Histon deacetylas 3

Histon deacetylas 3
Tillgängliga strukturer
PDB Ortologisk sökning: PDBe , RCSB
Identifierare
SymbolHDAC3  ; HD3; RPD3; RPD3-2
Externa ID:nOMIM:  605166 MGI :  1343091 HomoloGene :  48250 IUPHAR : ChEMBL : 1829 GeneCards : HDAC3-gen
EG-nummer3.5.1.98
RNA-uttrycksprofil
Mer information
ortologer
SeMänskligMus
Entrez884115183
EnsembleENSG00000171720ENSMUSG00000024454
UniProtO15379Q3UM33
RefSeq (mRNA)NM_003883NM_010411
RefSeq (protein)NP_003874NP_034541
Locus (UCSC)Chr 5:
141 – 141,02 Mb		Chr 18:
37,94 – 37,95 Mb
Sök i PubMed[ett][2]

Histoneacetylas 3 ( Histoneacetylas  3 ) är ett enzym som kodas hos människor av HDAC3 -genen [1] [2] .

Funktion

Histoner spelar en avgörande roll i regleringen av transkription , cellcykeln och utvecklingsprocesser. Acetylering/deacetylering av histoner förändrar kromosomernas struktur och påverkar transkriptionsfaktorernas tillgång till DNA . Proteinet som kodas av denna gen tillhör histondeacetylas/acuc/APHA-familjen. Det har funktionaliteten av ett histondeacetylas och undertrycker transkription när det binds till en promotor . Det kan vara involverat i regleringen av transkription genom att binda till transkriptionsfaktorn zinkfinger YY1 . Detta protein kan också negativt reglera p53 -funktionen och på så sätt modulera celltillväxt och apoptos . Denna gen anses vara en potentiell tumörsuppressorgen [3] .

Detta enzym är involverat i koordinationen av synantropisk bakterieberoende tarmhomeostas när det uttrycks i tarmepitelceller.

Alternativa funktioner

Histondeacetylaser kan regleras av endogena faktorer, biologiskt aktiva komponenter, syntetiska inhibitorer och bakteriellt härledda signaler. Studier på möss med en definitiv deletion av HDAC3 i tarmepitelceller (IEC) visade avreglerat IEC-genuttryck. I dessa deletioner av mutanta möss observerades förlust av Paneth-celler , försämring av IEC-funktionen och förändringar i sammansättningen av intestinala kommensala bakterier. Det faktum att dessa negativa effekter inte observerades hos sterila möss indikerar att effekterna av deletionen endast ses i närvaro av intestinal mikrobiell kolonisering. Men de negativa effekterna av HDAC3-deletioner beror inte på närvaron av en förändrad mikrobiota, eftersom kolonier av normala sterila möss med förändrad mikroflora inte visade de negativa effekter som ses i deletionsmutanter.

Även om den exakta mekanismen och specifikationerna för signalerna inte är väl förstådda, är det tydligt att HDAC3 interagerar med de mottagna signalerna från kommensala bakterier i tarmmikrofloran . Dessa interaktioner är ansvariga för att kalibrera svaren från epitelceller i termer av behovet av att etablera normala relationer mellan värd- och kommensala celler, samt för att upprätthålla intestinal homeostas [4] [5] [6] [7] .

Modellorganismer

Modellorganismer användes för att studera funktionerna hos HDAC3. En preliminär härstamning av knockoutmöss kallad Hdac3 tm1a(EUCOMM)Wtsi [8] [9] etablerades under International Knockout Mice Consortium -programmet , ett mutagenesprojekt med hög genomströmning för att generera och sprida djursjukdomsmodeller till intresserade vetenskapsmän [ 10] [11] [12] .

Hanar och kvinnor genomgick standardiserad fenotypisk screening för att fastställa konsekvenserna av borttagningen [13] [14] .

Tjugosex tester utfördes på mutanta möss och två signifikanta abnormiteter observerades [13] . Inga homozygota muterade embryon identifierades under graviditeten, och i separata studier överlevde inte heller några av dem till slutet av amningen. De återstående testerna utfördes på heterozygota muterade vuxna möss; inga signifikanta abnormiteter observerades hos dessa djur [13] .

