| FastPCR | |
|---|---|
| Sorts | bioinformatik |
| Författare | Ruslan Nikolaevich kalender |
| Utvecklaren | PrimerDigital Ltd. |
| Operativ system | Windows, Linux ( vin ) |
| Hårdvaruplattform | PC |
| senaste versionen | 6,8 (2022) |
| Läsbara filformat | textfil [1] , Rich Text Format [1] och FASTA (format) [1] |
| Licens | shareware |
| Hemsida | primerdigital.com/fastpc... |
FastPCR är en universell mjukvarumiljö för val av PCR -primers och prober , för in silico PCR , oligonukleotidanalys, DNA-sekvensanpassning, sökning efter upprepade DNA-sekvenser och andra bioinformatiska uppgifter .
FastPCR är en integrerad miljö som tillhandahåller omfattande verktyg för val av alla PCR - primrar : både för standard PCR, för långa PCR-fragment ( eng. Long-range PCR ), för simultan och multilocus ( Multiplex PCR ) , omvänd PCR ( Invers PCR ( eng.) ) för cirkulära molekyler, kvantitativ realtids-PCR , Xtreme Chain Reaction (XCR), gruppspecifik PCR för relaterade sekvenser ( eng. Gruppspecifik PCR) (allmänna primrar för alla studerade sekvenser), unik PCR ( eng. Unik PCR) (där uppgiften är att amplifiera endast en specifik sekvens bland relaterade sekvenser); urval av primers för överlappande PCR ( Overlapp extension polymerase chain reaction (eng.) ) för att kombinera flera PCR-produkter till en gemensam PCR-produkt.
Programmet detekterar automatiskt mikrosatellitloki (SSR) och väljer primrar för denna region. Primerval är också möjligt för aminosyrasekvensen. Ett verktyg ( polymeraskedjeassociation ) används för att sätta ihop långa DNA-fragment från korta oligonukleotider .
Programvaran använder både standard och degenererade primersekvenser, inklusive för att beräkna primersmälttemperaturer baserat på närmaste intilliggande termodynamiska parametrar.
PCR in silico låter dig söka efter komplementära sekvenser till primrar eller prober på en genomsekvens eller på kromosomer och förutsäga troliga PCR-produkter, samt söka efter icke-specifika primer- eller sondbindningsställen. Virtuell PCR är användbar för att beräkna bindningstemperaturen för en sond eller primer till ett mål-DNA, såväl som för att beräkna hybridiseringstemperaturen i PCR.
Långa oligonukleotider kan väljas för mikroarray och andra liknande molekylära analyser i kvantitativ PCR.
PCR-primrar analyseras med avseende på närvaron av sekundära strukturer, inklusive Hoogsteen G-quadruplex- strukturer , loopar, intramolekylära och intermolekylära dimerer i primerparet.
FastPCR har förmågan att arbeta med långa sekvenser som kromosomer samt listor över enskilda nukleinsyror och proteinsekvenser. Programmet låter dig redigera sekvensen och analysera den.
Programmet upptäcker olika typer av upprepade sekvenser.
Programmet innehåller olika verktyg för bioinformatik för att analysera förändringen i nukleotidsekvensen såsom GC, AT, puriner och pyrimidiner, analysera sekvensens språkliga komplexitet; generering av en slumpmässig DNA-sekvens, sökning efter ett restriktionsställe för I-II-III-typer av restriktaser , såväl som efter sökning och artificiell generering av ett restriktionsställe i den kodande sekvensen.
Programmet stöder sekvensklustring och sekvenssökning.