 . - P. 2896-2902 . - doi : 10.1016/j.febslet.2006.02.070 . — PMID 16563388 .
  87. ↑ Schütz S., Sarnow P. Interaktion mellan virus och däggdjurs-RNA-interferensvägen  (engelska)  // Virology : journal. - 2006. - Vol. 344 , nr. 1 . - S. 151-157 . - doi : 10.1016/j.virol.2005.09.034 . — PMID 16364746 .
  88. ↑ Cullen B. Är RNA-interferens involverad i inneboende antiviral immunitet hos däggdjur? (engelska)  // Nature Immunology  : journal. - 2006. - Vol. 7 , nr. 6 . - s. 563-567 . - doi : 10.1038/ni1352 . — PMID 16715068 .
  89. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding och Olivier Voinnet (2013) Antiviral RNA Interference in Mammalian Cells. Science,342(6155), 235-238 DOI: 10.1126/science.1241930
  90. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan och Shou-Wei Ding (2013) RNA-interferens fungerar som en antiviral immunitetsmekanism hos däggdjur. Science, 342(6155), 231-234 DOI: 10.1126/science.1241911
  91. ↑ Li H., Ding S. Antiviral tystnad hos djur  //  FEBS Lett : journal. - 2005. - Vol. 579 , nr. 26 . - P. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  92. ↑ Madhu S. Kumar, Ryan E. Pester, Cindy Y. Chen, Keara Lane, Christine Chin, Jun Lu, David G. Kirsch, Todd R. Golub, Tyler Jacks. Dicer1 fungerar som en haploinsufficient tumörsuppressor  // Genes & Dev. - 2009. - T. 23 . - S. 2700-2704 .
  93. ↑ PV Maillard, C. Ciaudo, A. Marchais, Y. Li, F. Jay, SW Ding och Olivier Voinnet (2013) Antiviral RNA Interference in Mammalian Cells. Science , 342(6155), 235-238 doi : 10.1126/science.1241930
  94. ↑ Yang Li, Jinfeng Lu, Yanhong Han, Xiaoxu Fan och Shou-Wei Ding (2013) RNA Interference Functions as an Antiviral Immunity Mechanism in Mammals" Science 342(6155), 231-234 doi : 10.1126/science.12419
  95. ↑ Li H., Ding S. Antiviral tystnad hos djur  //  FEBS Lett : journal. - 2005. - Vol. 579 , nr. 26 . - P. 5965-5973 . - doi : 10.1016/j.febslet.2005.08.034 . — PMID 16154568 .
  96. ↑ Carrington J., Ambros V. MikroRNAs roll i växt- och djurutveckling   // Vetenskap . - 2003. - Vol. 301 , nr. 5631 . - s. 336-338 . - doi : 10.1126/science.1085242 . — PMID 12869753 .
  97. ↑ Lee R., Feinbaum R., Ambros V. C. elegans heterokrona gen lin-4 kodar för små RNA med antisenskomplementaritet till lin-14  // Cell  :  journal. - Cell Press , 1993. - Vol. 75 , nr. 5 . - s. 843-854 . - doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . — PMID 8252621 .
  98. ↑ Palatnik J., Allen E., Wu X., Schommer C., Schwab R., Carrington J., Weigel D. Kontroll av bladmorfogenes genom mikroRNA   // Nature . - 2003. - Vol. 425 , nr. 6955 . - s. 257-263 . - doi : 10.1038/nature01958 . — PMID 12931144 .
  99. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. Plant mikroRNA: en liten reglerande molekyl med stor inverkan  //  Dev Biol : journal. - 2006. - Vol. 289 , nr. 1 . - S. 3-16 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.10.036 . — PMID 16325172 .
  100. ↑ Jones-Rhoades M., Bartel D., Bartel B. MicroRNAS och deras reglerande roller i växter  // Annu Rev Plant Biol  : journal  . - 2006. - Vol. 57 . - S. 19-53 . - doi : 10.1146/annurev.arplant.57.032905.105218 . — PMID 16669754 .
  101. ↑ Zhang B., Pan X., Cobb G., Anderson T. mikroRNA som onkogener och tumörsuppressorer  //  Dev Biol : journal. - 2007. - Vol. 302 , nr. 1 . - S. 1-12 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2006.08.028 . — PMID 16989803 .