Interaktioner

HDAC3 har visat sig interagera med:

Se även

Anteckningar

  1. ↑ Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Characterization of a human RPD3 ortholog, HDAC3   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - April ( vol. 95 , nr 6 ). - P. 2795-2800 . - doi : 10.1073/pnas.95.6.2795 . — PMID 9501169 .
  2. ↑ Dangond F., Hafler DA, Tong JK, Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans SR  Differentiell displaykloning av ett nytt humant histondeacetylas (HDAC3) cDNA från PHA-aktiverade immunceller  // Biochem Biophys Res Commun : journal. - 1998. - Mars ( vol. 242 , nr 3 ). - s. 648-652 . - doi : 10.1006/bbrc.1997.8033 . — PMID 9464271 .
  3. ↑ Entrez-gen: HDAC3-histondeacetylas 3 .
  4. ↑ Donohoe DR, Bultman SJ Metaboloepigenetics: interrelations between energimetabolism and epigenetic control of gene expression  //  J. Cell. physiol. : journal. - 2012. - Vol. 227 , nr. 9 . - P. 3169-3177 . - doi : 10.1002/jcp.24054 . — PMID 22261928 .
  5. ↑ Haberland M., Montgomery RL, Olson EN Histon-deacetylasernas många roller i utveckling och fysiologi: konsekvenser för sjukdom och terapi   // Nat . Varv. Genet.  : journal. - 2009. - Vol. 10 , nej. 1 . - S. 32-42 . - doi : 10.1038/nrg2485 . — PMID 19065135 .
  6. ↑ Kim GW, Gocevski G., Wu CJ, Yang XJ Diet-, metabolisk och potentiellt miljömässig modulering av lysinacetyleringsmaskineriet  //  Int J Cell Biol: journal. - 2010. - Vol. 2010 . — S. 632739 . - doi : 10.1155/2010/632739 . — PMID 20976254 .
  7. ↑ Dashwood RH, Ho E. Dietary histondeacetylashämmare: från celler till möss till människa   // Semin . Cancer biol. : journal. - 2007. - Vol. 17 , nr. 5 . - s. 363-369 . - doi : 10.1016/j.semcancer.2007.04.001 . — PMID 17555985 .
  8. ↑ International Knockout Mouse Consortium (länk inte tillgänglig) . Hämtad 25 maj 2015. Arkiverad från originalet 20 mars 2012. 
  9. ↑ Mus Genome Informatics . Hämtad 25 maj 2015. Arkiverad från originalet 24 september 2015.
  10. ↑ Skarnes WC, Rosen B., West AP, Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica AO, Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A. En villkorad knockout-resurs för genomomfattande studie av musgenfunktion  //  Nature: journal. - 2011. - Vol. 474 , nr. 7351 . - s. 337-342 . - doi : 10.1038/nature10163 . — PMID 21677750 .
  11. ↑ Dolgin E. Mouse-biblioteket kommer att bli knockout   // Nature . - 2011. - Juni ( vol. 474 , nr 7351 ). - S. 262-263 . - doi : 10.1038/474262a . — PMID 21677718 .
  12. ↑ Collins FS, Rossant J., Wurst W. En mus av alla skäl   // Cell . - Cell Press , 2007. - Januari ( vol. 128 , nr 1 ). - S. 9-13 . - doi : 10.1016/j.cell.2006.12.018 . — PMID 17218247 .
  13. ↑ 1 2 3 Gerdin AK The Sanger Mouse Genetics Program: High throughput karakterisering av knockoutmöss  //  Acta Ophthalmologica : journal. - 2010. - Vol. 88 , nr. S248 . - doi : 10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x .
  14. ↑ van der Weyden L., White JK, Adams DJ, Logan DW Musgenetikverktyget: avslöjande funktion och mekanism. (engelska)  // Genome Biol : journal. - 2011. - Vol. 12 , nr. 6 . — S. 224 . - doi : 10.1186/gb-2011-12-6-224 . — PMID 21722353 .
  15. ↑ Hoogeveen AT, Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. Den transkriptionella corepressorn MTG16a innehåller en ny nukleolär målsökningssekvens störd i t (16; 21) -positiva myeloida maligniteter  (engelska)  // Onkogen : journal. - 2002. - September ( vol. 21 , nr 43 ). - P. 6703-6712 . - doi : 10.1038/sj.onc.1205882 . — PMID 12242670 .
