Typ III sekretionssystem

Typ III-sekretionssystem ( eng.  Type three secretion system , förkortning T3SS ), även typ III-sekretoriskt system eller injektosom (den så kallade molekylära sprutan ) - en av flera typer av bakteriella sekretionssystem , är ett proteinkomplex (ibland betraktad som som en organell ), som förekommer i vissa gramnegativa bakterier [1] .

Hos patogena bakterier används den nålliknande strukturen som en sensorisk sond för att upptäcka närvaron av celler från eukaryota organismer och frigöra proteiner som hjälper bakterierna att infektera dem. De utsöndrade effektorproteinerna går direkt från bakteriecellen till den eukaryota cellen (värdcellen) [2] , där de har ett antal effekter som hjälper patogenen att överleva och undvika ett immunsvar .

Översikt

Termen typ III sekretionssystem introducerades 1993 [3] . Detta sekretionssystem skiljer sig från minst fem andra sekretionssystem som finns i gramnegativa bakterier. Många bakterier associerade med djur och växter har liknande T3SS. T3SSs data är liknande som ett resultat av divergerande evolution, och fylogenetiska analyser stödjer en modell där gramnegativa bakterier kan överföra den mobila T3SS-genkassetten horisontellt till andra arter. De mest studerade T3SS-arterna är de av Shigella (orsakar bacillär dysenteri ), Salmonella ( tyfoidfeber ), Escherichia coli ( tarmmikroflora , vissa stammar orsakar matförgiftning ), Vibrio ( gastroenterit och diarré ), Burkholderia ( safter ), Yersinia ( pest ) , Chlamydia ( chlamydia , STDs ), Pseudomonas (påverkar människor, djur och växter) och växtpatogenerna Erwinia , Ralstonia och Xanthomonas , samt växtsymbionten Rhizobium .

T3SS består av cirka 30 olika proteiner, vilket gör det till ett av de mest komplexa sekretionssystemen. Dess struktur liknar bakteriella flageller (långa, stela, extracellulära strukturer som används för motilitet). Några av proteinerna som är involverade i T3SS delar aminosyrasekvenshomologi med flagellära proteiner. Vissa bakterier som har T3SS har också flageller och är rörliga (som Salmonella ), medan vissa inte har det (som Shigella ). Tekniskt sett används typ III-sekretionssystemet för att rensa både infektionsassocierade proteiner och flagellära komponenter. Termen "utsöndringssystem av typ III" används dock främst i förhållande till den infektionsapparat. Den bakteriella flagellen delar en gemensam förfader med detta sekretoriska system [4] [5] .

T3SS är avgörande för patogeniciteten (förmågan att infektera) hos många patogena bakterier. Defekter i T3SS kan göra sådana bakterier icke-patogena. Det har föreslagits att vissa icke-invasiva stammar av gramnegativa bakterier förlorade T3SS eftersom ett sådant energiskt ofördelaktigt (dyrt) system inte användes [6] . Medan traditionella antibiotika har varit effektiva mot dessa bakterier tidigare, dyker det ständigt upp nya antibiotikaresistenta stammar. Att förstå hur T3SS fungerar och att utveckla läkemedel specifikt för detta system har varit ett viktigt mål för många forskargrupper runt om i världen sedan slutet av 1990-talet.

Struktur

Ett utmärkande drag för T3SS är den så kallade nålen [7] [8] (mer allmänt, Needle complex , förkortning NC ) eller T3SS- apparaten ( eng  . T3SS apparatus , förkortning T3SA ); även kallad en injektosom när ATPase är inaktivt ((av); se nedan. Bakterieproteiner som ska utsöndras passerar från den bakteriella cytoplasman genom nålen direkt in i värdcellens cytoplasma . Tre membran separerar de två cytoplasman: det dubbla membranet (inre och yttre membran) av Gram-negativa bakterier och eukaryota Nålen tillåter smidig passage genom dessa mycket selektiva och nästan ogenomträngliga membran. En bakterie kan ha flera hundra nålkomplex fördelade över sina membranytor. Det har föreslagits att nålkomplexet är en universell egenskap hos alla patogena T3SS-bakterier [ 9] .  

Början av nålkomplexet ligger i bakteriens cytoplasma, den korsar två membran och sticker ut från cellen. Ankaret av komplexet som ligger i membranet är basen (eller basalkroppen ) av T3SS. Den extracellulära delen är nålen. Den så kallade inre stången förbinder nålen med basen. Själva nålen, även om den är den största och mest synliga delen av T3SS, består av många enheter av ett enda protein. Därför är de flesta av de olika T3SS-proteinerna de som är en del av basen och de som utsöndras i värdcellen. Som nämnts ovan liknar nålkomplexet bakteriella flageller . Mer specifikt är basen av nålkomplexet strukturellt mycket lik flagellabaserna; Själva nålen är analog med flagellarkroken, strukturen som förbinder basen med flagellartråden [10] [11] .

