Shine-Dalgarno-sekvens

Shine-Dalgarno-sekvensen ( Eng.  Shine-Dalgarno-sekvens, Shine-Dalgarno-box ) är ett ribosombindningsställe på en prokaryot mRNA - molekyl , vanligtvis på ett avstånd av cirka 10 nukleotider till startkodonet . [1] Beskrivs av de australiska forskarna John Shine och Lynn Dalgarno . [2] AUG

Konsensus är en sekvens av sex nukleotider AGGAGG; i fallet med E. coli är Shine-Dalgarno-sekvensen AGGAGGU. Den komplementära sekvensen CCUCCU, som kallas anti-Shine-Dalgarno-sekvensen, är belägen i 3'-änden av 16S ribosomala RNA- molekylen . Den komplementära interaktionen mellan Shine-Dalgarno- och anti-Shine-Dalgarno-sekvenserna tjänar till att placera mRNA- startkodonet vid P-stället i ribosomen för att initiera proteinbiosyntes. [3]

Mutationer i Shine-Dalgarno-sekvensen minskar translationens effektivitet . Detta beror på en minskning av effektiviteten av bildningen av mRNA- 30S -ribosomala subenhetskomplex. Komplementära mutationer i anti-Shine-Dalgarno-sekvensen visade sig återställa translationseffektiviteten.

I ögonblicket för bildandet av Shine-Dalgarno- och anti-Shine-Dalgarno-sekvenskomplexet binder translationsinitieringsfaktorerna IF2-GTP, IF1, IF3, såväl som initiatorn formylmetionyl - tRNA ( fMet-tRNA ) till 30S-ribosomalen underenhet. Den 50S-ribosomala subenheten ansluter sig sedan till det bildade pre-initieringskomplexet. [fyra]

Protein S1 från ribosomer av gramnegativa bakterier

I gramnegativa bakterier krävs inte närvaron av en Shine-Dalgarno-sekvens för startkodonigenkänning . Till exempel har det visats att deletion av Shine-Dalgarno-sekvensen från 16S rRNA inte leder till initiering av translation på fel platser. Dessutom innehåller vissa prokaryota mRNA inte Shine-Dalgarno-sekvensen alls. Tydligen binder det ribosomala S1-proteinet till AUβ-rika sekvenser som är 15-30 nukleotider bort från startkodonet.

Se även

Anteckningar

  1. ↑ Kapp LD, Lorsch JR Den molekylära mekaniken för eukaryot translation // Annual Review of Biochemistry 73/2004, 657-704
  2. ↑ Shine J., Dalgarno L. Determinant för cistronspecificitet i bakteriella ribosomer // Nature. - 1975. - Vol. 254, nr 5495 . — S. 34–8. - doi : 10.1038/254034a0 . — PMID 803646 .
  3. ↑ Noller HF Strukturen av den bakteriella ribosomen och vissa implikationer för translationell reglering // Translational Control in Biology and Medicine / Redigerat av N. Sonenberg, JWB Hershey och MB Mathews. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 2007. S. 41-58
  4. ↑ Benelli D., Londei P. Börja i början: evolution of translational initiation // Research in Microbiology 160, 2009, 493-501

Litteratur

Länkar