  16. ↑ Amann JM, Nip J., Strom DK, Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing JR, Meyers S., Hiebert SW ETO, ett mål för t(8;21) vid akut leukemi, får tydliga kontakter med multipla histondeacetylaser och binder mSin3A genom dess oligomeriseringsdomän   // Mol . cell. Biol. : journal. - 2001. - Oktober ( vol. 21 , nr 19 ). - P. 6470-6483 . - doi : 10.1128/MCB.21.19.6470-6483.2001 . — PMID 11533236 .
  17. ↑ Petre-Draviam CE, Williams EB, Burd CJ, Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl JA, Knudsen KE En central domän av cyklin D1 förmedlar kärnreceptorns  corepressoraktivitet //  Onkogen : journal. - 2005. - Januari ( vol. 24 , nr 3 ). - s. 431-444 . - doi : 10.1038/sj.onc.1208200 . — PMID 15558026 .
  18. ↑ Lin HM, Zhao L., Cheng SY Cyclin D1 är en ligandoberoende medrepressor för sköldkörtelhormonreceptorer  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2002. - Augusti ( vol. 277 , nr 32 ). - P. 28733-28741 . - doi : 10.1074/jbc.M203380200 . — PMID 12048199 .
  19. ↑ Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Ändrad interaktion mellan HDAC5 och GATA-1 under MEL-   celldifferentiering // Onkogen : journal. - 2003. - December ( vol. 22 , nr 57 ). - P. 9176-9184 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206902 . — PMID 14668799 .
  20. ↑ Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. Histondeacetylas 3 associerar med och undertrycker transkriptionsfaktorn GATA-   2 // Blood : journal. — American Society of Hematology, 2001. - Oktober ( vol. 98 , nr 7 ). - P. 2116-2123 . - doi : 10.1182/blod.V98.7.2116 . — PMID 11567998 .
  21. ↑ 1 2 3 4 Zhang J., Kalkum M., Chait BT, Roeder RG N-CoR-HDAC3 nukleära receptor-corepressorkomplex hämmar JNK-vägen genom den integrerade subenheten GPS2   // Mol . cell : journal. - 2002. - Mars ( vol. 9 , nr 3 ). - s. 611-623 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00468-9 . — PMID 11931768 .
  22. ↑ Wen YD, Cress WD, Roy AL, Seto E. Histondeacetylas 3 binder till och reglerar den multifunktionella transkriptionsfaktorn TFII-I  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2003. - Januari ( vol. 278 , nr 3 ). - P. 1841-1847 . - doi : 10.1074/jbc.M206528200 . — PMID 12393887 .
  23. ↑ Tussié-Luna MI, Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle FH, Roy AL Fysiska och funktionella interaktioner av histondeacetylas 3 med TFII-I familjeproteiner och PIASxbeta  //  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 2002. - Oktober ( vol. 99 , nr 20 ). - P. 12807-12812 . - doi : 10.1073/pnas.192464499 . — PMID 12239342 .
  24. ↑ 1 2 3 Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E. Human HDAC7-histondeacetylasaktivitet är associerad med HDAC3 in vivo  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2001. - September ( vol. 276 , nr 38 ). - P. 35826-35835 . - doi : 10.1074/jbc.M104935200 . — PMID 11466315 .
  25. ↑ 1 2 Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL Tre proteiner definierar en klass av humana histon-deacetylaser relaterade till jäst Hda1p  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 1999. - April ( vol. 96 , nr 9 ). - P. 4868-4873 . - doi : 10.1073/pnas.96.9.4868 . — PMID 10220385 .
  26. ↑ 1 2 3 4 Fischle W., Dequiedt F., Hendzel MJ, Guenther MG, Lazar MA, Voelter W., Verdin E. Enzymatisk aktivitet associerad med klass II HDAC är beroende av ett multiproteinkomplex som innehåller HDAC3 och SMRT/N-CoR  (engelska)  // Mol. cell : journal. - 2002. - Januari ( vol. 9 , nr 1 ). - S. 45-57 . - doi : 10.1016/S1097-2765(01)00429-4 . — PMID 11804585 .
  27. ↑ 1 2 Grozinger CM, Schreiber SL Reglering av histondeacetylas 4 och 5 och transkriptionsaktivitet genom 14-3-3-beroende cellulär lokalisering  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2000. - Juli ( vol. 97 , nr 14 ). - P. 7835-7840 . - doi : 10.1073/pnas.140199597 . — PMID 10869435 .
