SYBR Grön I

SYBR Green I ( SG ) är en asymmetrisk cyaninfärgning [1] som används inom molekylärbiologi för att färga nukleinsyror . SYBR-familjen av färgämnen tillverkas av Molecular Probes Inc. som ägs av Thermo Fisher Scientific . SYBR Green I binder till DNA , det resulterande DNA-färgämneskomplexet absorberar bäst blått ljus med en våglängd på 497 nm (λ max = 497 nm) och avger grönt ljus (λ max = 520 nm). Färgämnet binder företrädesvis till dubbelsträngat DNA , men färgar enkelsträngat (ss) DNA med mindre effektivitet. SYBR Green kan också färga RNA med mindre effektivitet än ssDNA.

Egenskaper

SYBR green I är en molekyl som kan binda till alla typer av dubbelsträngade nukleinsyror. Det är inte ett interkalerande medel: per definition är ett interkalerande medel en molekyl som kan passa mellan lamellerna som bildas av basparade nukleinsyror; sybr grön passar inte in i denna definition eftersom det binder till det mindre spåret i DNA. När den väl fixats blir den en mycket bra fluorofor . Således absorberar det dubbelsträngade DNA/SYBR grönt I-komplexet blått ljus (Amax = 497 nm ) och avger grönt ljus (Amax = 520 nm ). Medlet binder företrädesvis till dubbelsträngat DNA , men kan också binda till enkelsträngat DNA med sämre egenskaper och något olika excitations- och emissionsvåglängder.

Applikation

SYBR Green har tillämpningar inom flera områden inom biokemi och molekylärbiologi . Det används som ett färgämne för att kvantifiera dubbelsträngat DNA i vissa kvantitativa PCR -metoder [2] . Det används också för att visualisera DNA i gelelektrofores . Högre koncentrationer av SYBR Green kan användas för att färga agarosgeler för att visualisera DNA som finns i dem. Förutom att märka rena nukleinsyror kan SYBR Green även användas för att märka intracellulärt DNA för flödescytometri och fluorescensmikroskopi . I dessa fall kan RNas- behandling krävas för att minska bakgrunden av RNA i cellerna.

Säkerhet

SYBR Green I marknadsförs som en ersättning för etidiumbromid , ett potentiellt mänskligt mutagen , eftersom det är säkrare att arbeta med och inte innebär svåra avfallshanteringsproblem. Men vilken liten molekyl som helst som kan binda DNA med hög affinitet är ett möjligt cancerframkallande ämne , inklusive SYBR Green.

I en studie med Ames-testet , som mäter kemikaliers förmåga att inducera mutationer, vid samma koncentration, var SYBR Green I cirka 30 gånger mindre mutagen än etidiumbromid [3] .

Historik

För tydlighetens skull motsvarar datumen den första publikationen i fältet, och endast de tidigaste författarna citeras, och fullständiga referenser ges i bibliografisektionen.

• 1975: Uppfinning av testet för detektion av mutagener och cancerframkallande ämnen av B. N. Ames (reviderad i 1983 års studie).
• 1992: Rye HS första publikation om asymmetriska cyaninfamiljens DNA-fluorescerande markörer.
• 1993: Första omnämnandet av SYBR green I av Molecular Probes i bioassay # 18 (onlinesläpp upp till 23, med förbehåll för verifiering).
• 1994: Första studier om egenskaperna hos sybr green I av Gene X.
• 1994: Första märkning av DNA och RNA med SYBR green I på en polyakrylamidelektroforesgel av Singer VL.
• 1995: Första märkningen av en RT-PCR-produkt på agarosgelelektrofores av Schneeberger CS.
• 1995: Första upptäckten av korta tandemupprepningar på polyakrylamidgel med en icke-radioaktiv metod av Morin PA.
• 1995: Första upptäckt av gelkänsliga nukleaser med SYBR green I med Jin X.
• 1995: Första användning i kapillärelektrofores av Skadesvoll J.
• 1997: U.S. Patent No. 5,658,751 ansökt om asymmetriska cyaniner av Molecular Probes. SYBR grön I verkar vara komponent # 937.
• 1997: Första upptäckt av skadat DNA på agarosgeler i pulsade fält med Kiltie AE.
• 1998: Första kvantifieringen av nukleasaktivitet genom radiell spridning av Yasuda T.
• 2000: Virusdetektion genom flödescytometri med SYBR green I från Brussaard CP.
• 2001: Kvantifiering av dubbelsträngat DNA i råextrakt på miljöprover med Bachoon DS.
• 2004: publicering av strukturen och variabiliteten av emissionsspektrumet för SYBR green I av Zipper H.