Basen består av flera cirkulära ringar och är den första strukturen som byggs i det nya nålformade komplexet. När konstruktionen av basen är klar, fungerar den som en molekylär maskin för utsöndring av externa proteiner (d.v.s. en nål). Efter fullbordandet av hela komplexet går systemet över till att utsöndra proteiner som är avsedda för leverans till värdceller. Det antas att nålen är byggd nerifrån och upp; enheter av proteinmonomererna i nålhögen ovanpå varandra, så att enheten vid spetsen av nålen läggs sist. Nålsubenheten är ett av de minsta T3SS-proteinerna, som mäter cirka 9 kDa. Nålen består av 100-150 underenheter.

T3SS-nålen är ca 60–80 nm lång och 8 nm bred i den yttre delen. Nålen bör vara så kort som möjligt så att andra extracellulära bakteriestrukturer (t.ex. adhesiner och lipopolysackaridskikt ) inte stör sekretionen. Nålhålet har en diameter på 3 nm. De flesta av de vikta effektorproteinerna är för stora för att transporteras genom nålens öppning, så de flesta utsöndrade proteiner måste passera genom den ovikta nålen, en uppgift som utförs av ATPasen som ligger vid basen av strukturen [12] .

T3SS-proteiner

T3SS-proteiner kan grupperas i tre kategorier:

• Strukturella proteiner: reproducerar basen, den inre kärnan och nålen.
• Effektorproteiner: utsöndras in i värdcellen och främjar infektion/dämpar värdcellsförsvar.
• Chaperones : binder effektorer i den bakteriella cytoplasman, skyddar dem från aggregering och nedbrytning och leder dem vidare in i nålkomplexet.

De flesta T3SS-gener finns i operoner . Dessa operoner är lokaliserade på nukleoider i vissa bakteriearter och på isolerade plasmider i andra arter. Salmonella har till exempel en kromosomregion där de flesta T3SS-gener är samlade, den så kallade Salmonella pathogenicity island ( engelska  Salmonella pathogenicity island , förkortning SPI ). Shigella , å andra sidan, har en stor virulent plasmid som innehåller alla T3SS-gener. Många patogenicitetsöar och plasmider innehåller element som tillåter frekvent horisontell överföring av ö- eller plasmidgenen till en ny art.

Effektorproteinerna som ska utsöndras genom nålen måste kännas igen av systemet när de flyter i cytoplasman tillsammans med tusentals andra proteiner. Igenkänning utförs av en utsöndringssignal - en kort aminosyrasekvens belägen i början (N-terminalen) av proteinet (vanligtvis inkluderar den de första 20 aminosyrorna), som nålkomplexet kan känna igen. Till skillnad från andra utsöndringssystem spjälkas utsöndringssignalen från T3SS-proteiner aldrig från proteinet.

Sekretinduktion

Nålens kontakt med värdcellen utlöser T3SS-aktivering [13] ; lite är känt om denna triggermekanism (se nedan). Sekretion kan också induceras genom att minska koncentrationen av kalciumjoner i odlingsmediet (för Yersinia och Pseudomonas ; kelatormolekyler som EDTA eller EGTA tillsätts) och genom att tillsätta det aromatiska färgämnet Kongorött till odlingsmediet (till exempel för Shigella) ). Dessa och andra metoder används i laboratorier för att artificiellt stimulera typ III-sekretionssystemet.

Induktion av utsöndring av externa signaler andra än kontakt med värdceller sker också in vivo i infekterade organismer. Bakterier känner av signaler som temperatur , pH , osmolaritet och syrekoncentration och använder dessa för att "bestämma" om de ska aktivera sin T3SS eller inte. Till exempel kan salmonella vara bättre i stånd att föröka sig och komma in i ileum , snarare än djurets blindtarm . Bakterier kan veta var de är på grund av de olika joner som finns i dessa regioner; ileum innehåller formiat- och acetatanjoner, medan blindtarmen inte gör det. Bakterier känner av dessa molekyler, avgör att de finns i ileum och aktiverar deras utsöndringsmekanism. Molekyler som finns i blindtarmen, som propionat och butyrat, har en negativ effekt på bakterier och hämmar utsöndringen. Kolesterol , som finns i de flesta eukaryota cellmembran, kan inducera sekretion i Shigella.

De externa signalerna som listas ovan reglerar utsöndringen direkt eller genom en genetisk mekanism. Flera transkriptionsfaktorer är kända för att reglera uttrycket av T3SS-gener. Några av de chaperoner som binder T3SS-effektorer fungerar också som transkriptionsfaktorer. En återkopplingsmekanism har föreslagits: när en bakterie inte utsöndrar binder dess effektorproteiner till chaperoner och flyter i cytoplasman. När utsöndringen börjar separeras chaperonerna från effektorerna, och de senare utsöndras och lämnar cellen. De ensamma chaperonerna fungerar sedan som transkriptionsfaktorer genom att binda till generna som kodar för deras effektorer och inducera deras transkription och därmed producera fler effektorer.

