Toxin-antitoxinsystem

Toxin-antitoxinsystemet är en uppsättning  av två eller flera närbesläktade gener som tillsammans kodar för både ett "gift" -protein och dess motsvarande "motgift". När ett sådant system är lokaliserat på en plasmid (ett autonomt genetiskt element), kommer dottercellen, som ett resultat av uppdelningen av den ursprungliga cellen som innehåller plasmiden, att överleva endast om den ärver plasmiden. Om dottercellen berövas plasmiden, förstörs det instabila antitoxinet , som ärvt från moderns cytoplasma , och det stabila giftiga proteinet dödar cellen; detta fenomen har kallats "post-segregational killing" ( engelska post-segregational killing, PSK ) [2] [3] . Toxin-antitoxinsystem är utbrett bland prokaryoter , och ofta innehåller en prokaryot organism många kopior av sådana system [4] [5] .  

Toxin-antitoxin-system klassificeras vanligtvis efter hur antitoxinet neutraliserar toxinet . I fallet med typ I-toxin-antitoxinsystem, undertrycks translation av mRNA :t som kodar för toxinet genom att binda till det av ett litet icke-kodande RNA som fungerar som ett antitoxin. I fallet med typ II-system hämmas toxinproteinet posttranslationellt genom att binda till ett annat protein, antitoxinet. Ett exempel på typ III-system är känt, där toxinproteinet binder direkt till antitoxinet RNA [6] . Gener som kodar för toxin-antitoxin överförs ofta från organism till organism genom horisontell genöverföring [7] . De är ofta associerade med patogena bakterier och är ofta lokaliserade på plasmider som bär gener för virulens och antibiotikaresistens [1] .

Det finns också kromosomala toxin-antitoxinsystem, av vilka några är involverade i cellulära processer som stressrespons, cellcykelstopp och programmerad celldöd [1] [8] . Ur evolutionens synvinkel kan toxin-antitoxinsystem betraktas som själviskt DNA , det vill säga syftet med dessa system är att öka sitt eget antal, oavsett om de medför nytta eller skada för värdorganismen. Adaptiva teorier har föreslagits för att förklara utvecklingen av toxin-antitoxinsystem; till exempel är det möjligt att kromosomala toxin-antitoxinsystem utvecklades för att förhindra nedärvning av stora deletioner i värdgenomet [9] . Toxin-antitoxinsystem har funnit tillämpningar inom bioteknik , såsom metoden för att upprätthålla plasmider i cellinjer . De kan fungera som mål för antibiotika och användas som vektorer för positivt urval [10] .

Evolutionära fördelar

Plasmider som innehåller toxin-antitoxinsystem anses vara ett exempel på själviskt DNA inom den gencentrerade synen på evolution ( eng.  Gene-centred view of evolution ). Man tror att toxin-antitoxinsystem bara kan upprätthålla sitt eget DNA, även till skada för värdorganismen [1] . Enligt andra teorier ökar dessa system konditionen hos de plasmider som bär dem jämfört med konventionella plasmider [11] . I det här fallet hjälper toxin-antitoxin-systemen värd-DNA, vilket gör att avkomman från cellen befrias från andra plasmider (toxin-antitoxinsystemet lokaliserat på plasmiden leder till döden av celler som inte ärvde denna plasmid under delning, därför, om cellen dör, elimineras cellerna som finns i dens plasmider). Denna vy stöds av datorsimuleringsdata [12] . Det förklarar dock inte förekomsten av toxin-antitoxinsystem på kromosomerna .

Det finns ett antal adaptiva teorier som förklarar den evolutionära fördelen med kromosomala toxin-antitoxinsystem jämfört med naturligt urval . Den enklaste förklaringen till förekomsten av sådana system på kromosomer är att de förhindrar uppkomsten av farliga stora deletioner i cellgenomet [9] . MazEF -toxin-antitoxin-lokuset för Escherichia coli och andra bakterier inducerar programmerad celldöd som svar på långvarig svält , speciellt på frånvaron av aminosyror [15] . Innehållet i den döda cellen absorberas av närliggande celler, det vill säga det kan förhindra döden av nära släktingar till den döda cellen och därigenom öka den cellens kumulativa kondition . Detta exempel på altruism för bakteriekolonier närmare flercelliga organismer [12] .