  102. ↑ Kontrollera E. RNA-interferens: tryck på strömbrytaren   // Nature . - 2007. - Vol. 448 , nr. 7156 . - s. 855-858 . - doi : 10.1038/448855a . — PMID 17713502 .
  103. ↑ Li LC, Okino ST, Zhao H., et al. Små dsRNA inducerar transkriptionell aktivering i mänskliga celler  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Vol. 103 , nr. 46 . - P. 17337-17342 . - doi : 10.1073/pnas.0607015103 . — PMID 17085592 .
  104. ↑ 1 2 3 Cerutti H., Casas-Mollano J. Om ursprunget och funktionerna av RNA-medierad tystnad: från protister till människa  //  Curr Genet : journal. - 2006. - Vol. 50 , nej. 2 . - S. 81-99 . - doi : 10.1007/s00294-006-0078-x . — PMID 16691418 .
  105. ↑ 1 2 Anantharaman V., Koonin E., Aravind L. Jämförande genomik och evolution av proteiner involverade i RNA-metabolism  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2002. - Vol. 30 , nej. 7 . - P. 1427-1464 . doi : 10.1093 / nar/30.7.1427 . — PMID 11917006 .
  106. ↑ Buchon N., Vaury C. RNAi: a defensive RNA-silencing against viruses and transposable elements  (fr.)  // Hereedity: magazine. - 2006. - Vol. 96 , nr 2 . _ - S. 195-202 . - doi : 10.1038/sj.hdy.6800789 . — PMID 16369574 .
  107. ↑ Obbard D., Jiggins F., Halligan D., Little T. Naturligt urval driver extremt snabb utveckling av antivirala RNAi-gener  // Curr Biol  : journal  . - 2006. - Vol. 16 , nr. 6 . - S. 580-585 . - doi : 10.1016/j.cub.2006.01.065 . — PMID 16546082 .
  108. ↑ Voorhoeve PM, Agami R. Knockdown står upp  // Trender Biotechnol  . : journal. - 2003. - Vol. 21 , nr. 1 . - S. 2-4 . - doi : 10.1016/S0167-7799(02)00002-1 . — PMID 12480342 .
  109. ↑ Naito Y., Yamada T., Matsumiya T., Ui-Tei K., Saigo K., Morishita S.  dsCheck : mycket känslig programvara för sökning utanför målet för dubbelsträngad RNA-medierad RNA-interferens  // Nucleic Acids Res : journal. - 2005. - Vol. 33 , nr. Problem med webbservern . —P.W589-91 . _ doi : 10.1093 / nar/gki419 . — PMID 15980542 .
  110. ↑ Henschel A., Buchholz F., Habermann B. DEQOR: ett webbaserat verktyg för design och kvalitetskontroll av siRNA   // Nucleic Acids Res : journal. - 2004. - Vol. 32 , nr. Problem med webbservern . —P.W113—20 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh408 . — PMID 15215362 .
  111. ↑ Naito Y., Yamada T., Ui-Tei K., Morishita S., Saigo K. siDirect: mycket effektiv, målspecifik siRNA-designmjukvara för däggdjurs-RNA-interferens  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2004. - Vol. 32 , nr. Problem med webbservern . —P.W124—9 . _ doi : 10.1093 / nar/gkh442 . — PMID 15215364 .
  112. ↑ Naito Y., Ui-Tei K., Nishikawa T., Takebe Y., Saigo K. siVirus: webbaserad antiviral siRNA-designprogramvara för mycket divergerande virala sekvenser  //  Nucleic Acids Res : journal. - 2006. - Vol. 34 , nr. Problem med webbservern . —P.W448-50 . _ doi : 10.1093 / nar/gkl214 . — PMID 16845046 .
  113. ↑ Reynolds A., Anderson E., Vermeulen A., Fedorov Y., Robinson K., Leake D., Karpilow J., Marshall W., Khvorova A. Induktion av interferonsvaret av siRNA är celltyp- och duplexlängd -beroende  (engelska)  // RNA : journal. - 2006. - Vol. 12 , nr. 6 . - s. 988-993 . - doi : 10.1261/rna.2340906 . — PMID 16611941 .