Strukturer som liknar 3SS-typ injektosomer har föreslagits in vivo som nitar av bakteriella gramnegativa yttre och inre membran som hjälper till att frigöra yttre membranvesiklar som är inriktade på att leverera bakteriella sekret till eukaryota värdceller eller andra målceller [14] .

T3SS-medierad infektion

T3SS-effektorer går in i nålkomplexet vid basen och passerar genom nålen in i värdcellen. Det exakta sättet på vilket effektorer kommer in i värdcellen är dåligt förstått. Det har tidigare föreslagits att nålen i sig är kapabel att tränga igenom ett hål i värdcellmembranet; denna teori har avfärdats. Det är nu klart att vissa effektorer, så kallade translokatorer , utsöndras först och producerar en por eller kanal ( translocon ) i värdcellens membran genom vilken andra effektorer kan komma in. Muterade bakterier som saknar translokatorer kan utsöndra proteiner men kan inte leverera dem till värdceller. I allmänhet inkluderar varje T3SS tre translokatorer. Vissa translokatorer har en dubbel roll; efter att de deltar i bildandet av porer, flyttar de in i cellen och fungerar som verkliga effektorer.

T3SS-effektorer manipulerar värdceller på flera sätt. Den mest slående effekten är stimuleringen av värdcellens upptag av bakterien. Många T3SS-besittande bakterier måste komma in i värdceller för att replikera och föröka sig. Effektorerna som de introducerar i värdcellen får värden att uppsluka bakterien och praktiskt taget "äta" den. För att få detta att hända, manipulerar bakteriella effektorer värdcellens aktinpolymerisationsmekanism . Aktin är en komponent i cytoskelettet och är också involverat i cellmotilitet och formförändringar. Genom sina T3SS-effektorer kan bakterien använda värdcellens eget maskineri till sin egen fördel. När en bakterie väl har kommit in i en cell kan den lättare utsöndra andra effektorer och ta sig in i närliggande celler och därigenom snabbt infektera hela vävnaden.

T3SS-effektorer har också visat sig påverka värdcellcykeln och vissa av dem kan inducera apoptos . En av de mest studerade T3SS-effektorerna är IpaB från Shigella flexneri . Den har en dubbel roll, både som en translokator, som skapar porer i värdcellmembranet, och som en effektor, som utövar många negativa effekter på värdcellen. Det har visats att IpaB inducerar apoptos i makrofager , celler i djurets immunsystem, efter att ha tagits upp av dem [15] . Senare visades IpaB uppnå detta genom att interagera med kaspas 1 , ett viktigt regulatoriskt protein i eukaryota celler [16] .

En annan välkarakteriserad klass av T3SS-effektorer är transkriptionsaktivatorliknande aktivatorer (TAL-effektorer) i Xanthomonas . När de introduceras i växtceller kan dessa proteiner komma in i växtcellens kärna, binda promotorsekvenser och aktivera transkriptionen av växtgener som hjälper till med bakterieinfektion [17] . Det har nyligen visat sig att TAL-effektor-DNA-igenkänning inkluderar en enkel kod [18] [19] , vilket avsevärt har förbättrat förståelsen för hur dessa proteiner kan förändra gentranskriptionen i värdväxtceller.

Olösta problem

Sedan mitten av nittiotalet har hundratals artiklar publicerats om T3SS. Men många problem med systemet är fortfarande olösta:

