SECIS-element

SECIS-element (från engelska  se leno c ysteine ​​i nsertion s equence - selenocysteine ​​insertion sequence ) är en RNA- region cirka 60 nukleotider lång , som bildar en hårnålsliknande struktur [1] . Detta strukturella motiv (uppsättning av nukleotider) får UGA -stoppkodonet att koda för selenocystein. Därför är SECIS-elementet ett väsentligt element i mRNA som kodar för selenoproteiner ( proteiner som innehåller en eller flera rester av den seleninnehållande aminosyran selenocystein).

I bakterier är SECIS-elementet lokaliserat nästan omedelbart efter UGA- kodonet som det påverkar. I archaea och eukaryoter är det lokaliserat i den 3 ' otranslaterade regionen ( 3' UTR ) av mRNA, och ett SECIS-element kan få flera UGA-kodon att koda för selenocystein. I ett arkeiskt släkte, Methanococcus , är SECIS-elementet beläget i den 5 ' oöversatta regionen ( 5' UTR ) .  

SECIS-elementet kan särskiljas genom dess karakteristiska nukleotidsekvens, det vill säga vissa nukleotider upptar strikt definierade platser i det, såväl som en karakteristisk sekundär struktur. Den sekundära strukturen beror på bildandet av vätebindningar mellan komplementära kvävebaser , vilket resulterar i en hårnålsliknande struktur. Eukaryot SECIS innehåller icke-kanoniska AG-par, som är sällsynta i naturen men extremt viktiga för SECIS normala funktion. Även om SECIS i eukaryoter, archaea och bakterier har en karakteristisk hårnålsform, är de inte kompatibla med varandra, det vill säga nukleotidarrangemanget som är karakteristiskt för eukaryot SECIS är inte det för archaeal SECIS.

Flera datorprogram har skapats för att söka efter SECIS-elementet i genomet, deras arbete bygger på sökningen efter specifika sekvenser och sekundära strukturelement. Dessa program har använts för att söka efter nya selenoproteiner [2] .

SECIS-elementet har hittats i en mängd olika organismer från livets alla tre domäner , såväl som deras virus [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] .

Anteckningar

1. ↑ Walczak, R; Westhof E., Carbon P., Krol A. Ett nytt RNA-strukturmotiv i selenocysteininsertionselementet i eukaryota selenoprotein-mRNA  //  RNA: journal. - 1996. - Vol. 2 , nr. 4 . - s. 367-379 . — PMID 8634917 .
2. ↑ 1 2 Lambert, A; Lescure A., Gautheret D. En undersökning av metazoaniska selenocysteininsertionssekvenser  (engelska)  // Biochimie : journal. - 2002. - Vol. 84 , nr. 9 . - P. 953-959 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01441-4 . — PMID 12458087 .
3. ↑ Blanda H., Lobanov AV, Gladyshev VN SECIS-element i de kodande regionerna av selenoproteintranskript är funktionella i högre eukaryoter  // Nucleic Acids Res  . : journal. - 2007. - Vol. 35 , nr. 2 . - s. 414-423 . doi : 10.1093 / nar/gkl1060 . — PMID 17169995 .
4. ↑ Cassago A., Rodrigues EM, Prieto EL, et al. Identifiering av Leishmania selenoproteiner och SECIS-element  (engelska)  // Mol. Biochem. parasitol. : journal. - 2006. - Vol. 149 , nr. 2 . - S. 128-134 . - doi : 10.1016/j.molbiopara.2006.05.002 . — PMID 16766053 .
5. ↑ Mourier T., Pain A., Barrell B., Griffiths-Jones S. Ett selenocystein-tRNA och SECIS-element i Plasmodium falciparum  (neopr.)  // RNA. - 2005. - T. 11 , nr 2 . - S. 119-122 . - doi : 10.1261/rna.7185605 . — PMID 15659354 .
6. ↑ G.V. Kryukov, S. Castellano, S.V. Novoselov, A.V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó och V.N. Gladyshev. Karakterisering av selenoproteomer från däggdjur  (engelska)  // Vetenskap. - 2003. - Vol. 300 , nej. 5624 . - P. 1439-1443 . - doi : 10.1126/science.1083516 . — PMID 12775843 .
7. ↑ Gregory V. Kryukov och Vadim N. Gladyshev.  Det prokaryota selenoproteomet  // EMBO Rep : journal. - 2004. - Vol. 5 , nej. 5 . - s. 538-543 . - doi : 10.1038/sj.embor.7400126 . — PMID 15105824 .
8. ↑ Alain Krol. Evolutionärt olika RNA-motiv och RNA-proteinkomplex för att uppnå  selenoproteinsyntes //  Biochimie : journal. - 2002. - Vol. 84 , nr. 8 . - s. 765-774 . - doi : 10.1016/S0300-9084(02)01405-0 . — PMID 12457564 .