Enligt en annan teori är toxin-antitoxin-kromosomsystemen bakteriostatiska , men inte bakteriedödande [16] . Till exempel hämmar RelE globalt translation under näringsbristförhållanden , och dess uttryck minskar risken för svält genom att minska cellens näringsbehov [17] . mazF- toxinhomologen , mazF-mx, krävs för bildandet av fruktkroppar i Myxococcus xanthus [18] . Dessa bakterier bildar täta klumpar, och när det råder brist på näringsämnen samlas en grupp på 50 000 celler till en fruktkropp [19] . maxF-mx-toxinet är en komponent i den näringsmässiga stressresponsvägen och gör det möjligt för vissa celler i fruktkroppen att bilda myxosporer. Det har föreslagits att M. xanthus "förslavade" toxin-antitoxinsystemet och tog antitoxinet under sin egen molekylära kontroll för att reglera dess livscykel [18] .

Det har föreslagits att kromosomkopior av toxin-antitoxinsystem kan ge anti -beroende , det vill säga hjälpa till att eliminera plasmiden från cellens avkomma utan att exponera den för toxinet. Till exempel, genomet av Erwinia chrysanthemi kodar för ett antitoxin som motverkar toxinet som kodas av F-plasmiden [20] .

Nio möjliga funktioner för toxin-antitoxinsystem har föreslagits [21] :

  1. Cellulärt "skräp": Toxin-antitoxinsystem lånades från plasmider och lämnades i celler på grund av utvecklingen av beroende av deras toxiner.
  2. Stabilisering av genomiska parasiter (rester från transposoner och bakteriofager ). Närvaron av toxin-antitoxinsystem på dessa element kan gynna dem genom att minska möjligheten för deras deletioner. Många kromosomala toxin-antitoxinsystem kan vid närmare undersökning faktiskt tillhöra inbäddade parasitiska element eller deras rester i genomet.
  3. Själviska alleler : Under rekombinationsförloppet kan icke-beroendeframkallande alleler ersätta beroendeframkallande alleler, men motsatt substitution är möjlig.
  4. Genreglering: Vissa toxiner fungerar som allmänna repressorer av genuttryck [22] medan andra är mer specifika [23] .
  5. Tillväxtkontroll: som noterat dödar bakteriostatiska toxiner inte värdcellen, utan begränsar dess tillväxt [16] .
  6. Resistenta celler : Vissa bakteriepopulationer har en subpopulation av celler som är resistenta mot flera antibiotika , kontrollerade av toxin-antitoxinsystem. Dessa långsamt växande tåliga celler försäkrar befolkningen mot fullständig utrotning [24] .
  7. Programmerad celldöd och överlevnad för dess nära släktingar, som i exemplet med MazEF- medierad altruism som beskrivs ovan (se ovan).
  8. Olika nivåer av resistens hos celler i en population mot stressande förhållanden, vilket orsakar programmerad död hos vissa celler, vilket förhindrar utrotning av hela befolkningen.
  9. Motverkande bakteriofager : När bakteriofag stör transkription och translation av cellulära proteiner, begränsar aktivering av toxin-antitoxinsystem fagreplikation [25] [26] .

Ett experiment där fem toxin-antitoxinsystem togs bort från E. coli - celler gav dock inga bevis för de fördelar som toxin-antitoxinsystem ger värdcellen. Dessa resultat tvivlar på hypoteserna om tillväxtkontroll och programmerad celldöd [27] .

Klassificering

Typ I

Verkan hos typ I-toxin-antitoxinsystem beror på den komplementära basparningen av antitoxin-RNA:t med mRNA :t som kodar för toxinproteinet. Translation av detta mRNA undertrycks antingen på grund av förstörelse av RNas III eller på grund av minskad tillgänglighet av Shine-Dalgarno-sekvensen eller ribosombindningsstället . I dessa fall kodas toxinet och antitoxinet ofta av motsatta DNA-strängar. Den överlappande regionen av dessa två gener (vanligtvis 19-23 nukleotider långa ) bestämmer deras komplementära parning [28] .

Toxiner i typ I-system representeras av små hydrofoba proteiner, vars toxicitet beror på deras förmåga att förstöra cellmembran [ 1] . Endast ett fåtal systemtoxiner av typ I har identifierats som intracellulära mål, möjligen på grund av svårigheterna förknippade med att studera proteiner som är toxiska för celler som innehåller dem [8] .