Liknande cyaninfärgämnen

• PicoGreen (PG)
• SYBR Säker
• SYBR Guld
• Tiazolorange (TO)
• Oxazolgul (YO)
• Säker Grön
• Chai Grön

Anteckningar

1. ↑ Dragkedja H (2004). "Undersökningar av DNA-interkalering och ytbindning av SYBR Green I, dess strukturbestämning och metodologiska implikationer". Nukleinsyraforskning . 32 (12): e103. DOI : 10.1093/nar/gnh101 . PMID  15249599 .
2. ↑ Mackay IM (mars 2002). "Realtids-PCR i virologi". Nucleic Acids Res . 30 (6): 1292-305. DOI : 10.1093/nar/30.6.1292 . PMID  11884626 .
3. ↑ Sångare VL (februari 1999). "Jämförelse av SYBR Green I nukleinsyragelfärgningsmutagenicitet och etidiumbromidmutagenicitet i Salmonella/däggdjursmikrosomomvänd mutationsanalysen (Ames-test)". Mutationsforskning . 439 (1): 37-47. DOI : 10.1016/s1383-5718(98)00172-7 . PMID  10029672 .

Bibliografi

• Ames BN, McCann J, Yamasaki E, Metoder för att upptäcka cancerframkallande ämnen och mutagener med Salmonella/däggdjurs-mikrosom mutagenitetstestet . 1975, Mutation Research 31:347-364.
• Bachoon DS, Otero E, Hodson RE, Effekter av humusämnen på fluorometrisk DNA-kvantifiering och DNA-hybridisering . 2001. J. Microbiol. Metoder 47:73-82.
• Brussaard CP, Marie D, Bratbak G, Flödescytometrisk detektion av virus . 2000. J. Virol. Methods 85:175-182
• Jin X, Yue S, Wells KS, Singer VL, SYBRTM Green I: ett nytt fluorescerande färgämne optimerat för detektion av pikogrammängder av DNA i geler . 1994 Biophys. J. 66:A159.
• Jin X, Yue S, Singer VL, mycket känsliga gelanalyser för att detektera nukleaser . 1995 FASEB J. 9:A1400.
• Kiltie AE, Ryan AJ, SYBR Grön I-färgning av pulsade fältagarosgeler är ett känsligt och billigt sätt att kvantifiera DNA-dubbelsträngsbrott i däggdjursceller . 1997 Nucleic Acids Res. 25:2945-2946.
• Maron DM, Ames B, Revised methods for the Salmonella mutagenicity test , 1983, Mutation Research 113:173-215.
• Morin PA, Smith DG, Icke-radioaktiv detektion av hypervariabla enkla sekvensupprepningar i korta polyakrylamidgeler . 1995. BioTechniques 19:223-227.
• Ohta T, Tokishita S, Yamagata H, Etidiumbromid och SYBR Green I förstärker genotoxiciteten hos UV-bestrålning och kemiska mutagener i E. coli . 2001, Mutationsforskning , Mall:Datum-  ; 492(1-2):91-7.
• Rye HS, Yue S, Wemmer DE, Quesada MA, Haugland RP, Mathies RA, Glazer AN, Stabila fluorescerande komplex av dubbelsträngat DNA med bis-interkalerande asymmetriska cyaninfärgämnen: egenskaper och tillämpningar . 1992 Nucleic Acids Res. 20:2803-2812.
• Schneeberger CS, Speiser P, Kury F, Zeillinger R, Kvantitativ detektion av omvänt transkriptas-PCR-produkter med hjälp av en ny och känslig DNA-färgning, PCR-metoder . 1995 Appl. 4:234-238.
• Singer VL, Jin X, Ryan D, Yue S, SYBRTM Gröna färgämnen: ultrakänsliga fläckar för detektion av DNA och RNA i elektroforetiska geler . 1994 Biomed. Produkter 19:68-72.
• Singer VL, Lawlor TE, Yue S, Jämförelse av SYBR Green I-nukleinsyragelfärgningsmutagenicitet och etidiumbromidmutagenicitet i Salmonella/däggdjursmikrosomomvänd mutationsanalys (Ames-test) . 1999, Mutation Research 439:37-47.
• Skeidsvoll J, Ueland PM, Analys av dubbelsträngat DNA genom kapillärelektrofores med laserinducerad fluorescensdetektion med användning av det monomera färgämnet SYBR Green I. 1995 Anal. Biochem. 231:359-365.
• Yasuda T, Takeshita H, Nakazato E, Nakajima O, Hosomi O, Nakashima Y, Kishi K, Aktivitetsmätning för deoxiribonukleaser I och II med pikogramkänslighet baserad på DNA SYBR Green I-fluorescens . 1998 Anal. Biochem. 255:274-276.
• Zipper H, Brunner H, Bernhagen J, Vitzthum F, Undersökningar om DNA-interkalering och ytbindning av SYBR Green I, dess strukturbestämning och metodologiska implikationer . 2004 Nucleic Acids Res.  ; 32:e103.