Affinitet

Affinitet  är förmågan hos ett objekt (kropp) att kommunicera med ett annat objekt och därmed bilda ett nytt komplext objekt. Begreppet affinitet tillämpas både på fysiska föremål ( elementarpartiklar , atomer  - till exempel elektronaffinitet ) och på komplexa molekyler (i kemi ), inklusive proteiner (i biokemi ). Koefficienten som kännetecknar affinitetsstyrkan är den bindningsenergi som frigörs eller förbrukas när en bindning av objekt (nedan kallade molekyler) uppstår, mätt i kilojoule (kJ) eller elektronvolt (eV) .

Termen " affinitet " eller "affinitet" är faktiskt en synonym för begreppet "affinitet", men i det ryska vetenskapliga språket används detta ord mer inom immunologi (interaktion mellan antigen och antikropp ). Inom oorganisk kemi har termen " elektronegativitet " en liknande betydelse , som kännetecknar enstaka atomers affinitet för varandra.

Inom biokemi kännetecknas en ligands affinitet för en receptor av den så kallade Ki - koefficienten ( förkortad från en dissociationskonstant som används vid receptorbindning och enzymhämning - dissociationskonstant i förhållande till bindning till receptorer ( receptorbindning ) , som såväl som enzymhämning ). K i kan beräknas [1] med följande formel. Om EC 50  är hälften av den maximala effektiva koncentrationen av liganden, vilket kännetecknar styrkan av ligandverkan på receptorn, är [ligand] koncentrationen av liganden i lösning, Kd  är dissociationskonstanten för ligand-receptorbindningen .

Således är Ki koncentrationen  av en konkurrerande ligand om den är kopplad till hälften av de tillgängliga receptorerna i systemets jämviktstillstånd. Ju lägre Ki , desto  större affinitet för receptorn för denna ligand. [ett]

Det finns flera offentliga databaser ( Ki Database ) med Ki - koefficienter , såsom BindingDB.org eller PDSP Ki Database .

Observera att Ki karakteriserar styrkan av interaktionen (inklusive den tid under vilken receptorn är upptagen av liganden), men inte karakteriserar modaliteten (polariteten) hos denna kraft (hämning eller aktivering av receptorn).

Det finns simulatorer som används inom farmakologisk forskning , med vilka du kan beräkna kopplingskoefficienterna för givna ligander till givna receptorproteiner ( se Molekylär modellering ).

Länkar

• Kemisk affinitet // Encyclopedic Dictionary of Brockhaus and Efron  : i 86 volymer (82 volymer och 4 ytterligare). - St Petersburg. 1890-1907.
• Datormodellering av strukturen hos amylolytiska enzymer
• Bakgrund om proteiner, små molekyler och bindning

Anteckningar

1. ↑ 1 2 bindande data med en klass av receptorer  (otillgänglig länk)