Ibland inkluderar typ I-system även en tredje komponent. När det gäller det väl studerade hok/sok-systemet finns det förutom hoktoxinet och sok-antitoxinet en tredje gen som kallas mok . Den överlappar nästan helt med genen som kodar för toxinet, och översättningen av toxinet beror på översättningen av denna tredje komponent [3] . Av denna anledning är begreppet toxinbindning till antitoxin i vissa fall en förenkling, och antitoxinet binder faktiskt till ett tredje RNA, som sedan verkar på översättningen av toxinet [28] .

Exempel på system
Toxin Antitoxin Kommentar Källa
hok sok Det första kända och bäst studerade typ I-systemet som stabiliserar plasmider i ett antal gramnegativa bakterier [28]
fst RNAII Första typ I-systemet identifierat i en Gram-positiv bakterie , hittad i Enterococcus [29]
TisB IstR Reagerar på DNA-skador [trettio]
LdrD Rdld Kromosomsystemet finns i Enterobacteriaceae [31]
FlmA FlmB Hok/sok-homolog som också stabiliserar F-plasmiden [32]
ibs Sib Det hette ursprungligen QUAD-RNA. Upptäckt i intergena regioner E. coli [33]
TxpA/BrnT RatA Ger nedärvning av hudelement under sporbildning i Bacillus subtilis [34]
SymE SymR Kromosomsystem inducerat av SOS-svar [5]
XCV2162 ptaRNA1 Identifierad i Xanthomonas campestris och förekommer i fylogenetiskt heterogena organismer. [35]

Typ II

Typ II-system är bättre studerade än typ I-system [28] . I dessa system binder det instabila antitoxinproteinet starkt till det stabila toxinet och hämmar dess aktivitet [8] . Den största familjen av system av denna typ är vapBC [36] , och bioinformatiska metoder har visat att 37 till 42 % av typ II-systemen tillhör denna familj [13] [14] .

Typ II-system är vanligtvis organiserade i operoner , med genen som kodar för antitoxinet vanligtvis placerad uppströms om genen som kodar för toxinet. Antitoxinet undertrycker toxinet genom att negativt reglera dess uttryck. Toxinet och antitoxinet är vanligtvis cirka 100 aminosyrarester långa [28] . Skadligheten av ett gift kan bero på flera egenskaper. CcdB-proteinet stör till exempel arbetet med DNA- topoisomeraser II och DNA-gyras [37] , medan MazF-proteinet är ett farligt endoribonukleas som skär cellulära mRNA enligt specifika motiv [38] . De vanligaste toxinerna är endonukleaser, som också är kända som interferaser [39] [40] .

Ibland uppträder ett tredje protein i typ II-toxin-antitoxinsystem [41] . I fallet med det tidigare nämnda MazEF-systemet finns det ytterligare ett regulatoriskt protein, MazG. Det interagerar med Era E. coli GTPase och karakteriseras som ett nukleosidtrifosfatpyrofosfathydrolas [42] , som hydrolyserar nukleosidtrifosfater till monofosfater. Ytterligare studier har visat att MazG transkriberas till samma polycistroniska RNA som MazE och MazF, och MazG binder till MazF-toxinet vilket ytterligare hämmar dess aktivitet [43] .

Exempel på system
Toxin Antitoxin Kommentar Källa
CCdB CcdA Finns i F-plasmiden av E. coli [37]
ParE ParD Har många exemplar i Caulobacter crescentus [44]
MazF Labyrint Finns på kromosomen hos E. coli och andra bakterier [25]
yafO yafN Systemet induceras av SOS-svaret på DNA-skada i E. coli [41]
HicA hicb Finns i arkéer och bakterier [45]
unge Kis Stabiliserar plasmid R1 ; relaterat till CCdB/A-systemet [16]

Typ III

Toxin ToxN
Identifierare
Symbol ToxN, typ III toxin-antitoxinsystem
Pfam PF13958
Tillgängliga proteinstrukturer
Pfam strukturer
PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj
PDBsumma 3D-modell

Typ III-toxin-antitoxinsystem är beroende av den direkta interaktionen mellan protein-toxin och RNA-antitoxin. De toxiska effekterna av proteinet neutraliseras direkt av RNA:t [6] . Det enda kända exemplet för närvarande är ToxIN-systemet som finns i den växtpatogena bakterien Pectobacterium carotovorum . ToxN-toxinproteinet är cirka 170 aminosyrarester långt och är giftigt för E. coli . Dess toxicitet hämmas av ToxI RNA , som innehåller 5,5 tandemupprepningar av ett 36 nukleotidmotiv (AGGTGATTTGCTACCTTTAAGTGCAGCTAGAAATTC) [46] [47] . Kristallografisk analys av ToxIN visade att hämning av ToxN kräver bildning av ett trimeriskt ToxIN-komplex där tre monomerer är bundna till tre ToxN-monomerer . Komplexet hålls samman av flera RNA-proteininteraktioner [48] .