  114. ↑ Stein P., Zeng F., Pan H., Schultz R. Frånvaro av ospecifika effekter av RNA-interferens utlöst av lång dubbelsträngat RNA i musoocyter  //  Dev Biol : journal. - 2005. - Vol. 286 , nr. 2 . - s. 464-471 . - doi : 10.1016/j.ydbio.2005.08.015 . — PMID 16154556 .
  115. ↑ Brummelkamp T., Bernards R., Agami R. Ett system för stabilt uttryck av korta interfererande RNA i däggdjursceller  //  Science : journal. - 2002. - Vol. 296 , nr. 5567 . - S. 550-553 . - doi : 10.1126/science.1068999 . — PMID 11910072 .
  116. ↑ Tiscornia G., Tergaonkar V., Galimi F., Verma I. CRE rekombinasinducerbar RNA-interferens förmedlad av  lentivirala vektorer  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2004. - Vol. 101 , nr. 19 . - P. 7347-7351 . - doi : 10.1073/pnas.0402107101 . — PMID 15123829 .
  117. ↑ Ventura A., Meissner A., ​​​​Dillon C., McManus M., Sharp P., Van Parijs L., Jaenisch R , Jacks T. Cre-lox-reglerad villkorad RNA-interferens från transgener  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : tidskrift. - 2004. - Vol. 101 , nr. 28 . - P. 10380-10385 . - doi : 10.1073/pnas.0403954101 . — PMID 15240889 .
  118. ↑ Gilbert, LA, Larson, MH, Morsut, L., et al. & Qi, LS (2013) CRISPR-medierad modulär RNA-guidad reglering av transkription i eukaryoter . Cell, 154(2), 442-451 doi: 10.1016/j.cell.2013.06.044
  119. ↑ Brock T., Browse J., Watts J. Genetisk reglering av omättade fettsyror i C. elegans  //  PLoS Genet : journal. - 2006. - Vol. 2 , nr. 7 . — P.e108 . - doi : 10.1371/journal.pgen.0020108 . — PMID 16839188 . Arkiverad från originalet den 22 februari 2008.
  120. ↑ Kamath R., Ahringer J. Genomomfattande RNAi-screening i Caenorhabditis elegans  (neopr.)  // Metoder. - 2003. - T. 30 , nr 4 . - S. 313-321 . - doi : 10.1016/S1046-2023(03)00050-1 . — PMID 12828945 .
  121. ↑ Boutros M., Kiger A., ​​​​Armknecht S., Kerr K., Hild M., Koch B., Haas S., Paro R., Perrimon N. Genomomfattande RNAi-analys av tillväxt och livsduglighet i Drosophila-celler  .)  // Vetenskap: tidskrift. - 2004. - Vol. 303 , nr. 5659 . - s. 832-835 . - doi : 10.1126/science.1091266 . — PMID 14764878 .
  122. ↑ Fortunato A., Fraser A. Upptäck genetiska interaktioner i Caenorhabditis elegans genom RNA-interferens  //  Biosci Rep: journal. - 2005. - Vol. 25 , nr. 5-6 . - s. 299-307 . - doi : 10.1007/s10540-005-2892-7 . — PMID 16307378 .
  123. ↑ Cullen L., Arndt G. Genomomfattande screening för genfunktion med användning av RNAi i däggdjursceller  //  Immunol Cell Biol : journal. - 2005. - Vol. 83 , nr. 3 . - S. 217-223 . - doi : 10.1111/j.1440-1711.2005.01332.x . — PMID 15877598 .
  124. ↑ Huesken D., Lange J., Mickanin C., Weiler J., Asselbergs F., Warner J., Meloon B., Engel S., Rosenberg A., Cohen D., Labow M., Reinhardt M., Natt F., Hall J. Design av ett genomomfattande siRNA-bibliotek med hjälp av ett artificiellt neuralt nätverk  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Vol. 23 , nr. 8 . - P. 995-1001 . - doi : 10.1038/nbt1118 . — PMID 16025102 .
