Pacmanvirus A23

Pacmanvirus A23
vetenskaplig klassificering
Grupp:Virus [2]Rike:incertae sedis [1]Se:Pacmanvirus A23
Internationellt vetenskapligt namn
Pacmanvirus A23
Baltimore-gruppen
I: dsDNA-virus

Pacmanvirus A23  (lat.) , även känt som Pacmanvirus , är ett jättevirus som morfologiskt och genetiskt är nära två andra jättevirus , Faustovirus och Kaumoebavirus , samt virus från familjen Asfarviridae . Dessa virus fick sitt namn från formen på kapsiden som observerades när de färgades negativt i ett elektronmikroskop : det ser ut som huvudpersonen i Pac-Man- videospelet med samma namn [3] .

Viruset upptäcktes 2017 när amöbor Acanthamoeba castellanii samodlades med olika miljöprov tagna från Algeriet [4] .

Från och med juli 2021 är Pacmanvirus A23 inte registrerat i databasen International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) [5] .

Beskrivning

Pacmanviruskapsiden har en ikosaedrisk men något oregelbunden form (som den har sitt namn på) och når cirka 175 nm i storlek, med virusets inre membran som upprepar kapsidens geometri. Pacmanvirusgenomet representeras av en dubbelsträngad DNA- molekyl bestående av 395405 baspar (bp). Genomets GC-sammansättning når cirka 33,6 %, vilket är lägre än för relaterade virus. Mest troligt är genomiskt DNA inte cirkulärt, utan linjärt. Pacmanvirusgenomet saknar helt stora upprepningar eller inverterade regioner. En tRNA -gen , isoleucin -tRNA -genen , hittades i genomet , även om relaterade virus inte innehåller tRNA-gener. Enligt bioinformatikanalys innehåller Pacmanvirus- genomet 465 förutsagda gener. 135 av dem är relaterade till generna från andra virus, 45 - till generna från eukaryoter , 41 - till generna från prokaryoter (38 gener av bakterier och 3 gener av arkaea ). Enligt analys av genrepertoaren är den närmaste släktingen till Pacmanvirus jätteviruset Faustovirus : de delar på 84 gener. Pacmanvirus har 9 gener relaterade till Kaumoebavirus , 11 gener till jättevirus av släktet Marseillevirus , 9 gener till mimivirus , och endast 2 gener till virus från Asfarviridae- familjen . 3 gener liknar de hos Acanthamoeba castellanii och 4 liknar de hos slemmögeln Dictyostelium . 244 gener har inga kända homologer , och endast 155 gener har en funktionell anteckning [4] .

Livscykel

Jämfört med Mimivirus replikerar Pacmanvirus extremt snabbt i cellerna hos amöban Acanthamoeba castellanii . De första skadade cellerna börjar dyka upp 6 timmar efter infektion, och efter ytterligare två timmar sker fullständig lysis av amöbaceller. Redan 15 minuter efter kontakten av viruset och amöban detekteras virala partiklar i fagocytiska vakuoler och sedan i cellens cytoplasma , och kapsidens öppning observeras inte. Mest troligt, i cytoplasman, interagerar virus med mitokondrier , men membranfusion inträffar inte. Det var inte möjligt att observera frisättningen av DNA från kapsiderna, även om tomma kapsider detekterades i cytoplasman. 3 timmar efter infektion uppstår välformade virusfabriker i amöbaceller , men nybildade virioner blir urskiljbara först 4 timmar efter infektion. Efter 6 timmar blir amöbacellen fylld med viruspartiklar, som ibland till och med bildar kluster av regelbunden geometrisk form i hela cellen eller några av dess delar i periferin av virusfabriken. Slutligen, 8 timmar efter virusets penetration in i cellen, lyseras den senare [4] .

Fylogeni och relationer

Enligt det fylogenetiska trädet byggt på grundval av DNA-polymeras B - familjens gensekvens bildar , Kaumoebavirus , Faustovirus och Asfarviridae en monofyletisk kladd . Tydligen hade dessa virus en gemensam förfader . Faustovirus-kapsidarkitekturen är närmast Pacmanvirus [4] .

Anteckningar

  1. ↑ Taxonet erkänns inte av International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).
  2. ↑ Taxonomy of Viruses  på webbplatsen för International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) .
  3. ↑ Colson Philippe , La Scola Bernard , Raoult Didier. Giant Viruses of Amoebae: A Journey Through Innovative Research and Paradigm Changes  (engelska)  // Annual Review of Virology. - 2017. - 29 september ( vol. 4 , nr 1 ). - S. 61-85 . — ISSN 2327-056X . - doi : 10.1146/annurev-virology-101416-041816 .
  4. ↑ 1 2 3 4 Andreani J. , Khalil JYB , Sevvana M. , Benamar S. , Di Pinto F. , Bitam I. , Colson P. , Klose T. , Rossmann MG , Raoult D. , La Scola B. Pacmanvirus, ett nytt gigantiskt Icosahedral-virus vid korsningen mellan Asfarviridae och Faustovirus.  (engelska)  // Journal Of Virology. - 2017. - 15 juli ( vol. 91 , nr 14 ). - doi : 10.1128/JVI.00212-17 . — PMID 28446673 .
  5. ↑ Sök Pacmanvirus i ICTV-databas (nedlänk) . Hämtad 1 augusti 2021. Arkiverad från originalet 4 oktober 2013. 

Länkar