Biotekniska applikationer

Biotekniska tillämpningar av toxin-antitoxinsystem har startats av flera bioteknikföretag [10] [16] . Toxin-antitoxinsystem används huvudsakligen för att upprätthålla plasmider i stora cellkulturer av bakterier. I ett experiment som testade effektiviteten av hok/sok - lokuset visades det att den infogade plasmiden som uttrycker beta-galaktosidas var 8–22 gånger mer stabil under celldelningar än i en kontrollodling som saknar toxin-antitoxinsystemet [49] [ 49] 50] . I mycket använda mikrobiologiska processer, såsom fermentering , har de dotterceller som inte har ärvt en plasmid en bättre kondition jämfört med celler som innehåller plasmider, och så småningom kan celler som saknar plasmider helt tränga ut värdefulla industriella mikroorganismer. Således hjälper toxin-antitoxinsystem som hjälper till att upprätthålla viktiga plasmider att upprätthålla effektiviteten i industriella processer [10] .

Dessutom kan toxin-antitoxinsystem bli mål för antibiotika i framtiden. Induktionen av patogendödande molekyler kan hjälpa till att övervinna det växande problemet med resistens mot flera läkemedel [51] .

Urval av plasmider som innehåller insert är ett vanligt problem vid DNA- kloning . Toxin-antitoxinsystem kan användas för att positivt välja endast de celler som innehåller plasmiden med infogningen av intresse för forskaren, samtidigt som de kasserar de celler som inte innehåller den infogade genen. Till exempel, CcdB -genen som kodar för toxinet infogas i plasmidvektorer [52] . Genen av intresse går sedan in i rekombination med CcdB -genen , vilket inaktiverar transkription av det toxiska proteinet. Därför dör transformerade celler som innehåller plasmiden men inte insättningen på grund av de toxiska egenskaperna hos CcdB-proteinet , och endast de celler som har plasmiden med insättningen överlever [10] .

Det är också möjligt att använda både CcdB-toxin och CcdA-antitoxin. CcdB finns i det rekombinanta bakteriegenomet och en inaktiverad version av CcdA infogas i en linjär plasmidvektor. En kort sekvens fusioneras till genen av intresse, som aktiverar antitoxin-genen när den sätts in på den platsen. Med denna metod är det möjligt att erhålla en riktningsspecifik geninsättning [52] .

