| grundläggande helix-loop-helixstruktur för den DNA-bindande domänen. | |
|---|---|
| det grundläggande strukturella motivet för helix-loop-helix nuclear translocator AHR (ARNT). Två α-helixar (blå) interagerar med en kort slinga (röd) [1] . | |
| Identifierare | |
| Symbol | bHLH |
| Pfam | PF00010 |
| Interpro | IPR001092 |
| SMART | SM00353 |
| PROSITE | PDOC00038 |
| SCOP | 1mdy |
| SUPERFAMILJ | 1mdy |
| CDD | cd00083 |
| Tillgängliga proteinstrukturer | |
| Pfam | strukturer |
| PDB | RCSB PDB ; PDBe ; PDBj |
| PDBsumma | 3D-modell |
| Mediafiler på Wikimedia Commons | |
Den grundläggande helix-loop-helix-strukturen (från engelskan basic helix-loop-helix , förkortning bHLH ) är det grundläggande strukturella motivet som finns i många proteiner som tillhör superfamiljen av dimeriserande transkriptionsfaktorer [2] [3] [4] [ 5 ] . Dessa proteiner kallas bHLH-proteiner. Detta proteinstrukturmotiv ska inte förväxlas med ett annat liknande proteinstrukturmotiv, det så kallade helix-turn-helix-motivet.
Motivet kännetecknas av närvaron av två α-helixar förbundna med en slinga. I allmänhet är transkriptionsfaktorer som inkluderar denna domän dimera, var och en med en enda helix som innehåller basiska aminosyrarester som underlättar bindningen av DNA-molekyler [6] . I motivet är en helix mindre och, på grund av slingans flexibilitet, tillåter den dimerisering genom att vikas och packas mot en annan helix. Den stora helixen innehåller vanligtvis DNA-bindningsställen. bHLH-proteiner binder vanligtvis till en konsensussekvens som kallas E-boxen, CANNTG [7] . Den kanoniska sekvensen för E-boxen är CACGTG (palindromisk), men vissa bHLH-transkriptionsfaktorer, speciellt från bHLH-PAS-familjen, binder till relaterade icke-palindromiska sekvenser som liknar E-boxen. bHLH TFs kan homodimerisera eller heterodimerisera med andra bHLH TFs och bilda en mängd olika dimerer, var och en med specifika funktioner [8] .
Exempel på transkriptionsfaktorer som innehåller bHLH:
bHLH-transkriptionsfaktorer är ofta viktiga för utveckling eller cellulär aktivitet. BMAL1/Clock är det huvudsakliga transkriptionskomplexet i cirkadiska molekylära oscillatorer. Andra gener som c-Myc och HIF-1 har associerats med cancer på grund av deras inverkan på celltillväxt och metabolism.
Eftersom många bHLH-transkriptionsfaktorer är heterodimera [8] , är deras aktivitet ofta starkt reglerad av subenhetsdimerisering. Uttrycket eller tillgängligheten av en subenhet kontrolleras ofta medan den andra subenheten uttrycks konstitutivt. Många av de kända regulatoriska proteinerna, såsom Drosophila extramacrochaetae , har en helix-loop-helix-struktur men saknar en basregion, vilket gör dem oförmögna att binda till DNA på egen hand . De kan dock bilda heterodimerer med proteiner som har bHLH-strukturen och därmed inaktivera deras förmåga som transkriptionsfaktorer [9] .
AHR ; AHRR ; ARNT ; ARNT2 ; ARNTL ; ARNTL2 ; ASCL1 ; ASCL2 ; ASCL3 ; ASCL4 ; ATOH1 ; ATOH7 ; ATOH8 ; BHLHB2 ; BHLHB3 ; BHLHB4 ; BHLHB5 ; BHLHB8 ; KLOCKA ; EPAS1 ; FERD3L ; FIGLA ; HAND1 ; HAND2 ; HES1 ; HES2 ; HES3 ; HES4 ; HES5 ; HES6 ; HES7 ; HEJ1 ; HEJ2 ; HIF1A ; ID1 ; ID2 ; ID3 ; ID4 ; KIAA2018 ; LYL1 ; MASH1 ; MATH2 ; MAX ; MESP1 ; MESP2 ; MIST1 ; MITF ; MLX ; MLXIP ; MLXIPL ; MNT ; M.S.C .; MSGN1 ; MXD1 ; MXD3 ; MXD4 ; MXI1 ; MYC ; MYCL1 ; MYCL2 ; MYCN ; MYF5 ; MYF6 ; MYOD1 ; MYOG ; NCOAI ; NCOA3 ; NEUROD1 ; NEUROD2 ; NEUROD4 ; NEUROD6 ; NEUROG1 ; NEUROG2 ; NEUROG3 ; NHLH1 ; NHLH2 ; NPAS1 ; NPAS2 ; NPAS3 ; NPAS4 ; OAF1 ; OLIG1 ; OLIG2 ; OLIG3 ; PTF1A ; SCL ; SCXB ; SIM1 ; SIM2 ; SOHLH1 ; SOHLH2 ; SREBF1 ; SREBF2 ; TAL1 ; TAL2 ; TCF12 ; TCF15 ; TCF21 ; TCF3 ; TCF4 ; TCFL5 ; TFAP4 ; TFE3 ; TFEB ; TFEC ; TWIST1 ; TWIST2 ; USF1 ; USF2 ;