Confounding är en faktor som hotar den interna validiteten , bestående av att den beroende variabeln vanligtvis påverkas av olika irrelevanta stimuli , från vilka det är i grunden omöjligt att bli av med. Forskarens uppgift är att bestämma graden av påverkan av dessa stimuli på den beroende variabeln för att vara säker på effekten på den av en förändring av den oberoende variabeln som är av intresse för försöksledaren .
När man studerar påverkan av olika delar av hjärnan på djurens beteende kan själva det faktum att man genomgår en operation för att ta bort motsvarande del ändra beteendet hos försöksdjuret (till exempel Gaffan-experimentet ).