• T3SS-proteiner. Av de cirka 30 T3SS-proteinerna har mindre än 10 i varje organism detekterats direkt med biokemiska metoder. Resten, kanske sällsynta, har visat sig vara svåra att upptäcka och förblir teoretiska (även om genetiska snarare än biokemiska studier har utförts på många T3SS-gener/proteiner). Lokaliseringen av varje protein är inte heller välkänd.
• Nållängd. Det är inte känt hur bakterien "vet" när en ny nål har nått rätt längd. Det finns flera teorier, inklusive förekomsten av ett "linjärt protein" som på något sätt förbinder spetsen och basen av nålen. Tillsatsen av nya monomerer till spetsen av nålen bör sträcka det linjära proteinet och därmed signalera nålens längd till basen.
• Processens energi. Kraften som styr passagen av proteiner inuti nålen är inte helt känd. ATPas associerat med basen av T3SS och involverat i riktningen av proteiner genom nålen; men om det levererar energi för translokation är inte klart.
• utsöndringssignal. Som nämnts ovan är förekomsten av en utsöndringssignal i effektorproteiner känd. Denna signal gör att systemet kan skilja proteiner som bärs av T3SS från vilket annat protein som helst. Dess natur, krav och igenkänningsmekanism är dåligt förstådda, men metoder har nyligen utvecklats för att förutsäga vilka bakterieproteiner som kan transporteras av typ III-sekretionssystemet [21] .
• sekretaktivering. Bakterien behöver veta när det är dags att släppa effektorer. Avfallsutsöndring när det inte finns någon värdcell i närheten är slöseri med energi och resurser för bakterien. Bakterien kan på något sätt känna igen nålens kontakt med värdcellen. Hur detta går till forskas fortfarande, och metoden kan mycket väl bero på patogenen. Vissa teorier postulerar en delikat konformationsförändring i nålens struktur vid kontakt med värdcellen; denna förändring tjänar förmodligen som en signal för basen att börja sekretion. En metod för igenkänning har hittats i Salmonella som bygger på att mäta värdcellens cytosoliska pH genom T3SS som kodas av patogenicitetsö 2 för att utlösa utsöndringen av effektorer [22] .
• Bindning av ledsagare. Det är inte känt när chaperoner binder sina effektorer (under eller efter translation) och hur de separeras från sina effektorer före utsöndring.
• effektormekanismer. Även om mycket information har upptäckts sedan början av 2000-talet om hur T3SS-effektorer manipulerar värdcellen, är de flesta av effekterna och vägarna okända.
• Evolution. Som redan nämnts är T3SS nära besläktat med bakterieflagellen [23] . Det finns tre konkurrerande hypoteser [24] : för det första att flagellen utvecklades först och T3SS härleddes från denna struktur, för det andra att T3SS utvecklades först och flagellumet härleddes från det, och för det tredje att de två strukturerna bildades från en gemensam förfader [25] . Det har förekommit en viss dispyt om de olika scenarierna [4] [24] eftersom de alla förklarar proteinhomologi mellan de två strukturerna såväl som deras funktionella mångfald. Men nya fylogenomiska bevis stöder hypotesen att T3SS härrör från flagellumet genom en process som involverar initial genförlust och sedan genförvärv [26] . Nyckelsteget i den senare processen var rekrytering av sekretiner till T3SS, en händelse som inträffade minst tre gånger från andra membranbundna system.

T3SS-proteinnomenklatur

Sedan början av 1990-talet har nya T3SS-proteiner hittats i olika bakteriearter i konstant hastighet. Förkortningar har getts oberoende för varje serie av proteiner i varje organism, och namnen avslöjar vanligtvis inte många av proteinets funktioner. Senare visades det att vissa proteiner som finns oberoende av varandra i olika bakterier är homologa; historiska namn har dock i stort sett överlevt, vilket kan leda till förvirring. Till exempel är proteinerna SicA, IpgC och SycD homologer från Salmonella , Shigella respektive Yersinia , men den sista bokstaven ("serienummer") i deras namn indikerar inte detta fenomen.

Följande är en sammanfattning av de vanligaste proteinserienamnen i flera T3SS-innehållande arter. Observera att dessa namn inkluderar proteiner som bildar T3SS-mekanismen såväl som utsöndrade effektorproteiner:

• Yersinia
  • Yop : Yersinia yttre protein
  • Ysc : Yersinia - sekretion (komponent)
  • Ypk : Yersinia proteinkinas
• Salmonella
  • Spa : Ytpresentation av antigen
  • Sic : Salmonella invasion chaperone
  • SIP : Salmonella invasionsprotein
  • Prg : PhoP-undertryckt gen
  • Inv : Invasion (invasion, infektion)
  • Org : Syrereglerad gen
  • Ssp : Salmonella -utsöndrat protein
  • Iag : Invasionsassocierad gen
• Shigella
  • Ipg : Invasionsplasmidgen
  • Ipa : Invasionsplasmidantigen
  • Mxi : Membranuttryck av Ipa
  • Spa : Ytpresentation av antigen
  • Osp : Yttre Shigella -protein
• Escherichia
  • Tir : Translokerad intiminreceptor
  • Sep : Utsöndring av E. coli- proteiner
  • Esc : Escherichia- sekretion (komponent)
  • Esp : Escherichia -sekretionsprotein
  • Ces : Chaperone av E. coli- utsöndring
• Pseudomonas
  • Hrp : Överkänsligt svar och patogenicitet
  • Hrc : Överkänsligt svar konserverat (eller Hrp konserverat)
• Rhizobium
  • Nej : Nodulationsprotein
  • Rhc : Rhizobium konserverad
• I vissa andra typer
  • Vir : Virulens (virulens)

Dessa förkortningar följs av en bokstav eller siffra. Bokstäverna betecknar vanligtvis "serienumret", antingen den kronologiska upptäcktsordningen eller den fysiska ordningen i vilken genen uppträdde i operonet. Siffror, i ett mer sällsynt fall, indikerar proteinets molekylvikt i kDa. Exempel: IpaA, IpaB, IpaC; MxiH, MxiG, MxiM; Spa9, Spa47.