Anteckningar

  1. ↑ 1 2 3 4 5 Van Melderen L. , Saavedra De Bast M. Bakteriella toxin-antitoxinsystem: mer än själviska enheter?  (engelska)  // PLoS genetik. - 2009. - Vol. 5, nr. 3 . — P. e1000437. - doi : 10.1371/journal.pgen.1000437 . — PMID 19325885 .
  2. ↑ Gerdes K. Toxin-antitoxinmoduler kan reglera syntesen av makromolekyler under näringsstress.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2000. - Vol. 182, nr. 3 . - s. 561-572. — PMID 10633087 .
  3. ↑ 1 2 Faridani OR , Nikravesh A. , Pandey DP , Gerdes K. , Good L. Konkurrenskraftig hämning av naturliga antisens Sok-RNA-interaktioner aktiverar Hok-medierad celldöd i Escherichia coli.  (engelska)  // Nukleinsyraforskning. - 2006. - Vol. 34, nr. 20 . - P. 5915-5922. doi : 10.1093 / nar/gkl750 . — PMID 17065468 .
  4. ↑ Fozo EM , Makarova KS , Shabalina SA , Yutin N. , Koonin EV , Storz G. Överflöd av typ I-toxin-antitoxinsystem i bakterier: sökningar efter nya kandidater och upptäckt av nya familjer.  (engelska)  // Nukleinsyraforskning. - 2010. - Vol. 38, nr. 11 . - P. 3743-3759. - doi : 10.1093/nar/gkq054 . — PMID 20156992 .
  5. ↑ 1 2 Gerdes K. , Wagner EG RNA-antitoxiner.  (engelska)  // Aktuell åsikt inom mikrobiologi. - 2007. - Vol. 10, nr. 2 . - S. 117-124. - doi : 10.1016/j.mib.2007.03.003 . — PMID 17376733 .
  6. ↑ 1 2 Labrie SJ , Samson JE , Moineau S. Bakteriofagresistensmekanismer.  (engelska)  // Naturrecensioner. mikrobiologi. - 2010. - Vol. 8, nr. 5 . - s. 317-327. - doi : 10.1038/nrmicro2315 . — PMID 20348932 .
  7. ↑ Mine N. , Guglielmini J. , Wilbaux M. , Van Melderen L. Förfallet av det kromosomalt kodade ccdO157-toxin-antitoxinsystemet i Escherichia coli-arterna.  (engelska)  // Genetik. - 2009. - Vol. 181, nr. 4 . - P. 1557-1566. - doi : 10.1534/genetics.108.095190 . — PMID 19189956 .
  8. ↑ 1 2 3 Hayes F. Toxiner-antitoxiner: plasmidunderhåll, programmerad celldöd och cellcykelstopp.  (engelska)  // Science (New York, NY). - 2003. - Vol. 301, nr. 5639 . - P. 1496-1499. - doi : 10.1126/science.1088157 . — PMID 12970556 .
  9. ↑ 1 2 Rowe-Magnus DA , Guerout AM , Biskri L. , Bouige P. , Mazel D. Jämförande analys av superintegroner: konstruktion av omfattande genetisk mångfald i Vibrionaceae.  (engelska)  // Genomforskning. - 2003. - Vol. 13, nr. 3 . - s. 428-442. - doi : 10.1101/gr.617103 . — PMID 12618374 .
  10. ↑ 1 2 3 4 Stieber D. , Gabant P. , Szpirer C. Konsten att selektivt döda: plasmidtoxin/antitoxinsystem och deras tekniska tillämpningar.  (engelska)  // BioTechniques. - 2008. - Vol. 45, nr. 3 . - s. 344-346. - doi : 10.2144/000112955 . — PMID 18778262 .
  11. ↑ Cooper TF , Heinemann JA Postsegregationell dödande ökar inte plasmidstabiliteten utan verkar för att förmedla uteslutningen av konkurrerande plasmider.  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2000. - Vol. 97, nr. 23 . - P. 12643-12648. - doi : 10.1073/pnas.220077897 . — PMID 11058151 .
  12. ↑ 1 2 Mochizuki A. , Yahara K. , Kobayashi I. , Iwasa Y. Genetiskt beroende: självisk gens strategi för symbios i genomet.  (engelska)  // Genetik. - 2006. - Vol. 172, nr. 2 . - P. 1309-1323. - doi : 10.1534/genetics.105.042895 . — PMID 16299387 .
  13. ↑ 1 2 Pandey DP , Gerdes K. Toxin-antitoxin loci är mycket rikligt förekommande i frilevande men förlorade från värdassocierade prokaryoter.  (engelska)  // Nukleinsyraforskning. - 2005. - Vol. 33, nr. 3 . - s. 966-976. - doi : 10.1093/nar/gki201 . — PMID 15718296 .
  14. ↑ 1 2 3 Sevin EW , Barloy-Hubler F. RASTA-bakterier: ett webbaserat verktyg för att identifiera toxin-antitoxin loci i prokaryoter.  (engelska)  // Genombiologi. - 2007. - Vol. 8, nr. 8 . - S. 155. - doi : 10.1186/gb-2007-8-8-r155 . — PMID 17678530 .