  125. ↑ Ge G., Wong G., Luo B. Förutsägelse av siRNA knockdown-effektivitet med hjälp av artificiella neurala nätverksmodeller  // Biochem  Biophys Res Commun : journal. - 2005. - Vol. 336 , nr. 2 . - s. 723-728 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2005.08.147 . — PMID 16153609 .
  126. ↑ Janitz M., Vanhecke D., Lehrach H. High-throughput RNA-interferens i funktionell genomik  //  Handb Exp Pharmacol: journal. - 2006. - Vol. 173 . - S. 97-104 . - doi : 10.1007/3-540-27262-3_5 . — PMID 16594612 .
  127. ↑ Vanhecke D., Janitz M. Functional genomics using high-throughput RNA interference  // Drug Discov  Today : journal. - 2005. - Vol. 10 , nej. 3 . - S. 205-212 . - doi : 10.1016/S1359-6446(04)03352-5 . — PMID 15708535 .
  128. ↑ Geldhof P., Murray L., Couthier A., ​​​​Gilleard J., McLauchlan G., Knox D., Britton C. Testa effektiviteten av RNA-interferens i Haemonchus contortus  // International  Journal for Parasitology : journal. - Elsevier , 2006. - Vol. 36 , nr. 7 . - P. 801-810 . - doi : 10.1016/j.ijpara.2005.12.004 . — PMID 16469321 .
  129. ↑ Geldhof P., Visser A., ​​​​Clark D., Saunders G., Britton C., Gilleard J., Berriman M., Knox D. RNA-interferens i parasitiska helminter: nuvarande situation , potentiella fallgropar och framtidsutsikter   // Parasitologi: tidskrift. - 2007. - Vol. 134 . - S. 1-11 . - doi : 10.1017/S0031182006002071 . — PMID 17201997 .
  130. ↑ Travella S., Klimm T., Keller B. RNA-interferensbaserad gentystnad som ett effektivt verktyg för funktionell genomik i hexaploid brödvete  // Plant Physiology  : journal  . - American Society of Plant Biologists , 2006. - Vol. 142 , nr. 1 . - S. 6-20 . - doi : 10.1104/pp.106.084517 . — PMID 16861570 .
  131. ↑ McGinnis K., Chandler V., Cone K., Kaeppler H., Kaeppler S., Kerschen A., Pikaard C., Richards E., Sidorenko L., Smith T., Springer N., Wulan T. Transgene- inducerad RNA-interferens som ett verktyg för växtfunktionell genomik  // Methods Enzymol  :  journal. - 2005. - Vol. 392 . - S. 1-24 . - doi : 10.1016/S0076-6879(04)92001-0 . — PMID 15644172 .
  132. ↑ Paddison P., Caudy A., Hannon G. Stabilt undertryckande av genuttryck av RNAi i däggdjursceller  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Vol. 99 , nr. 3 . - P. 1443-1448 . - doi : 10.1073/pnas.032652399 . — PMID 11818553 .
  133. ↑ Sah D. Terapeutisk potential för RNA-interferens för neurologiska störningar  // Life  Sci : journal. - 2006. - Vol. 79 , nr. 19 . - P. 1773-1780 . - doi : 10.1016/j.lfs.2006.06.011 . — PMID 16815477 .
  134. ↑ Zender L., Hutker S., Liedtke C., Tillmann H., Zender S., Mundt B., Waltemathe M., Gosling T., Flemming P., Malek N., Trautwein C., Manns M., Kuhnel F., Kubicka S. Caspase 8 small interfering RNA förhindrar akut leversvikt hos möss  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2003. - Vol. 100 , nej. 13 . - P. 7797-7802 . - doi : 10.1073/pnas.1330920100 . — PMID 12810955 .
  135. ↑ Jiang M., Milner J. Selektiv tystnad av viralt genuttryck i HPV-positiva humana livmoderhalscancerceller behandlade med siRNA, en primer för RNA-  interferens //  Onkogen : journal. - 2002. - Vol. 21 , nr. 39 . - P. 6041-6048 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205878 . — PMID 12203116 .
  136. ↑ Crowe S. Undertryckande av kemokinreceptoruttryck genom RNA-interferens möjliggör hämning av HIV-1-replikation, av Martínez et al  //  AIDS: journal. - 2003. - Vol. 17 Smidig 4 . - P.S103-5 . — PMID 15080188 .