Flera nyckelelement förekommer i alla T3SS:er: nålmonomeren, nålens inre skaft, cirkulära proteiner, två translokatorer, nålspetsproteinet, ett linjärt protein (som tros bestämma nålens längd; se ovan) och ATPas, som tillför energi för utsöndring. Följande tabell listar några av dessa nyckelproteiner i fyra T3SS-innehållande bakterier:

Metoder som används i T3SS-studien

Isolering av T3SS nålkomplex

Isoleringen av stora, ömtåliga, hydrofoba membranstrukturer från celler har varit ett problem i många år. Men i slutet av 1990-talet hade flera metoder utvecklats för att isolera T3SS nålliknande komplex (NCs). 1998 isolerades de första NC från Salmonella typhimurium [27] .

Isolerade bakterier odlas i en stor volym flytande tillväxtmedium tills de når logfasen. Sedan centrifugeras de; supernatanten (mediet) dekanteras och pelleten (bakterierna) återsuspenderas i lysbuffert, vanligen innehållande lysozym och ibland detergenter , såsom LDAO eller Triton X-100 . En sådan buffert förstör cellväggen . Efter flera cykler av lysering och tvättning utsätts de exponerade bakterierna för en serie ultracentrifugeringar . Detta tillvägagångssätt ökar antalet stora makromolekylära strukturer och kasserar små cellulära komponenter. Dessutom utsätts det slutliga lysatet för ytterligare rening med användning av en CsCl-densitetsgradient.

Ett ytterligare tillvägagångssätt för ytterligare rening använder affinitetskromatografi . Rekombinanta T3SS-proteiner som bär en proteintagg (t.ex. en histidintagg ) erhålls genom molekylär kloning och introduceras (transformeras) sedan i bakterierna av intresse. Efter initial isolering av NC såsom beskrivits ovan, leds lysatet genom en kolonn belagd med partiklar med hög affinitet för markören (i fallet med histidinmarkörer: nickeljoner). Det märkta proteinet lagras i kolonnen och med det hela nålkomplexet. Höga grader av renhet kan uppnås med sådana metoder. Denna renhet är nödvändig för många av de känsliga analyser som har använts för att karakterisera NC.

Typ III effektorer har varit kända sedan början av 1990-talet, men hur de levereras till värdceller har varit ett fullständigt mysterium. Homologin mellan många flagellära proteiner och T3SS-proteiner fick forskare att misstänka existensen av en extern flagellliknande struktur av T3SS. Identifieringen och efterföljande isoleringen av strukturen av nålen gjorde det möjligt för forskare att:

• karakterisera i detalj den tredimensionella strukturen av NC och dra slutsatser om utsöndringsmekanismen från detta (till exempel kräver den smala bredden av nålen öppning av stapeln av effektorer före utsöndring),
• analysera proteinkomponenterna i NC genom att utsätta isolerade nålar för proteomisk analys (se nedan),
• för att beskriva rollerna för de olika komponenterna i NC, detta är genom att slå ut T3SS-generna, isolera NC från mutanta bakterier och studera förändringarna som orsakas av mutationerna.

Mikroskopi, kristallografi och NMR-spektroskopi i fast tillstånd

Som med nästan alla proteiner är visualisering av T3SS NC endast möjlig med elektronmikroskopi . De första bilderna av NC (1998) visar nålstrukturer som sticker ut från cellväggen hos levande bakterier och platta, tvådimensionella isolerade NCs [27] . 2001 analyserades bilder av NC Shigella flexneri digitalt och medelvärdesbildades för att producera den första semi-3D NC-strukturen [7] . År 2003 erhölls en spiralformad struktur av NC från Shigella flexneri med en upplösning på 16 ångström genom röntgenfiberdiffraktion [28] , och en 17 ångström tredimensionell struktur av NC Salmonella typhimurium publicerades ett år senare [29] . Nya framsteg och tillvägagångssätt har gjort det möjligt att erhålla högupplösta 3D-bilder av NCs [30] [31] , vilket ytterligare belyser den komplexa strukturen hos NCs.

Många T3SS-proteiner har kristalliserats under de senaste åren. Dessa inkluderar NC-strukturproteiner, effektorer och chaperoner. Den första strukturen av nålkomplexmonomeren var NMR-strukturen för BsaL från " Burkholderia pseudomallei " och sedan kristallstrukturen av MixH från Shigella flexneri , som studerades 2006 [32] [33] .

Under 2012 avslöjade en kombination av rekombinant produktion av vildtypsnålkomplex, solid-state NMR-spektroskopi, elektronmikroskopi [34] och modellering av Rosetta-biopolymerer supramolekylära gränssnitt och, i slutändan, den fullständiga atomstrukturen av Salmonella typhimurium T3SS-nålen [35 ] . Prgl-subenheter med 80 aminosyrarester har visats bilda en högerhänt spiralformad knut med ungefär 11 subenheter per två varv av helixen, liknande flagellumet av Salmonella typhimurium . Modellen avslöjade också en utökad aminoterminal domän som är belägen på ytan av nålen, medan den mycket konserverade karboxiterminalen riktas in i lumen [35] .