  15. ↑ Aizenman E. , Engelberg-Kulka H. , Glaser G. En Escherichia coli kromosomal "beroendemodul" reglerad av guanosin [korrigerat 3',5'-bispyrofosfat: en modell för programmerad bakteriell celldöd.]  (engelska)  // Proceedings från National Academy of Sciences of the United States of America. - 1996. - Vol. 93, nr. 12 . - P. 6059-6063. — PMID 8650219 .
  16. ↑ 1 2 3 4 Diago-Navarro E. , Hernandez-Arriaga AM , López-Villarejo J. , Muñoz-Gómez AJ , Kamphuis MB , Boelens R. , Lemonnier M. , Díaz-Orejas R. parD toxin-antiplastoxin system R1 - grundläggande bidrag, biotekniska tillämpningar och relationer med närbesläktade toxin-antitoxinsystem.  (engelska)  // The FEBS journal. - 2010. - Vol. 277, nr. 15 . - P. 3097-3117. - doi : 10.1111/j.1742-4658.2010.07722.x . — PMID 20569269 .
  17. ↑ Christensen SK , Mikkelsen M. , Pedersen K. , Gerdes K. RelE, en global inhibitor of translation, aktiveras under näringsstress.  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2001. - Vol. 98, nr. 25 . - P. 14328-14333. - doi : 10.1073/pnas.251327898 . — PMID 11717402 .
  18. ↑ 1 2 Nariya H. , Inouye M. MazF, ett mRNA-interferas, förmedlar programmerad celldöd under multicellulär Myxococcus-utveckling.  (engelska)  // Cell. - 2008. - Vol. 132, nr. 1 . - S. 55-66. - doi : 10.1016/j.cell.2007.11.044 . — PMID 18191220 .
  19. ↑ Curtis PD , Taylor RG , Welch RD , Shimkets LJ Spatial organisation av Myxococcus xanthus under fruktkroppsbildning.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2007. - Vol. 189, nr. 24 . - P. 9126-9130. - doi : 10.1128/JB.01008-07 . — PMID 17921303 .
  20. ↑ Saavedra De Bast M. , Mine N. , Van Melderen L. Kromosomala toxin-antitoxinsystem kan fungera som antiberoendemoduler.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2008. - Vol. 190, nr. 13 . - P. 4603-4609. - doi : 10.1128/JB.00357-08 . — PMID 18441063 .
  21. ↑ Magnuson RD Hypotetiska funktioner hos toxin-antitoxinsystem.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2007. - Vol. 189, nr. 17 . - P. 6089-6092. - doi : 10.1128/JB.00958-07 . — PMID 17616596 .
  22. ↑ Engelberg-Kulka H. , Amitai S. , Kolodkin-Gal I. , Hazan R. Bakteriell programmerad celldöd och multicellulärt beteende hos bakterier.  (engelska)  // PLoS genetik. - 2006. - Vol. 2, nr. 10 . — P. e135. - doi : 10.1371/journal.pgen.0020135 . — PMID 17069462 .
  23. ↑ Pimentel B. , Madine MA , de la Cueva-Méndez G. Kid klyver specifika mRNA vid UUACU-ställen för att rädda kopiantalet för plasmid R1.  (engelska)  // The EMBO journal. - 2005. - Vol. 24, nr. 19 . - P. 3459-3469. - doi : 10.1038/sj.emboj.7600815 . — PMID 16163387 .
  24. ↑ Kussell E. , Kishony R. , Balaban NQ , Leibler S. Bakteriell persistens: en modell för överlevnad i föränderliga miljöer.  (engelska)  // Genetik. - 2005. - Vol. 169, nr. 4 . - P. 1807-1814. - doi : 10.1534/genetics.104.035352 . — PMID 15687275 .
  25. ↑ 1 2 Hazan R. , Engelberg-Kulka H. Escherichia coli mazEF-medierad celldöd som en försvarsmekanism som hämmar spridningen av fag P1.  (engelska)  // Molekylär genetik och genomik : MGG. - 2004. - Vol. 272, nr. 2 . - S. 227-234. - doi : 10.1007/s00438-004-1048-y . — PMID 15316771 .
  26. ↑ Pecota DC , Wood TK Uteslutning av T4-fag av hok/sok-mördarlokuset från plasmid R1.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 1996. - Vol. 178, nr. 7 . - P. 2044-2050. — PMID 8606182 .
