Farmakofor (från annan grekisk φάρμακον "drog" och φορός "bärare") är en uppsättning rumsliga och elektroniska funktioner som är nödvändiga för att säkerställa optimal supramolekylär interaktion med ett specifikt biologiskt mål , vilket kan orsaka (eller blockera) dess biologiska svar [1] ] . Farmakoformodellen gör det möjligt att förklara varför strukturellt heterogena ligander interagerar med samma receptorställen.
Farmakoforfunktioner (element) förstås vanligtvis som farmakoforcentra och deras inbördes arrangemang i rymden, nödvändiga för manifestationen av denna typ av biologisk aktivitet. Typiska farmakoforcentra i detta fall är hydrofoba regioner, aromatiska ringar , vätebindningsdonatorer och -acceptorer , anjoniska och katjoniska centra. För en mer detaljerad beskrivning av farmakoforen används ofta hydrofoba och uteslutna volymer, såväl som de tillåtna intervallen för den rumsliga orienteringen av vätebindningsvektorer och aromatiska ringplan.
Den första farmakoforen konstruerades av Monty Kier 1967 [2] , och själva termen föreslogs av honom 1971 [3] [4] . Ofta tillskrivs denna term felaktigt till Paul Ehrlich , men varken i den allmänt erbjudna källan [5] eller i hans andra verk nämns eller används detta begrepp [4] .
Farmakoforsökning används i stor utsträckning vid virtuell screening av bibliotek av kemiska föreningar, särskilt i situationer där strukturen av det biologiska målet är okänd eller själva målet inte är definierat. Farmakoforsökning söker efter en överensstämmelse mellan beskrivningen av farmakoforen och egenskaperna hos molekyler från databasen som har acceptabel konformation .