  137. ↑ Kusov Y., Kanda T., Palmenberg A., Sgro J., Gauss-Müller V. Tysta hepatit A-virusinfektion genom små störande RNA  // J  Virol : journal. - 2006. - Vol. 80 , nej. 11 . - P. 5599-5610 . - doi : 10.1128/JVI.01773-05 . — PMID 16699041 .
  138. ↑ Jia F., Zhang Y., Liu C. Ett retrovirusbaserat system för att stabilt tysta hepatit B-virusgener genom RNA-interferens  // Biotechnol  Lett : journal. - 2006. - Vol. 28 , nr. 20 . - P. 1679-1685 . - doi : 10.1007/s10529-006-9138-z . — PMID 16900331 .
  139. ↑ Li Y., Kong L., Cheng B., Li K. Konstruktion av influensavirus siRNA-expressionsvektorer och deras hämmande effekter på multiplikation av influensavirus  //  Avian Dis : journal. - 2005. - Vol. 49 , nr. 4 . - s. 562-573 . - doi : 10.1637/7365-041205R2.1 . — PMID 16405000 .
  140. ↑ Hu L., Wang Z., Hu C., Liu X., Yao L., Li W., Qi Y. Inhibition of Measles virus multiplification in cell culture by RNA interference  //  Acta Virol : journal. - 2005. - Vol. 49 , nr. 4 . - S. 227-234 . — PMID 16402679 .
  141. ↑ Raoul C., Barker S., Aebischer P. Viralbaserad modellering och korrigering av neurodegenerativa sjukdomar genom RNA-interferens  //  Gene Ther: journal. - 2006. - Vol. 13 , nr. 6 . - s. 487-495 . - doi : 10.1038/sj.gt.3302690 . — PMID 16319945 .
  142. ↑ Putral L., Gu W., McMillan N. RNA-interferens för behandling av cancer  (neopr.)  // Drug News Perspect. - 2006. - T. 19 , nr 6 . - S. 317-324 . - doi : 10.1358/dnp.2006.19.6.985937 . — PMID 16971967 .
  143. ↑ Izquierdo M. Short interfering RNAs as a tool for cancer gentherapy  //  Cancer Gene Ther: journal. - 2005. - Vol. 12 , nr. 3 . - S. 217-227 . - doi : 10.1038/sj.cgt.7700791 . — PMID 15550938 .
  144. ↑ Li C., Parker A., ​​​​Menocal E., Xiang S., Borodyansky L., Fruehauf J.  Leverans av RNA-interferens  // Cellcykel : journal. - 2006. - Vol. 5 , nej. 18 . - P. 2103-2109 . — PMID 16940756 .
  145. ↑ Takeshita F., Ochiya T. Therapeutic potential of RNA interference against cancer  //  Cancer Sci : journal. - 2006. - Vol. 97 , nr. 8 . - s. 689-696 . - doi : 10.1111/j.1349-7006.2006.00234.x . — PMID 16863503 .
  146. ↑ Tong A., Zhang Y., Nemunaitis J. Litet störande RNA för experimentell cancerterapi  (engelska)  // Current Opinion in Molecular Therapeutics  : journal. - 2005. - Vol. 7 , nr. 2 . - S. 114-124 . — PMID 15844618 .
  147. ↑ Grimm D., Streetz K., Jopling C., Storm T., Pandey K., Davis C., Marion P., Salazar F., Kay M. Dödlighet hos möss på grund av övermättnad av cellulärt mikroRNA/kort hårnåls-RNA-vägar  (engelska)  // Nature  : journal. - 2006. - Vol. 441 , nr. 7092 . - s. 537-541 . - doi : 10.1038/nature04791 . — PMID 16724069 .
  148. ↑ Så C. Wong, Jason J. Klein, Holly L. Hamilton et al. och David L. Lewis (2012) Saminjektion av en riktad, reversibelt maskerad endosomolytisk polymer förbättrar dramatiskt effektiviteten av kolesterolkonjugerade små störande RNA in vivo. Nucleic Acid Therapeutics., 22(6): 380-390. doi:10.1089/nat.2012.0389
  149. ↑ Berkhout, B; ter Brake, O. RNAi Genterapi för att kontrollera HIV-1-infektion // RNA-interferens och virus : Aktuella innovationer och framtida trender  . – Caister Academic Press, 2010. - ISBN 978-1-904455-56-1 .
