Nicking enzymmedierad amplifiering

Nicking enzymamplifieringsreaktion ( NEAR ) är en in vitro DNA-amplifieringsmetod som liknar polymeraskedjereaktion ( PCR ) .  DNA-replikation sker vid en konstant temperatur med användning av ett polymeras (och ett nicking -enzym ) för att exponentiellt amplifiera DNA:t över ett temperaturområde på 55 °C till 59 °C.

Potentiella fördelar med NEAR framför PCR är ökad hastighet och lägre energikostnader, egenskaper som delas med andra isotermiska amplifieringssystem [2] . Den största nackdelen med NEAR jämfört med PCR är bildandet av icke-specifika amplifieringsprodukter, vilket är ett vanligt problem för isotermiska amplifieringsreaktioner [3] .

NEAR-reaktionen använder naturligt förekommande endonukleaser eller konstruerade endonukleaser som introducerar ett strängbrott på endast en sträng vid platsen för dubbelsträngad DNA-klyvning. Förmågan hos vissa av dessa enzymer att katalysera isotermisk DNA-amplifiering har avslöjats men inte hävdats i patent utfärdade för själva enzymerna [4] [5] .

Amplifiering medierad av ett nicking-enzym används för att skapa biosensorer [6] [7] .

Se även

Anteckningar

  1. ↑ Tyumentsev A.I., Tyumentseva M.A., Akimkin V.G. CRISPR-Cas-system för detektion av John Cunningham-virus (JCPyV) DNA vid ultralåga koncentrationer. Patent på en uppfinning . - M. : Federal Service for Intellectual Property, 2021. - 21 sid.
  2. ↑ Zanoli L., Spoto G. Isotermiska amplifieringsmetoder för detektion av nukleinsyror i mikrofluidiska enheter   // Biosensorer . - 2012. - Vol. 3 , iss. 1 . — S. 18–43 . — ISSN 2079-6374 . - doi : 10.3390/bios3010018 . Arkiverad från originalet den 12 februari 2022.
  3. ↑ Eric Tan, Barbara Erwin, Shale Dames, Tanya Ferguson, Megan Buechel. Specifik kontra ospecifik isotermisk DNA-amplifiering genom termofilt polymeras och Nicking-enzymaktiviteter   // Biokemi . - 2008. - Vol. 47 , iss. 38 . — S. 9987–9999 . — ISSN 1520-4995 0006-2960, 1520-4995 . doi : 10.1021 / bi800746p . Arkiverad från originalet den 12 februari 2022.
  4. ↑ US-patent 6,191,267. 20 februari 2001.
  5. ↑ US-patent 6,660,475. 9 december 2003
  6. ↑ Jingguo Xu, Jia Guo, Sarah Wanjiku Maina, Yumeng Yang, Yimin Hu. En aptasensor för Staphylococcus aureus baserad på nicking-enzymförstärkningsreaktion och rullande cirkelförstärkning  //  Analytical Biochemistry. - 2018. - Vol. 549 . — S. 136–142 . - doi : 10.1016/j.ab.2018.03.013 .
  7. ↑ Ruo-Nan Zhao, Li-Ping Jia, Zhe Feng, Rong-Na Ma, Wei Zhang. Ultrakänslig elektrokemiluminescens-aptasensor för 8-hydroxi-2'-deoxyguanosin-detektion baserad på målinducerad multi-DNA-frisättning och nicking- enzymförstärkningsstrategi  //  Biosensors and Bioelectronics. - 2019. - Vol. 144 . — S. 111669 . - doi : 10.1016/j.bios.2019.111669 .