Proteomics

Flera metoder har använts för att identifiera den mängd proteiner som utgör T3SS. Isolerade nålkomplex kan separeras med hjälp av gelelektrofores (SDS-PAGE). Band som uppträder efter färgning kan individuellt skäras ut från gelén och analyseras med hjälp av proteinsekvensering och masspektrometri. Strukturella komponenter i NC kan separeras från varandra (till exempel nåldelen från basdelen), och genom att analysera dessa fraktioner kan proteinerna som är involverade i var och en av dem bestämmas. Alternativt kan isolerade nålkomplex analyseras direkt med masspektrometri , utan föregående elektrofores , för att få en fullständig bild av NC -proteomet .

T3SS-hämmare

Flera föreningar har visat sig hämma T3SS i gramnegativa bakterier, inklusive guadinomin, som produceras naturligt av Streptomyces -arter [36] .

Litteratur

• Omedelbar insikt som beskriver injektisomets kemi från Royal Society of Chemistry
• Värd-patogen interaktion i Pseudomonas syringae pv. tomat och tomatplanta som leder till bakteriell fläcksjukdom.

Anteckningar

1. ↑ Mall:TCDB2
2. ↑ A. Blocker, N. Jouihri u. a.: Struktur och sammansättning av Shigella flexneri "nålkomplex", en del av dess typ III-sekret. I: Molecular microbiology. Band 39, Nummer 3, februari 2001, S. 652–663, ISSN 0950-382X , PMID 11169106 .
3. ↑ Salmond GP, Reeves PJ Membrantrafikvakter och proteinsekretion i gramnegativa bakterier  //  Trends in Biochemical Sciences : journal. - Cell Press , 1993. - Vol. 18 , nr. 1 . - S. 7-12 . - doi : 10.1016/0968-0004(93)90080-7 . — PMID 8438237 .
4. ↑ 1 2 Gophna U., Ron EZ, Graur D. Bakterietyp III-sekretionssystem är uråldriga och utvecklade av flera horisontella överföringshändelser  //  Gen : journal. - Elsevier , 2003. - Juli ( vol. 312 ). - S. 151-163 . - doi : 10.1016/S0378-1119(03)00612-7 . — PMID 12909351 .
5. ↑ Nguyen L., Paulsen IT, Tchieu J., Hueck CJ, Saier MH Fylogenetiska analyser av beståndsdelarna i typ III-proteinsekretionssystem  //  Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology: journal. - 2000. - April ( vol. 2 , nr 2 ). - S. 125-144 . — PMID 10939240 .
6. ↑ Gong H., Vu GP, Bai Y., Yang E., Liu F., Lu S. Differentiellt uttryck av Salmonella typ III sekretionssystemfaktorer InvJ, PrgJ, SipC, SipD, SopA och SopB i kulturer och i möss   // Mikrobiologi : tidskrift. - 2010. - Januari ( vol. 156 , nr. Pt 1 ). - S. 116-127 . - doi : 10.1099/mic.0.032318-0 . — PMID 19762438 .
7. ↑ 1 2 Blocker A., ​​​​Jouihri N., Larquet E., Gounon P., Ebel F., Parsot C., Sansonetti P., Allaoui A. Struktur och sammansättning av Shigella flexneri 'nålkomplex', en del av dess typ III-sekreton  (engelska)  // Mikrobiologi : journal. — Mikrobiologiska sällskapet, 2001. - Vol. 39 , nr. 3 . - s. 652-663 . - doi : 10.1046/j.1365-2958.2001.02200.x . — PMID 11169106 .
8. ↑ Galan JE, Wolf-Watz H. Proteinleverans till eukaryota celler med typ III-sekretionsmaskiner  //  Nature: journal. - 2006. - Vol. 444 , nr. 7119 . - s. 567-573 . - doi : 10.1038/nature05272 . — . — PMID 17136086 .
9. ↑ Pallen MJ; Bailey C.M.; Beatson SA Evolutionära kopplingar mellan Flih  / Yscl-liknande proteiner från bakteriell typ iii sekretionssystem och andra stjälkkomponenter av FoF1 och vakuolära ATPaser  // Protein Science : journal. - 2006. - Vol. 15 , nr. 4 . - P. 935-940 . - doi : 10.1110/ps.051958806 . — PMID 16522800 .
10. ↑ Aizawa S. Bakteriell flageller och typ iii sekretionssystem  //  FEMS Microbiology Letters : journal. - 2001. - Vol. 202 , nr. 2 . - S. 157-164 . - doi : 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10797.x . — PMID 11520608 .
11. ↑ Doolittle WF; Zhaxybayeva, Olga. Evolution: Reducible complexity - the case for bacterial flagella  (engelska)  // Current Biology  : journal. - Cell Press , 2007. - Vol. 17 , nr. 13 . - P.R510-512 . - doi : 10.1016/j.cub.2007.05.003 . — PMID 17610831 .