  150. ↑ Sunilkumar G., Campbell L., Puckhaber L., Stipanovic R., Rathore K. Konstruera bomullsfrö för användning i human nutrition genom vävnadsspecifik reduktion av giftigt gossypol   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Vol. 103 , nr. 48 . - P. 18054-18059 . - doi : 10.1073/pnas.0605389103 . — PMID 17110445 .
  151. ↑ Siritunga D., Sayre R. Generering av cyanogenfri transgen kassava  (neopr.)  // Planta. - 2003. - T. 217 , nr 3 . - S. 367-373 . - doi : 10.1007/s00425-003-1005-8 . — PMID 14520563 .
  152. ↑ Le L., Lorenz Y., Scheurer S., Fötisch K., Enrique E., Bartra J., Biemelt S., Vieths S., Sonnewald U. Design av tomatfrukter med reducerad allergenicitet genom dsRNAi-medierad hämning av ns -LTP (Lyc e 3) uttryck  (engelska)  // Plant Biotechnol J : journal. - 2006. - Vol. 4 , nr. 2 . - S. 231-242 . - doi : 10.1111/j.1467-7652.2005.00175.x . — PMID 17177799 .
  153. ↑ Gavilano L., Coleman N., Burnley L., Bowman M., Kalengamaliro N., Hayes A., Bush L., Siminszky B. Genteknik av Nicotiana tabacum för minskat nornikotininnehåll  // J Agric  Food : journal. - 2006. - Vol. 54 , nr. 24 . - P. 9071-9078 . - doi : 10.1021/jf0610458 . — PMID 17117792 .
  154. ↑ Allen R., Millgate A., Chitty J., Thisleton J., Miller J., Fist A., Gerlach W., Larkin P. RNAi-medierad ersättning av morfin med den icke- narkotiska alkaloiden retikulin i opiumvallmo   // Nature Biotechnology  : journal. - Nature Publishing Group , 2004. - Vol. 22 , nr. 12 . - P. 1559-1566 . - doi : 10.1038/nbt1033 . — PMID 15543134 .
  155. ↑ Zadeh A., Foster G. Transgen resistens mot tobaksringfläcksvirus  (neopr.)  // Acta Virol. - 2004. - T. 48 , nr 3 . - S. 145-152 . — PMID 15595207 .
  156. ↑ Niggeweg R., Michael A., Martin C. Ingenjörsanläggningar med ökade halter av antioxidanten klorogensyror  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2004. - Vol. 22 , nr. 6 . - s. 746-754 . - doi : 10.1038/nbt966 . — PMID 15107863 .
  157. ↑ Sanders R., Hiatt W. Tomattransgenstruktur och tystnad  // Nature Biotechnology  : journal  . - Nature Publishing Group , 2005. - Vol. 23 , nr. 3 . - S. 287-289 . - doi : 10.1038/nbt0305-287b . — PMID 15765076 .
  158. ↑ Chiang C., Wang J., Jan F., Yeh S., Gonsalves D. Jämförande reaktioner av rekombinanta papaya-ringfläcksvirus med gener för chimärt höljeprotein (CP) och vildtypsvirus på CP-transgen   papaya / Journal of General Virologi : journal. — Mikrobiologiska sällskapet, 2001. - Vol. 82 , nr. Pt 11 . - P. 2827-2836 . — PMID 11602796 .
  159. ↑ Abdurakhmonov IY, Buriev ZT, Saha S, Jenkins JN, Abdukarimov A, Pepper AE. 2014. Bomull PHYA1 RNAi förbättrar bomullens stora fiberkvalitet och agronomiska egenskaper (Gossypium hirsutum L). Nature Communications 4:3062; DOI:10. 1038/ncomms4062

Litteratur

Länkar

  Gå till Wikidata-objektet  Ordböcker och uppslagsverk
I bibliografiska kataloger