  27. ↑ Tsilibaris V. , Maenhaut-Michel G. , Mine N. , Van Melderen L. Vad är fördelen för Escherichia coli av att ha flera toxin-antitoxinsystem i sitt genom?  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2007. - Vol. 189, nr. 17 . - P. 6101-6108. - doi : 10.1128/JB.00527-07 . — PMID 17513477 .
  28. ↑ 1 2 3 4 5 Fozo EM , Hemm MR , Storz G. Små giftiga proteiner och de antisens-RNA som undertrycker dem.  (engelska)  // Microbiology and molecular biology reviews : MMBR. - 2008. - Vol. 72, nr. 4 . - s. 579-589. - doi : 10.1128/MMBR.00025-08 . — PMID 19052321 .
  29. ↑ Greenfield TJ , Ehli E. , Kirshenmann T. , Franch T. , Gerdes K. , Weaver KE . Antisens-RNA:t i par-locuset av pAD1 reglerar uttrycket av en 33-aminosyror toxisk peptid med en ovanlig mekanism.  (engelska)  // Molecular microbiology. - 2000. - Vol. 37, nr. 3 . - s. 652-660. — PMID 10931358 .
  30. ↑ Vogel J. , Argaman L. , Wagner EG , Altuvia S. Det lilla RNA:t IstR hämmar syntesen av en SOS-inducerad toxisk peptid.  (engelska)  // Aktuell biologi: CB. - 2004. - Vol. 14, nr. 24 . - s. 2271-2276. - doi : 10.1016/j.cub.2004.12.003 . — PMID 15620655 .
  31. ↑ Kawano M. , Oshima T. , Kasai H. , Mori H. Molecular characterization of long direct repeat (LDR)-sekvenser som uttrycker ett stabilt mRNA som kodar för en 35-aminosyror celldödande peptid och ett cis-kodat litet antisens-RNA i Escherichia coli.  (engelska)  // Molecular microbiology. - 2002. - Vol. 45, nr. 2 . - s. 333-349. — PMID 12123448 .
  32. ↑ Loh SM , Cram DS , Skurray RA Nukleotidsekvens och transkriptionsanalys av en tredje funktion (Flm) involverad i underhåll av F-plasmid.  (engelska)  // Gene. - 1988. - Vol. 66, nr. 2 . - S. 259-268. — PMID 3049248 .
  33. ↑ Fozo EM , Kawano M. , Fontaine F. , Kaya Y. , Mendieta KS , Jones KL , Ocampo A. , Rudd KE , Storz G. Repression av små toxiska proteinsyntes av Sib och OhsC små RNA.  (engelska)  // Molecular microbiology. - 2008. - Vol. 70, nej. 5 . - P. 1076-1093. - doi : 10.1111/j.1365-2958.2008.06394.x . — PMID 18710431 .
  34. ↑ Silvaggi JM , Perkins JB , Losick R. Litet oöversatt RNA-antitoxin i Bacillus subtilis.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2005. - Vol. 187, nr. 19 . - P. 6641-6650. - doi : 10.1128/JB.187.19.6641-6650.2005 . — PMID 16166525 .
  35. ↑ Findeiss S. , Schmidtke C. , Stadler PF , Bonas U. En ny familj av plasmidöverförda antisens-ncRNA.  (engelska)  // RNA-biologi. - 2010. - Vol. 7, nr. 2 . - S. 120-124. — PMID 20220307 .
  36. ↑ Robson J. , McKenzie JL , Cursons R. , Cook GM , Arcus VL VapBC-operonet från Mycobacterium smegmatis är en autoreglerad toxin-antitoxinmodul som kontrollerar tillväxten via hämning av translation.  (engelska)  // Journal of molecular biology. - 2009. - Vol. 390, nr. 3 . - s. 353-367. - doi : 10.1016/j.jmb.2009.05.006 . — PMID 19445953 .
  37. ↑ 1 2 Bernard P. , Couturier M. Celldödande av F-plasmiden CcdB-proteinet involverar förgiftning av DNA-topoisomeras II-komplex.  (engelska)  // Journal of molecular biology. - 1992. - Vol. 226, nr. 3 . - s. 735-745. — PMID 1324324 .
  38. ↑ Zhang Y. , Zhang J. , Hoeflich KP , Ikura M. , Qing G. , Inouye M. MazF klyver cellulära mRNA specifikt vid ACA för att blockera proteinsyntes i Escherichia coli.  (engelska)  // Molecular cell. - 2003. - Vol. 12, nr. 4 . - s. 913-923. — PMID 14580342 .
  39. ↑ Christensen-Dalsgaard M. , Overgaard M. , Winther KS , Gerdes K. RNA-sönderfall av messenger-RNA-interferaser.  (engelska)  // Metoder i enzymologi. - 2008. - Vol. 447.-P. 521-535. - doi : 10.1016/S0076-6879(08)02225-8 . — PMID 19161859 .
  40. ↑ Yamaguchi Y. , Inouye M. mRNA-interferaser, sekvensspecifika endoribonukleaser från toxin-antitoxinsystemen.  (engelska)  // Framsteg inom molekylärbiologi och translationsvetenskap. - 2009. - Vol. 85. - P. 467-500. - doi : 10.1016/S0079-6603(08)00812-X . — PMID 19215780 .