12. ↑ Akeda Y., Galán JE Chaperonefrisättning och utveckling av substrat i typ III-sekretion  //  Nature : journal. - 2005. - Oktober ( vol. 437 , nr 7060 ). - P. 911-915 . - doi : 10.1038/nature03992 . — . — PMID 16208377 .
13. ↑ Kimbrough T.G.; Miller SI Bidrag av Salmonella typhimurium typ iii sekretionskomponenter till nålkomplexbildning  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2000. - Vol. 97 , nr. 20 . - P. 11008-11013 . - doi : 10.1073/pnas.200209497 . - . — PMID 10984518 .
14. ↑ YashRoy RC Förgiftning av eukaryotiska celler av gramnegativa patogener: En ny bakteriell yttre membranbunden nanovesikulär exocytosmodell för typ III-sekretionssystem  //  Toxicology International: tidskrift. - 2003. - Vol. 10 , nej. 1 . - S. 1-9 .
15. ↑ Zychlinsky A., Kenny B., Menard R., Prevost MC, Holland IB, Sansonetti PJ IpaB förmedlar makrofagapoptos inducerad av Shigella   flexneri // Mikrobiologi : journal. — Mikrobiologiska sällskapet, 1994. - Vol. 11 , nr. 4 . - s. 619-627 . - doi : 10.1111/j.1365-2958.1994.tb00341.x . — PMID 8196540 .
16. ↑ Hilbi H., Moss JE, Hersh D., Chen Y., Arondel J., Banerjee S., Flavell RA, Yuan J., Sansonetti PJ, Zychlinsky A. Shigella-inducerad apoptos är beroende av Caspase-1 som binder till IpaB  (engelska)  // J Biol Chem  : tidskrift. - 1998. - Vol. 273 , nr. 49 . - P. 32895-32900 . doi : 10.1074/ jbc.273.49.32895 . — PMID 9830039 .
17. ↑ Boch, J.; Bonas, U. XanthomonasAvrBs3 Family-Type III Effectors: Discovery and Function  (engelska)  // Annual Review of Phytopathology  : journal. - 2010. - Vol. 48 . - s. 419-436 . - doi : 10.1146/annurev-phyto-080508-081936 . — PMID 19400638 .
18. ↑ Moskva, MJ; Bogdanove, AJ A Simple Cipher styr DNA-igenkänning av TAL Effectors  (engelska)  // Science : journal. - 2009. - Vol. 326 , nr. 5959 . — S. 1501 . - doi : 10.1126/science.1178817 . - . — PMID 19933106 .
19. ↑ Boch J., Scholze H., Schornack S., et al. Att bryta koden för DNA-bindningsspecificitet för TAL-typ III-effektorer  (engelska)  // Science : journal. - 2009. - December ( vol. 326 , nr 5959 ). - P. 1509-1512 . - doi : 10.1126/science.1178811 . - . — PMID 19933107 .
20. ↑ Schraidt, O.; Lefebre, M.D.; Brunner, MJ; Schmied, W.H.; Schmidt, A.; Radics, J.; Mechtler, K.; Galan, J.E.; Marlovits, TC Topologi och organisation av Salmonella typhimurium typ III sekretionsnålskomplexa komponenter  // PLoS Patogener : journal  /  Stebbins, C. Erec. - 2010. - Vol. 6 , nr. 4 . — P.e1000824 . - doi : 10.1371/journal.ppat.1000824 . — PMID 20368966 .
21. ↑ Grynberg M., Godzik A. Signalen för signalering, hittades   // PLoS Pathog .  : tidskrift / Stebbins, C. Erec. - 2009. - April ( vol. 5 , nr 4 ). — P.e1000398 . - doi : 10.1371/journal.ppat.1000398 . — PMID 19390616 .
22. ↑ Yu XJ, et al. pH-avkänning av intracellulär Salmonella inducerar effektortranslokation  (engelska)  // Science : journal. - 2010. - Maj ( vol. 328 , nr 5981 ). - P. 1040-1043 . - doi : 10.1126/science.1189000 . - . — PMID 20395475 .
23. ↑ Medini D., Covacci A., Donati C. Proteinhomologifamiljens nätverk avslöjar stegvis diversifiering av typ III och typ IV sekretionssystem  // PLoS Comput  . Biol.  : journal. - 2006. - December ( vol. 2 , nr 12 ). — P. e173 . - doi : 10.1371/journal.pcbi.0020173 . - . — PMID 17140285 .
24. ↑ 1 2 Saier, M. Evolution of bakteriell typ III proteinsekretionssystem  (Eng.)  // Trends in Microbiology : journal. - Cell Press , 2004. - Vol. 12 , nr. 3 . - S. 113-115 . - doi : 10.1016/j.tim.2004.01.003 . — PMID 15001186 .
25. ↑ McCann HC, Guttman DS Utveckling av typ III-sekretionssystemet och dess effektorer i växt-mikrobinteraktioner  // New Phytol  . : journal. - 2008. - Vol. 177 , nr. 1 . - S. 33-47 . - doi : 10.1111/j.1469-8137.2007.02293.x . — PMID 18078471 .