  28. ↑ Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. Histondeacetylas 9-genen kodar för flera proteinisoformer  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2003. - Maj ( vol. 278 , nr 18 ). - P. 16059-16072 . - doi : 10.1074/jbc.M212935200 . — PMID 12590135 .
  29. ↑ Zhou X., Richon VM, Rifkind RA, Marks PA Identifiering av en transkriptionsrepressor relaterad till den icke-katalytiska domänen av histondeacetylaser 4 och 5  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  :  journal . - 2000. - Februari ( vol. 97 , nr 3 ). - P. 1056-1061 . - doi : 10.1073/pnas.97.3.1056 . — PMID 10655483 .
  30. ↑ Baek SH, Ohgi KA, Rose DW, Koo EH, Glass CK, Rosenfeld MG Exchange of N-CoR corepressor and Tip60 coactivator complexes länkar genuttryck av NF-kappaB och beta-amyloid prekursorprotein  // Cell  :  journal . - Cell Press , 2002. - Juli ( vol. 110 , nr 1 ). - S. 55-67 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)00809-7 . — PMID 12150997 .
  31. ↑ Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histon-deacetylas 3, ett klass I-histondeacetylas, undertrycker MAPK11-medierad aktiverande transkriptionsfaktor-2-aktivering och undertrycker TNF-genuttryck  //J.  Immunol . : journal. - 2004. - September ( vol. 173 , nr 6 ). - P. 3979-3990 . - doi : 10.4049/jimmunol.173.6.3979 . — PMID 15356147 .
  32. ↑ 1 2 3 Yoon HG, Chan DW, Reynolds AB, Qin J., Wong J. N-CoR förmedlar DNA-metyleringsberoende repression genom ett metyl CpG-bindande protein Kaiso   // Mol . cell : journal. - 2003. - September ( vol. 12 , nr 3 ). - s. 723-734 . - doi : 10.1016/j.molcel.2003.08.008 . — PMID 14527417 .
  33. ↑ 1 2 Yoon HG, Chan DW, Huang ZQ, Li J., Fondell JD, Qin J., Wong J. Rening och funktionell karakterisering av det mänskliga N-CoR-komplexet: rollerna för HDAC3, TBL1 och  TBLR1  // EMBO J . : journal. - 2003. - Mars ( vol. 22 , nr 6 ). - P. 1336-1346 . - doi : 10.1093/emboj/cdg120 . — PMID 12628926 .
  34. ↑ 1 2 Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu JM, Qin J., Wong J. Båda corepressorproteinerna SMRT och N-CoR finns i stora proteinkomplex som innehåller   HDAC3 // EMBO J. : journal. - 2000. - Augusti ( vol. 19 , nr 16 ). - P. 4342-4350 . - doi : 10.1093/emboj/19.16.4342 . — PMID 10944117 .
  35. ↑ 1 2 Underhill C., Qutob MS, Yee SP, Torchia J. Ett  J.//nytt nukleärt receptor-corepressorkomplex, N-CoR, innehåller komponenter av däggdjurs SWI/SNF-komplexet och corepressorn KAP-1 Chem.  : journal. - 2000. - December ( vol. 275 , nr 51 ). - P. 40463-40470 . - doi : 10.1074/jbc.M007864200 . — PMID 11013263 .
  36. ↑ 1 2 Guenther MG, Lane WS, Fischle W., Verdin E., Lazar MA, Shiekhattar R. Ett kärn-SMRT-corepressorkomplex som innehåller HDAC3 och TBL1, ett WD40-repeterande protein kopplat till dövhet  // Genes Dev  .  : journal. - 2000. - Maj ( vol. 14 , nr 9 ). - P. 1048-1057 . — PMID 10809664 .
  37. ↑ 1 2 Guenther MG, Yu J., Kao GD, Yen TJ, Lazar MA Montering av SMRT-histon-deacetylas 3-repressionskomplexet kräver TCP-1-ringkomplexet  // Genes Dev  .  : journal. - 2002. - December ( vol. 16 , nr 24 ). - P. 3130-3135 . - doi : 10.1101/gad.1037502 . — PMID 12502735 .
  38. ↑ 1 2 Franco PJ, Li G., Wei LN Interaktion mellan nukleära receptor zinkfinger DNA-bindande domäner med histon deacetylas   // Mol . cell. Endokrinol. : journal. - 2003. - Augusti ( vol. 206 , nr 1-2 ). - S. 1-12 . - doi : 10.1016/S0303-7207(03)00254-5 . — PMID 12943985 .
  39. ↑ Shi Y., Hon M., Evans RM Den peroxisomproliferatoraktiverade receptordeltatet, en integrator av transkriptionell repression och nukleär receptorsignalering  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2002. - Mars ( vol. 99 , nr 5 ). - P. 2613-2618 . - doi : 10.1073/pnas.052707099 . — PMID 11867749 .
