Metaboliskt nätverk

Det metaboliska nätverket  är en uppsättning metaboliska och fysiska processer som bestämmer de fysiologiska och biokemiska egenskaperna hos en cell . Som sådana inkluderar dessa nätverk de kemiska reaktionerna av metabolism , de metaboliska vägarna , såväl som de regulatoriska interaktionerna som styr dessa reaktioner.

Tack vare sekvensering av hela genomet är det nu möjligt att rekonstruera nätet av biokemiska reaktioner i många organismer, från bakterier till människor. Några av dessa nätverk är tillgängliga online: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) [1] , EcoCyc [2] , BioCyc [3] och metaTIGER [4] . Metaboliska nätverk är kraftfulla verktyg för att studera och modellera metabolism.

Användning

Metaboliska nätverk kan användas för att identifiera komorbiditetsmönster hos sjuka patienter [5] . Vissa sjukdomar, som fetma och diabetes, kan finnas hos samma person samtidigt, ibland är en sjukdom en betydande riskfaktor för en annan sjukdom [6] . Själva sjukdomsfenotyperna är vanligtvis resultatet av en cells oförmåga att bryta ner eller producera det nödvändiga substratet. En enzymdefekt i en reaktion kan emellertid påverka flödena av andra efterföljande reaktioner. Dessa kaskadeffekter är associerade med metabola sjukdomar associerade med efterföljande reaktioner som leder till komorbida effekter. Således kan metaboliska sjukdomsnätverk användas för att avgöra om två störningar är relaterade på grund av deras korrelerade svar [5] .

Se även

Referenser

  1. GenomeNet . www.genome.ad.jp . Hämtad 1 april 2020. Arkiverad från originalet 24 februari 2009.
  2. EcoCyc: Encyclopedia of E. coli-gener och metaboliska vägar . www.ecocyc.org .
  3. BioCyc Pathway/Genome Database Collection . biocyc.org .
  4. metaTIGER-Home . www.bioinformatics.leeds.ac.uk . Hämtad 9 juni 2010. Arkiverad från originalet 4 mars 2012.
  5. 1 2 Lee, D.-S. (2008). "Konsekvenserna av mänsklig metabolisk nätverkstopologi för sjukdomskomorbiditet." Proceedings of the National Academy of Sciences . 105 (29): 9880-9885. DOI : 10.1073/pnas.0802208105 . PMID  18599447 .
  6. Ross, R. (2000). "Minskning av fetma och relaterade komorbida tillstånd efter diet-inducerad viktminskning eller träningsinducerad viktminskning hos män. En randomiserad, kontrollerad studie” . Annals of Internal Medicine . 133 (2): 92-103. DOI : 10.7326/0003-4819-133-2-200007180-00008 . PMID  10896648 .