26. ↑ Abby, Sophie S.; Rocha, Eduardo PC Det icke-flagella sekretionssystemet av typ III utvecklades från det bakteriella flagellumet och diversifierades till värdcellsanpassade system  //  PLOS Genetics : journal. - 2012. - 1 september ( vol. 8 , nr 9 ). — P. e1002983 . — ISSN 1553-7404 . - doi : 10.1371/journal.pgen.1002983 . — PMID 23028376 .
27. ↑ 1 2 Kubori T., Matsushima Y., Nakamura D., Uralil J., Lara-Tejero M., Sukhan A., Galán JE, Aizawa SI Supramolekylär struktur av Salmonella typhimurium typ III-proteinsekretionssystemet  (engelska)  / / Vetenskap: tidskrift. - 1998. - April ( vol. 280 , nr 5363 ). - s. 602-605 . - doi : 10.1126/science.280.5363.602 . - . — PMID 9554854 .
28. ↑ Cordes FS, Komoriya K., Larquet E., Yang S., Egelman EH, Blocker A., ​​​​Lea SM Spiralstruktur av nålen i typ III-sekretionssystemet av Shigella flexneri  // J Biol Chem  :  journal . - 2003. - Vol. 278 , nr. 19 . - P. 17103-17107 . - doi : 10.1074/jbc.M300091200 . — PMID 12571230 .
29. ↑ Marlovits TC, Kubori T., Sukhan A., Thomas DR, Galán JE, Unger VM Strukturella insikter i sammansättningen av typ III-sekretionsnålkomplexet  //  Science : journal. - 2004. - Vol. 306 , nr. 5698 . - P. 1040-1042 . - doi : 10.1126/science.1102610 . - . — PMID 15528446 .
30. ↑ Sani M., Allaoui A., Fusetti F., Oostergetel GT, Keegstra W., Boekema EJ Strukturell organisation av nålkomplexet av typ III-sekretionsapparaten av Shigella flexneri  //  Micron : journal. - 2007. - Vol. 38 , nr. 3 . - s. 291-301 . - doi : 10.1016/j.micron.2006.04.007 . — PMID 16920362 . Arkiverad från originalet den 18 oktober 2019.
31. ↑ Hodgkinson JL, Horsley A., Stabat D., Simon M., Johnson S., da Fonseca PC, Morris EP, Wall JS, Lea SM, Blocker AJ Tredimensionell rekonstruktion av Shigella T3SS-transmembranregionerna avslöjar 12-faldig symmetri och nya inslag genomgående  // Nat Struct Mol Biol  : journal  . - 2009. - Vol. 16 , nr. 5 . - s. 477-485 . - doi : 10.1038/nsmb.1599 . — PMID 19396171 .
32. ↑ Zhang, L; Wang, Y; Plockning, WL; Picking, W.D.; De Guzman, RN Lösningsstruktur av monomer BsaL, typ III-sekretionsnålproteinet från Burkholderia pseudomallei. (engelska)  // Journal of Molecular Biology : journal. - 2006. - 2 juni ( vol. 359 , nr 2 ). - s. 322-330 . - doi : 10.1016/j.jmb.2006.03.028 . — PMID 16631790 .
33. ↑ Deane JE, Roversi P., Cordes FS, Johnson S., Kenjale R., Daniell S., Booy F., Picking WD, Picking WL, Blocker AJ, Lea SM Molecular model of a type III sekretion system needle: Impplications for värdcellsavkänning  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2006. - Vol. 103 , nr. 33 . - P. 12529-12533 ​​. - doi : 10.1073/pnas.0602689103 . - . — PMID 16888041 .
34. ↑ Galkin V.E.; Schmied W.H.; Schraidt O; Marlovits TC och Egelman. Strukturen av Salmonella typhimurium typ III sekretsystemsnålen visar divergens från flagellsystemet  // J Mol  Biol : journal. - 2010. - Vol. 396 , nr. 5 . - P. 1392-1397 . - doi : 10.1016/j.jmb.2010.01.001 . — PMID 20060835 .
35. ↑ 1 2 Loquet A., Sgourakis NG, Gupta R., Giller K., Riedel D., Goosmann C., Griesinger C., Kolbe M., Baker D., Becker S., Lange A. Atommodell av typen III sekretionssystem nål  (engelska)  // Natur: journal. - 2012. - Vol. 486 , nr. 7402 . - s. 276-279 . - doi : 10.1038/nature11079 . — . — PMID 22699623 .
36. ↑ Holmes, T.C.; May, AE; Zaleta Rivera, K.; Ruby, JG; Skewes-Cox, P.; Fischbach, M.A.; Derisi, JL; Iwatsuki, M.; Ōmura, S.; Khosla, C. Molecular Insights in the Biosynthesis of Guadinomine: A Type III Secretion System Inhibitor  //  Journal of the American Chemical Society : journal. - 2012. - Vol. 134 , nr. 42 . - P. 17797-17806 . doi : 10.1021 / ja308622d . — PMID 23030602 .