  40. ↑ Wu WS, Vallian S., Seto E., Yang WM, Edmondson D., Roth S., Chang KS Tillväxthämmaren PML undertrycker transkription genom att funktionellt och fysiskt interagera med histondeacetylaser   // Mol . cell. Biol. : journal. - 2001. - April ( vol. 21 , nr 7 ). - P. 2259-2268 . - doi : 10.1128/MCB.21.7.2259-2268.2001 . — PMID 11259576 .
  41. ↑ Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouché D. Histondeacetylaset HDAC3 riktar RbAp48 till retinoblastomproteinet  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2001. - Augusti ( vol. 29 , nr 15 ). - s. 3131-3136 . doi : 10.1093 / nar/29.15.3131 . — PMID 11470869 .
  42. ↑ Fischle W., Verdin E., Greene WC Varaktighet av nukleär NF-kappaB-verkan reglerad av reversibel acetylering  //  Science : journal. - 2001. - Augusti ( vol. 293 , nr 5535 ). - S. 1653-1657 . - doi : 10.1126/science.1062374 . — PMID 11533489 .
  43. ↑ Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril MB, Miard S., Auwerx J. Retinoblastom-histondeacetylas 3-komplexet hämmar PPARgamma och adipocytdifferentiering  (Eng.)  // Dev . . cell : journal. - 2002. - December ( vol. 3 , nr 6 ). - P. 903-910 . - doi : 10.1016/S1534-5807(02)00360-X . — PMID 12479814 .
  44. ↑ Lai A., Lee JM, Yang WM, DeCaprio JA, Kaelin WG, Seto E., Branton PE RBP1 rekryterar både histondeacetylasberoende och -oberoende repressionsaktiviteter till proteiner i retinoblastomfamiljen   // Mol . cell. Biol. : journal. - 1999. - Oktober ( vol. 19 , nr 10 ). - P. 6632-6641 . — PMID 10490602 .
  45. ↑ Schroeder TM, Kahler RA, Li X., Westendorf JJ Histondeacetylas 3 interagerar med runx2 för att undertrycka osteokalcinpromotorn och reglera osteoblastdifferentiering  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 2004. - Oktober ( vol. 279 , nr 40 ). - P. 41998-42007 . - doi : 10.1074/jbc.M403702200 . — PMID 15292260 .
  46. ↑ Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouché D. Funktionell och fysisk interaktion mellan histonmetyltransferaset Suv39H1 och histondeacetylaser  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2002. - Januari ( vol. 30 , nr 2 ). - s. 475-481 . doi : 10.1093 / nar/30.2.475 . — PMID 11788710 .
  47. ↑ Li G., Franco PJ, Wei LN Identifiering av histondeacetylas-3-domäner som interagerar med den föräldralösa nukleära receptorn TR2   // Biochem . Biophys. Res. kommun. : journal. - 2003. - Oktober ( vol. 310 , nr 2 ). - s. 384-390 . - doi : 10.1016/j.bbrc.2003.08.145 . — PMID 14521922 .
  48. ↑ Franco PJ, Farooqui M., Seto E., Wei LN Den föräldralösa nukleära receptorn TR2 interagerar direkt med både klass I- och klass II-histondeacetylaser   // Mol . Endokrinol. : journal. - 2001. - Augusti ( vol. 15 , nr 8 ). - P. 1318-1328 . - doi : 10.1210/mend.15.8.0682 . — PMID 11463856 .
  49. ↑ Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu BE, Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X. ., Peng X. Proteomisk analys av ubiquitinerade proteiner i normal hepatocytcellinje Chang leverceller  (engelska)  // Proteomics: journal. - 2008. - Juli ( vol. 8 , nr 14 ). - P. 2885-2896 . - doi : 10.1002/pmic.200700887 . — PMID 18655026 .
  50. ↑ Yang WM, Yao YL, Sun JM, Davie JR, Seto E. Isolering och karakterisering av cDNA som motsvarar en ytterligare medlem av den humana histon-deacetylas-genfamiljen  //  J. Biol. Chem.  : journal. - 1997. - Oktober ( vol. 272 ​​, nr 44 ). - P. 28001-28007 . doi : 10.1074 / jbc.272.44.28001 . — PMID 9346952 .
  51. ↑ Yao YL, Yang WM, Seto E. Reglering av transkriptionsfaktor YY1 genom acetylering och deacetylering   // Mol . cell. Biol. : journal. - 2001. - September ( vol. 21 , nr 17 ). - P. 5979-5991 . - doi : 10.1128/MCB.21.17.5979-5991.2001 . — PMID 11486036 .

Litteratur

Länkar