  41. ↑ 1 2 Singletary LA , Gibson JL , Tanner EJ , McKenzie GJ , Lee PL , Gonzalez C. , Rosenberg SM Ett SOS-reglerat typ 2-toxin-antitoxinsystem.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2009. - Vol. 191, nr. 24 . - P. 7456-7465. - doi : 10.1128/JB.00963-09 . — PMID 19837801 .
  42. ↑ Zhang J. , Inouye M. MazG, ett nukleosidtrifosfatpyrofosfohydrolas, interagerar med Era, ett väsentligt GTPas i Escherichia coli.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2002. - Vol. 184, nr. 19 . - P. 5323-5329. — PMID 12218018 .
  43. ↑ Gross M. , Marianovsky I. , Glaser G. MazG - en regulator av programmerad celldöd i Escherichia coli.  (engelska)  // Molecular microbiology. - 2006. - Vol. 59, nr. 2 . - S. 590-601. - doi : 10.1111/j.1365-2958.2005.04956.x . — PMID 16390452 .
  44. ↑ Fiebig A. , Castro Rojas CM , Siegal-Gaskins D. , Crosson S. Interaktionsspecificitet, toxicitet och reglering av en paralog uppsättning av ParE/RelE-familjens toxin-antitoxinsystem.  (engelska)  // Molecular microbiology. - 2010. - Vol. 77, nr. 1 . - S. 236-251. - doi : 10.1111/j.1365-2958.2010.07207.x . — PMID 20487277 .
  45. ↑ Jørgensen MG , Pandey DP , Jaskolska M. , Gerdes K. HicA från Escherichia coli definierar en ny familj av translationsoberoende mRNA-interferaser i bakterier och arkéer.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2009. - Vol. 191, nr. 4 . - P. 1191-1199. - doi : 10.1128/JB.01013-08 . — PMID 19060138 .
  46. ↑ Fineran PC , Blower TR , Foulds IJ , Humphreys DP , Lilley KS , Salmond GP Det abortiva infektionssystemet för fag, ToxIN, fungerar som ett protein-RNA-toxin-antitoxinpar.  (engelska)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2009. - Vol. 106, nr. 3 . - s. 894-899. - doi : 10.1073/pnas.0808832106 . — PMID 19124776 .
  47. ↑ Blower TR , Fineran PC , Johnson MJ , Toth IK , Humphreys DP , Salmond GP Mutagenes och funktionell karakterisering av RNA- och proteinkomponenterna i den abortiva toxIN-infektionen och toxin-antitoxin-lokuset hos Erwinia.  (engelska)  // Journal of bacteriology. - 2009. - Vol. 191, nr. 19 . - P. 6029-6039. - doi : 10.1128/JB.00720-09 . — PMID 19633081 .
  48. ↑ Blower TR , Pei XY , Short FL , Fineran PC , Humphreys DP , Luisi BF , Salmond GP Ett bearbetat icke-kodande RNA reglerar ett altruistiskt bakteriellt antiviralt system.  (engelska)  // Naturens strukturella & molekylära biologi. - 2011. - Vol. 18, nr. 2 . - S. 185-190. - doi : 10.1038/nsmb.1981 . — PMID 21240270 .
  49. ↑ Wu K. , Jahng D. , Wood TK Temperatur- och tillväxthastighetseffekter på hok/sok-mördarlokuset för förbättrad plasmidstabilitet.  (engelska)  // Biotekniska framsteg. - 1994. - Vol. 10, nr. 6 . - s. 621-629. - doi : 10.1021/bp00030a600 . — PMID 7765697 .
  50. ↑ Pecota DC , Kim CS , Wu K. , Gerdes K. , Wood TK Kombination av hok/sok, parDE och pnd postsegregational mördarloki för att förbättra plasmidstabiliteten.  (engelska)  // Tillämpad och miljömikrobiologi. - 1997. - Vol. 63, nr. 5 . - S. 1917-1924. — PMID 9143123 .
  51. ↑ Gerdes K. , Christensen SK , Løbner-Olesen A. Prokaryot toxin-antitoxin stress respons loci.  (engelska)  // Naturrecensioner. mikrobiologi. - 2005. - Vol. 3, nr. 5 . - s. 371-382. - doi : 10.1038/nrmicro1147 . — PMID 15864262 .
  52. ↑ 1 2 Bernard P. , Gabant P. , Bahassi EM , Couturier M. Positiva selektionsvektorer som använder F-plasmiden ccdB-mördargenen.  (engelska)  // Gene. - 1994. - Vol. 148, nr. 1 . - S. 71-74. — PMID 7926841 .

Litteratur

Länkar