TATA box

TATA-boxen ( en box är en repeterande sekvens av nukleotider som bildar en transkriptionell eller regulatorisk signal), eller en Hogness-box  är ett konservativt DNA- motiv ( cis-regulatoriskt element ) av eukaryoter med en 5' TATAAA-3'- sekvens [1] . TATA-boxen är belägen i promotorregionen av gener i archaea och eukaryoter [2] cirka 30 nukleotider uppströms om transkriptionsstartstället [3] . Genom närvaron av TATA-boxen kan man känna igen mallsträngen av DNA som kommer att transkriberas [1] . Det binder transkriptionsfaktorer som attraherar RNA-polymeras till transkriptionsstartstället [1] (till exempel TFIID-faktorn eller TATA-faktorn [4] ). Således är TATA-boxen funktionellt likvärdig med Pribnow-boxen i bakterier [5] .

Fungerar

Normalt binder TATA-boxen i början av transkriptionen till det TATA-bindande proteinet (TBP), vilket lindar upp DNA. Det AT-rika stället underlättar avlindningen eftersom de 2 vätebindningarna i ett par А-Тär mindre starka än de 3 i ett par G-C. TBP är ett ovanligt protein som binder till det mindre spåret av DNA och består av β-ark [6] .

TATA-boxen finns vanligtvis vid RNA-polymeras II- bindningsställen . Transkriptionsfaktorn TFIID binder till TATA-boxen, och efter den sammanfogar en annan transkriptionsfaktor, TFIIA , dess övre del och TFIIB sammanfogar dess nedre del . Bindning till dessa faktorer underlättas också av DNA-avveckling inducerad av TBP [3] . RNA-polymeras II känner igen och binder till detta multiproteinkomplex , åtföljt av olika andra transkriptionsfaktorer såsom TFIIF , TFIIE och TFIIH . Detta initierar transkription och RNA-polymeras II rör sig längs DNA-kedjan, medan TFIID och TFIIA förblir associerade med TATA-boxen. I framtiden kan detta underlätta vidhäftningen av ytterligare molekyler av RNA-polymeras II. Dessutom har det visats att TATA-boxen kan initiera transkription utförd inte bara av RNA-polymeras II, utan också av RNA-polymeras III [7] .

Distribution

TATA-boxen är ett mycket gammalt, mycket konserverat eukaryotiskt promotormotiv genom hela evolutionen och det första sådana motivet som identifierades. TATA-boxen är dock inte särskilt utbredd hos ryggradsdjur [3] . De flesta mänskliga gener har ingen TATA-box, och i dem spelar initiatorelementet eller en mer komplex promotor av CpG -typen sin roll . Ungefär 24 % av de mänskliga generna innehåller TATA-boxen som ligger inom den centrala promotorn [8] (enligt andra forskare finns TATA-boxen i 10 % av mänskliga genpromotorer [9] ). Lite tidigare avslöjade en analys av cirka tusen gener närvaron av TATA-boxen i promotorerna för 32% av dem [10] . Det har fastställts att TATA-boxen är mest utbredd bland generna som är involverade i cellulära svar och organogenes. Tydligen är promotorer med en TATA-box karakteristiska för gener specifika för vissa celltyper , medan CpG-promotorer är karakteristiska för hushållningsgener [3] .

Se även

• Pribnov låda

Anteckningar

1. ↑ 1 2 3 SCitable ordlista: TATA box . Hämtad 6 mars 2014. Arkiverad från originalet 8 mars 2014. (obestämd)
2. ↑ Smale ST , Kadonaga JT RNA-polymeras II-kärnpromotorn.  (engelska)  // Årlig genomgång av biokemi. - 2003. - Vol. 72. - s. 449-479. - doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161520 . — PMID 12651739 .
3. ↑ 1 2 3 4 Barrett et. al., 2013 , sid. fyra.
4. ↑ Konichev, Sevastyanova, 2012 , sid. 265.
5. ↑ Arefiev V. A., Lisovenko L. A. TATA-box // Engelsk-ryska förklarande ordbok över genetiska termer. - M . : VNIRO Publishing House, 1995. - ISBN 5-85382-132-6 .
6. ↑ Patikoglou GA , Kim JL , Sun L. , Yang SH , Kodadek T. , Burley SK . TATA-elementigenkänning av det TATA-boxbindande proteinet har bevarats genom hela evolutionen.  (engelska)  // Gener och utveckling. - 1999. - Vol. 13, nr. 24 . - P. 3217-3230. — PMID 10617571 .
7. ↑ Wang Y. , Jensen RC , Stumph WE Roll av TATA-boxsekvens och orientering vid bestämning av RNA-polymeras II/III-transkriptionsspecificitet.  (engelska)  // Nukleinsyraforskning. - 1996. - Vol. 24, nr. 15 . - P. 3100-3106. — PMID 8760900 .
8. ↑ Yang C. , Bolotin E. , Jiang T. , Sladek FM , Martinez E. Prevalens av initiatorn över TATA-boxen i mänskliga och jästgener och identifiering av DNA-motiv berikade i humana TATA-lösa kärnpromotorer.  (engelska)  // Gene. - 2007. - Vol. 389, nr. 1 . - S. 52-65. - doi : 10.1016/j.gene.2006.09.029 . — PMID 17123746 .
9. ↑ Carninci P. , Sandelin A. , Lenhard B. , Katayama S. , Shimokawa K. , Ponjavic J. , Semple CA , Taylor MS , Engström PG , Frith MC , Forrest AR , Alkema WB , Tan SL , Plessy C .. Kodzius R. , Ravasi T. , Kasukawa T. , Fukuda S. , Kanamori-Katayama M. , Kitazume Y. , Kawaji H. , Kai C. , Nakamura M. , Konno H. , Nakano K. , Mottagui-Tabar Sta . , Arner P. , Chesi A. , Gustincich S. , Persichetti F. , Suzuki H. , Grimmond SM , Wells CA , Orlando V. , Wahlestedt C. , Liu ET , Harbers M. , Kawai J. , Bajic VB , Hume DA , Hayashizaki Y. Genomomfattande analys av däggdjurspromotorarkitektur och evolution.  (engelska)  // Naturgenetik. - 2006. - Vol. 38, nr. 6 . - s. 626-635. - doi : 10.1038/ng1789 . — PMID 16645617 .
10. ↑ Suzuki Y. , Tsunoda T. , Sese J. , Taira H. , Mizushima-Sugano J. , Hata H. , Ota T. , Isogai T. , Tanaka T. , Nakamura Y. , Suyama A. , Sakaki Y. , Morishita S. , Okubo K. , Sugano S. Identifiering och karakterisering av de potentiella promotorregionerna av 1031 typer av mänskliga gener.  (engelska)  // Genomforskning. - 2001. - Vol. 11, nr. 5 . - s. 677-684. - doi : 10.1101/gr.164001 . — PMID 11337467 .

Litteratur

• Lucy W. Barrett, Sue Fletcher, Steve D. Wilton. Oöversatta genregioner och andra icke-kodande element . - SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology, 2013. - 57 sid. - ISBN 978-3-0348-0679-4 .
• Konichev A.S., Sevastyanova G.A. Molecular biology. - Publishing Center "Academy", 2012. - 400 sid. — ISBN 978-5-7695-9147-1 .